SAXSdb — 5n9g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor IIIB 50 kDa subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	TATA-box-binding protein × 1 （P20226） ;Transcription factor TFIIIB component B'' homolog ; × 1 （A6H8Y1） DNA/RNA (27-MER) × 1 DNA/RNA (25-MER) × 1 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	TATA-box-binding protein × 1 （P20226） ;Transcription factor TFIIIB component B'' homolog ; × 1 （A6H8Y1） DNA/RNA (27-MER) × 1 DNA/RNA (25-MER) × 1 SODIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–377； UniProt 62–419 作者链 F； PDB构建体 20–377； UniProt 62–419

TATA-box-binding protein

Homo sapiens

UniProt P20226

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Transcription factor IIIB 50 kDa subunit × 1 （Q9HAW0） ;Transcription factor TFIIIB component B'' homolog ; × 1 （A6H8Y1） DNA/RNA (27-MER) × 1 DNA/RNA (25-MER) × 1 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Transcription factor IIIB 50 kDa subunit × 1 （Q9HAW0） ;Transcription factor TFIIIB component B'' homolog ; × 1 （A6H8Y1） DNA/RNA (27-MER) × 1 DNA/RNA (25-MER) × 1 SODIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 20–200； UniProt 159–339 作者链 G； PDB构建体 20–200； UniProt 159–339

;Transcription factor TFIIIB component B'' homolog ;

Homo sapiens

UniProt A6H8Y1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Transcription factor IIIB 50 kDa subunit × 1 （Q9HAW0） TATA-box-binding protein × 1 （P20226） DNA/RNA (27-MER) × 1 DNA/RNA (25-MER) × 1 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Transcription factor IIIB 50 kDa subunit × 1 （Q9HAW0） TATA-box-binding protein × 1 （P20226） DNA/RNA (27-MER) × 1 DNA/RNA (25-MER) × 1 SODIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BDP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 20–175； UniProt 241–396 作者链 H； PDB构建体 20–175； UniProt 241–396

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5n9g
沉积日期 deposition_date	2017-02-24
结构标题 title	TFIIIB -TBP/Brf2/DNA and SANT domain of Bdp1-
关键词 keywords	Transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5n9g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5n9g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5n9g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.57 Å
Rg（电子密度）	28.14 Å
总 Rg	28.81 Å
原子数	5722
残基数	634
排除体积	99503 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5n9g__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5n9g__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
分子量 formula_weight	42195.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	11643

MAHHHHHHSSGLEVLFQGPNEQVSRSQQRGLRRVRDLCRVLQLPPTFEDTAVAYYQQAYRHSGIRAARLQKKEVLVGCCVLITCRQHNWPLTMGAICTLLYADLDVFSSTYMQIVKLLGLDVPSLCLAELVKTYCSSFKLFQASPSVPAKYVEDKEKMLSRTMQLVELANETWLVTGRHPLPVITAATFLAWQSLQPADRLSCSLARFCKLANVDLPYPASSRLQELLAVLLRMAEQLAWLRVLRLDKRSVVKHIGDLLQHRQSLVRSAFRDGTAEVETREKEPPGWGQGQGEGEVGNNSLGLPQGKRPASPALLLPPCMLKSPKRICPVPPVSTVTGDENISDSEIEQYLRTPQEVRDFQRAQAARQAATSVPNPP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TATA-box-binding protein
分子量 formula_weight	22589.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MAHHHHHHSSGLEVLFQGPSGIVPQLQNIVSTVNLGCKLDLKTIALRARNAEYNPKRFAAVIMRIREPRTTALIFSSGKMVCTGAKSEEQSRLAARKYARVVQKLGFPAKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTHQQFSSYEPELFPGLIYRMIKPRIVLLIFVSGKVVLTGAKVRAEIYEAFENIYPILKGFRKTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;Transcription factor TFIIIB component B'' homolog ;
分子量 formula_weight	20414.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MAHHHHHHSSGLEVLFQGPGPLLVPRVKVAEDGSIILDEESLTVEVLRTKGPCVVEENDPIFERGSTTTYSSFRKNYYSKPWSNKETDMFFLAISMVGTDFSMIGQLFPHRARIEIKNKFKREEKTNGWRIDKAFQEKRPFDFDFFAHLLQKVLAEEEKRKQKSVKNHSLKEKKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA/RNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8363.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	D,I

GGTCACACCTATTTTAAGCCCTTCAAC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA/RNA (25-MER)
分子量 formula_weight	8026.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	E,J

TTGAAGGGCTTAAAATAGGTGTGAC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	298

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5n9gA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	5n9gB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	5n9gB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	5n9gF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	5n9gG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	5n9gG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

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晶胞边长 a length_a	81.190 Å
晶胞边长 b length_b	124.080 Å
晶胞边长 c length_c	88.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.040 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2340

TFIIIB -TBP/Brf2/DNA and SANT domain of Bdp1-

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor IIIB 50 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TATA-box-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Transcription factor TFIIIB component B'' homolog ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5n9g__assembly_1__model_1

5n9g__assembly_1__model_1 | I(q)

5n9g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

TFIIIB -TBP/Brf2/DNA and SANT domain of Bdp1-

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor IIIB 50 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TATA-box-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Transcription factor TFIIIB component B'' homolog ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5n9g__assembly_1__model_1

5n9g__assembly_1__model_1 | I(q)

5n9g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)