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5nh3

CRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH BIMAGRUMAB FV

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Activin receptor type-2A

Homo sapiens

UniProt P27037

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–135 未记录 anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv heavy-chain × 1 anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv light-chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH3.5 25% PEG 3350 分辨率 2.35 Å R-free 0.208
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 20–135 未记录 anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv heavy-chain × 1 anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv light-chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH3.5 25% PEG 3350 分辨率 2.35 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5NH3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3Q4T Crystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase domain in complex with dorsomorphin 提交 2010-12-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 191–488（298 aa） 片段：kinase domain (UNP residues 191-488)
未记录 TAK 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293.15 K；28% PEG 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Tris, pH 8.8, 10% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.96 Å R-free 0.223
3Q4T Crystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase domain in complex with dorsomorphin 提交 2010-12-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 191–488（298 aa） 片段：kinase domain (UNP residues 191-488)
未记录 TAK 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293.15 K；28% PEG 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Tris, pH 8.8, 10% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.96 Å R-free 0.223
3SOC Crystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase domain in complex with a quinazolin 提交 2011-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 191–488（298 aa） 片段：kinase domain (residue 191-488)
未记录 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2M Ammonium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.95 Å R-free 0.211
3SOC Crystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase domain in complex with a quinazolin 提交 2011-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 191–488（298 aa） 片段：kinase domain (residue 191-488)
未记录 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2M Ammonium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.95 Å R-free 0.211
4ASX Crystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase domain in complex with dihydro-Bauerine C 提交 2012-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 191–488（298 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 191-488
未记录 6OJ 7,8-bis(chloranyl)-9-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrido[3,4-b]indol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20 % PEG 3350 0.20 M NA(MALONATE)
分辨率 2.05 Å R-free 0.225
4ASX Crystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase domain in complex with dihydro-Bauerine C 提交 2012-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 191–488（298 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 191-488
未记录 6OJ 7,8-bis(chloranyl)-9-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrido[3,4-b]indol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20 % PEG 3350 0.20 M NA(MALONATE)
分辨率 2.05 Å R-free 0.225
7U5P CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-A 提交 2022-03-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–121（121 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294 K；100mM Sodium Citrate, 17%PEG 3000
分辨率 3.14 Å R-free 0.276
7U5P CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-A 提交 2022-03-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–121（121 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294 K；100mM Sodium Citrate, 17%PEG 3000
分辨率 3.14 Å R-free 0.276
7U5P CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-A 提交 2022-03-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–121（121 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294 K；100mM Sodium Citrate, 17%PEG 3000
分辨率 3.14 Å R-free 0.276
7U5P CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-A 提交 2022-03-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–121（121 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294 K；100mM Sodium Citrate, 17%PEG 3000
分辨率 3.14 Å R-free 0.276

共 4 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AVR2A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–116； UniProt 20–135 作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 20–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5nh3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5nh3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5nh3
沉积日期 deposition_date2017-03-21
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH BIMAGRUMAB FV
关键词 keywordsOTHER, EPITOPE MAPPING, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.64 Å
零角强度 I(0) i083884300.00
分子量 molecular_weight69807.0 kDa
排除体积 excluded_volume85989 ų
包络体积 envelope_volume111410 ų
水化壳体积 shell_volume30691 ų
包络直径 envelope_diameter119.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.87 Å
包络 Rg envelope_rg31.30 Å
形状 Rg shape_rg31.62 Å
总 Rg total_rg32.12 Å
总原子数 total_atoms4902
残基数 n_residues637
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.0 Å
Rg (实空间) rg_real32.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real8.3880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal83880000.0000
解质量估计 total_estimate0.8549
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.4 Å
偏度 Skewness skewness0.448
峰度 Kurtosis kurtosis-0.398
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8925000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.813; Smooth: 0.955
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd5nh3a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors
结构域编号 domain_idd5nh3b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors
结构域编号 domain_idd5nh3h1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5nh3h2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5nh3i1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5nh3i2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5nh3l1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5nh3l2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5nh3m1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5nh3m2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5nh3A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59
结构域编号 domain_id5nh3B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59
结构域编号 domain_id5nh3L00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5nh3M00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)