SAXSdb — 5nit

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose oxidase

Aspergillus niger

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–605	突变：T30V I94V A162T R537K M556V	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 18 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；280 K；100 mM HEPES 40% v/v dioxane	分辨率 1.87 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5NIT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CF3 GLUCOSE OXIDASE FROM APERGILLUS NIGER 提交 1999-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–583（583 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
1GAL CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOSE OXIDASE FROM ASPERGILLUS NIGER: REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–605（583 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
3QVP Crystal structure of glucose oxidase for space group C2221 at 1.2 A resolution 提交 2011-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–605（583 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；200 mM NaCl and 20% PEG 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.20 Å R-free 0.188
3QVR Crystal structure of glucose oxidase for space group P3121 at 1.3 A resolution. 提交 2011-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–605（583 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；295 K；200 mM CaCl2 and 20% PEG 3350, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.30 Å R-free 0.198
5NIW Glucose oxydase mutant A2 提交 2017-03-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–605（581 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 P4C O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；100 mM HEPES 45% v/v dioxane	分辨率 1.80 Å R-free 0.191
9H7Z Aspergillus niger Glucose Oxidase bound to Ba2+ ions 提交 2024-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–605（605 aa）链 M 1–605（605 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 6 BA BARIUM ION × 12 BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；298 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium bromide, 2 mM barium chloride, 30 mM sodium acetate	分辨率 1.71 Å R-free 0.199

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GOX_ASPNG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–581； UniProt 25–605

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nit
沉积日期 deposition_date	2017-03-27
结构标题 title	Glucose oxidase mutant A2
关键词 keywords	oxygen activation, His516 conformation, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.24 Å
零角强度 I(0) i0	75123600.00
分子量 molecular_weight	66674.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82748 Å³
包络体积 envelope_volume	93750 Å³
水化壳体积 shell_volume	32089 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.84 Å
包络 Rg envelope_rg	23.63 Å
形状 Rg shape_rg	23.21 Å
总 Rg total_rg	24.21 Å
总原子数 total_atoms	4700
残基数 n_residues	581
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8938
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.379
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glucose oxidase
分子量 formula_weight	63081.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.3.4
突变 mutation	T30V I94V A162T R537K M556V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5170

GIEASLLTDPKDVSGRTVDYIIAGGGLVGLTTAARLTENPNISVLVIESGSYESDRGPIIEDLNAYGDIFGSSVDHAYETVELATNNQTALVRSGNGLGGSTLVNGGTWTRPHKAQVDSWETVFGNEGWNWDNVAAYSLQAERARAPNAKQIAAGHYFNTSCHGVNGTVHAGPRDTGDDYSPIVKALMSAVEDRGVPTKKDFGCGDPHGVSMFPNTLHEDQVRSDAAREWLLPNYQRPNLQVLTGQYVGKVLLSQNGTTPRAVGVEFGTHKGNTHNVYAKHEVLLAAGSAVSPTILEYSGIGMKSILEPLGIDTVVDLPVGLNLQDQTTATVRSRITSAGAGQGQAAWFATFNETFGDYSEKAHELLNTKLEQWAEEAVARGGFHNTTALLIQYENYRDWIVNHNVAYSELFLDTAGVASFDVWDLLPFTRGYVHILDKDPYLHHFAYDPQYFLNELDLLGQAAATQLARNISNSGAMQTYFAGETIPGDNLAYDADLSAWTEYIPYHFRPNYHGVGTCSMMPKEMGGVVDNAAKVYGVQGLRVIDGSIPPTQVSSHVMTVFYAMALKISDAILEDYASMQ

来源 Source

来源生物 organism	Aspergillus niger
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5061
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	427

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5nitA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	5nitA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	450 — Glucose Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Oxidase, domain 2

结构域编号 domain_id	5nitA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	560 — Glucose Oxidase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Oxidase, domain 3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	128.657 Å
晶胞边长 b length_b	128.657 Å
晶胞边长 c length_c	77.693 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	111.420 Å
R 因子 r_factor	0.1668
R_work r_work	0.1647
R_free r_free	0.2039

fit	/app/data/saxs_computation/ni/5nit/5nit.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ni/5nit/5nit.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ni/5nit/5nit.dat

Glucose oxidase mutant A2