SAXSdb — 5nj8

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aryl hydrocarbon receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator × 1 （P53762） ;DNA (5'-D(GPGPTPCPAPCPGPCPAPAPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPGPTPTPGPCPGPTPGPAPCPC)-3') ; × 1 ERBIUM (III) ION × 7 ACETATE ION × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator × 1 （P53762） ;DNA (5'-D(GPGPTPCPAPCPGPCPAPAPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPGPTPTPGPCPGPTPGPAPCPC)-3') ; × 1 ERBIUM (III) ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AHR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–254； UniProt 23–273 作者链 C； PDB构建体 4–254； UniProt 23–273

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

Mus musculus

UniProt P53762

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Aryl hydrocarbon receptor × 1 （P35869） ;DNA (5'-D(GPGPTPCPAPCPGPCPAPAPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPGPTPTPGPCPGPTPGPAPCPC)-3') ; × 1 ERBIUM (III) ION × 7 ACETATE ION × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Aryl hydrocarbon receptor × 1 （P35869） ;DNA (5'-D(GPGPTPCPAPCPGPCPAPAPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPGPTPTPGPCPGPTPGPAPCPC)-3') ; × 1 ERBIUM (III) ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARNT_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–239； UniProt 85–345 作者链 D； PDB构建体 7–239； UniProt 85–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nj8
沉积日期 deposition_date	2017-03-28
结构标题 title	Structural basis for aryl hydrocarbon receptor mediated gene activation
关键词 keywords	basic helix loop helix PAS domain transcription factor, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5nj8__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5nj8__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5nj8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.98 Å
Rg（电子密度）	23.56 Å
总 Rg	24.45 Å
原子数	4609
残基数	334
排除体积	43688 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5nj8__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5nj8__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aryl hydrocarbon receptor
分子量 formula_weight	28423.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	10871

GPMVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDVINKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQDNCRAANFREGLNLQEGEFLLQALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQLHWALNPSQCTESGQGIEEATGLPQTVVCYNPDQIPPENSPLMERCFICRLRCLLDNSSGFLAMNFQGKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
分子量 formula_weight	26467.1 kDa
突变 mutation	C256S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GPGSDADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVSCETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRVLDLKTGTVKKEGQQSSMRMSMGSRRSFICRMRCGTSSHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPTPCPAPCPGPCPAPAPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	3632.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G

GGTCACGCAACC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPTPTPGPCPGPTPGPAPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	3694.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H

GGTTGCGTGACC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ERBIUM (III) ION
分子量 formula_weight	167.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5nj8A01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	5nj8B01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	5nj8B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	5nj8D01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

▶

晶胞边长 a length_a	91.321 Å
晶胞边长 b length_b	91.321 Å
晶胞边长 c length_c	464.914 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.830 Å
R 因子 r_factor	0.2942
R_work r_work	0.2921
R_free r_free	0.3327

Structural basis for aryl hydrocarbon receptor mediated gene activation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aryl hydrocarbon receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nj8__assembly_2__model_1

5nj8__assembly_2__model_1 | I(q)

5nj8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural basis for aryl hydrocarbon receptor mediated gene activation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aryl hydrocarbon receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nj8__assembly_2__model_1

5nj8__assembly_2__model_1 | I(q)

5nj8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)