5nba

Complement factor D in complex with the inhibitor (2S,4R)-4-Fluoro-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide]

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor D

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–253	未记录	8S5 (2~{S},4~{R})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-4-fluoranyl-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl	分辨率 1.87 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5NBA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BIO HUMAN COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH ISATOIC ANHYDRIDE INHIBITOR 提交 1998-06-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	SOA ISATOIC ANHYDRIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 1.50 Å R-free 0.191
1DFP FACTOR D INHIBITED BY DIISOPROPYL FLUOROPHOSPHATE 提交 1997-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–253（228 aa）链 B 26–253（228 aa）	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；INHIBITED PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12-16% PEG 6000 AND 0.2 M NACL,50MM MES BUFFER, PH=5.6-5.8.	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
1DIC STRUCTURE OF 3,4-DICHLOROISOCOUMARIN-INHIBITED FACTOR D 提交 1998-07-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	DIC 3,4-DICHLOROISOCOUMARIN × 1 O OXYGEN ATOM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 1.80 Å R-free 0.251
1DST MUTANT OF FACTOR D WITH ENHANCED CATALYTIC ACTIVITY 提交 1995-09-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	突变：S94Y, T214S, S215W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
1DSU HUMAN FACTOR D, COMPLEMENT ACTIVATING ENZYME 提交 1995-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–253（228 aa）链 B 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–253（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–253（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 19–253（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 19–253（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1HFD HUMAN COMPLEMENT FACTOR D IN A P21 CRYSTAL FORM 提交 1998-06-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 2.30 Å R-free 0.216
2XW9 Crystal Structure of Complement Factor D mutant S183A 提交 2010-11-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.20 Å R-free 0.176
2XWA Crystal Structure of Complement Factor D Mutant R202A 提交 2010-11-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
2XWA Crystal Structure of Complement Factor D Mutant R202A 提交 2010-11-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 26–253（228 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 26–253（228 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 26–253（228 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 26–253（228 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
4CBN Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after conventional refinement 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：RESIDUES 26-253	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH, PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4CBN Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after conventional refinement 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）片段：RESIDUES 26-253	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH, PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4CBO Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after ensemble refinement 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：RESIDUES 26-253	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
4CBO Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after ensemble refinement 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）片段：RESIDUES 26-253	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.251
4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 26–253（228 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.251
5FBE COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND2 提交 2015-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：UNP residues 26-253	未记录	GOL GLYCEROL × 1 5W5 methyl 2-[[[(2~{S})-2-[[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]carbonylamino]methyl]benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN SOLUTION: 18 mg/mL FD, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM NaCl; RESERVOIR SOLUTION: 22% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5; SOAKING AND CRYO: ADDITION of 10 mM COMPOUND2 for 45 min FOLLOWED by the ADDITION OF 0.5 MICROLITER GLYCEROL AND FLASH FREEZING IN LIQUIT NITROGEN.	分辨率 1.43 Å R-free 0.188
5FBI COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND 3b 提交 2015-12-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 5WD 3-[(2-aminocarbonyl-1~{H}-indol-5-yl)oxymethyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 Microliter of protein solution was mixed with 1 microliter of reservoir solution. Protein solution: 18.3 mg/ml factor D, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM sodium chloride; Reservoir solution: 22% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5; Soaking and cryo: 0.5 ul 100 mM compound 3b in 90% DMSO was added to the crystal containing drop and incubated for 45 min followed by the addition of 0.5 ul glyerol and flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 1.47 Å R-free 0.196
5FCK COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND 5 提交 2015-12-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	5WC 1-[2-[(1~{R},3~{S},5~{R})-3-[[(1~{R})-1-(3-chloranyl-2-fluoranyl-phenyl)ethyl]carbamoyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-2-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]pyrazolo[3,4-c]pyridine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 uL FD solution (18 mg/mL FD, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM NaCl) was mixed with 1 uL reservoir solution (25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.0) and equilibrated against 1 mL reservoir solution.	分辨率 1.86 Å R-free 0.237
5MT0 COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH A REVERSIBLE INDOLE CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR 提交 2017-01-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	QJS 5-fluoranyl-3-[[(1~{S},2~{S})-2-phenylcyclopropyl]carbonylamino]-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM BIS-TRIS pH 6.5	分辨率 1.29 Å R-free 0.196
5MT4 COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH A REVERSIBLE BENZOIC ACID BASED INHIBITOR 提交 2017-01-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	M7O 2-[(phenylmethyl)carbamoylamino]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEGME2000, 100mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.239
5NAR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 8RW (2~{S})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；MM NACL, 0.5MM NVP-BVT244-NX-1 + 1 UL RESERVOIR SOLUTION	分辨率 1.55 Å R-free 0.231
5NAT Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-Pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-methyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 8RT (2~{S})-~{N}1-(1-methylindol-3-yl)-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；MM NACL + 1 UL RESERVOIR SOLUTION	分辨率 1.17 Å
5NAW Complement factor D in complex with the inhibitor (1R,3S,5R)-2-Aza-bicyclo[3.1.0]hexane-2,3-dicarboxylic acid 2-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 3-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	8RZ (1~{R},3~{S},5~{R})-~{N}2-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-~{N}3-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexane-2,3-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；27% PEG 3350 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.178
5NB6 Complement factor D in complex with the inhibitor (2S,4S)-4-Amino-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	8S2 (2~{S},4~{S})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-4-azanyl-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；22% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl	分辨率 1.75 Å R-free 0.297
5NB7 Complement factor D 提交 2017-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 8NQ 1-[2-[(1~{R},3~{S},5~{R})-3-[(6-bromanylpyridin-2-yl)carbamoyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-2-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]indazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；22% PEG 3350, 0.1 m HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl	分辨率 1.33 Å R-free 0.196
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000	分辨率 3.15 Å R-free 0.264
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 26–253（228 aa）片段：residues 26-253	未记录	J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000	分辨率 3.37 Å R-free 0.260
6FTY COMPLEMENT FACTOR D COMPLEXED WITH COMPOUND 5 提交 2018-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E7H 4-[[(5~{S},7~{R})-3-azanyl-1-adamantyl]carbonylamino]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.214
6FTZ COMPLEMENT FACTOR D COMPLEXED WITH COMPOUND 6 提交 2018-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E7E ~{N}4-[3-(aminomethyl)phenyl]-1~{H}-indole-2,4-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.220
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 26–253（228 aa）	未记录	E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6FUH Complement factor D in complex with the inhibitor (4-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)quinazolin-2-yl)-L-valine 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E88 (2~{S})-2-[[4-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]quinazolin-2-yl]amino]-3-methyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5, 200 mM NH4SO2, 2 mM inhibitor	分辨率 1.37 Å R-free 0.180
6FUI Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E7W (1~{R},2~{S})-2-[[4-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]quinazolin-2-yl]amino]cyclohexane-1-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.38 Å R-free 0.198
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）	未记录	E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）	未记录	E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 26–253（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
6FUT Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-3'-(aminomethyl)-N-(1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide 提交 2018-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	E82 3-[3-(aminomethyl)phenyl]-~{N}-[(1~{S})-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]benzamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–253（252 aa）	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–253（252 aa）	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–253（252 aa）	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 2–253（252 aa）	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 2–253（252 aa）	未记录	J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
6QMT Complement factor D in complex with the inhibitor 2-(2-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamido)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	未记录	J7B 2-[2-[[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]carbonylamino]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEGME 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
6QMT Complement factor D in complex with the inhibitor 2-(2-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamido)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–253（252 aa）	未记录	J7B 2-[2-[[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]carbonylamino]phenyl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEGME 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Z 26–253（228 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 26–253（228 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 26–253（228 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 W 26–253（228 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 W 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 d 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 g 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 j 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 m 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 p 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 s 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 v 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 T 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 a 26–253（228 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.215
8D95 Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	QIE N-(6-bromopyridin-2-yl)-1-[(3-cyanophenyl)acetyl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；300 K；PEG 6k	分辨率 2.17 Å R-free 0.263
8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer	分辨率 2.21 Å R-free 0.300
8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–253（228 aa）	未记录	R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer	分辨率 2.21 Å R-free 0.300
8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–253（228 aa）	未记录	R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer	分辨率 2.21 Å R-free 0.300
8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 26–253（228 aa）	未记录	R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer	分辨率 2.21 Å R-free 0.300
8DG6 Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–253（228 aa）	未记录	S7X 1-{2-[(2S)-2-{[(3-chloro-2-fluorophenyl)methyl]carbamoyl}pyrrolidin-1-yl]-2-oxoethyl}-1H-indazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；300 K；peg4k 20-30%	分辨率 1.99 Å R-free 0.251

共 39 个其他 PDB 条目、98 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFAD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–228； UniProt 26–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nba
沉积日期 deposition_date	2017-03-01
结构标题 title	Complement factor D in complex with the inhibitor (2S,4R)-4-Fluoro-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide]
关键词 keywords	HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.14 Å
零角强度 I(0) i0	10905400.00
分子量 molecular_weight	23823.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29505 Å³
包络体积 envelope_volume	32788 Å³
水化壳体积 shell_volume	16738 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.4 Å
壳层 Rg shell_rg	22.53 Å
包络 Rg envelope_rg	16.42 Å
形状 Rg shape_rg	16.15 Å
总 Rg total_rg	17.11 Å
总原子数 total_atoms	1673
残基数 n_residues	220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.8 Å
Rg (实空间) rg_real	17.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8916
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.407
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2678000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement factor D
分子量 formula_weight	24597.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.46
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1830

ILGGREAEAHARPYMASVQLNGAHLCGGVLVAEQWVLSAAHCLEDAADGKVQVLLGAHSLSQPEPSKRLYDVLRAVPHPDSQPDTIDHDLLLLQLSEKATLGPAVRPLPWQRVDRDVAPGTLCDVAGWGIVNHAGRRPDSLQHVLLPVLDRATCNRRTHHDGAITERLMCAESNRRDSCKGDSGGPLVCGGVLEGVVTSGSRVCGNRKKPGIYTRVASYAAWIDSVLASA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2~{S},4~{R})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-4-fluoranyl-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide
分子量 formula_weight	493.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	122

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5nbaa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d5nbaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5nbaA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	5nbaA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	55.437 Å
晶胞边长 b length_b	49.727 Å
晶胞边长 c length_c	39.026 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	53.070 Å
R 因子 r_factor	0.1769
R_work r_work	0.1727
R_free r_free	0.2600

fit	/app/data/saxs_computation/nb/5nba/5nba.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nb/5nba/5nba.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nb/5nba/5nba.dat