SAXSdb — 5nmv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tissue factor pathway inhibitor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 29–107	未记录	Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20 % PEG 3350 200 mM Potassium formate	分辨率 1.65 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5NMV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ADZ THE SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 107–182（76 aa）片段：FACTOR XA-BINDING DOMAIN (DOMAIN II)	突变：N-TERMINAL INS(DYKDDDDKL)	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；310 K；压力 1	分辨率未提供
1IRH The Solution Structure of The Third Kunitz Domain of Tissue Factor Pathway Inhibitor 提交 2001-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 210–270（61 aa）片段：the third kunitz domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1mM the third kunitz domain of tissue factor pathway inhibitor U-15N; 20mM Na-phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM the third kunitz domain of tissue factor pathway inhibitor U-15N, 13C; 20mM Na-phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1TFX COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN 提交 1997-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 121–178（58 aa）片段：FACTOR XA-BINDING DOMAIN, DOMAIN II	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å
1TFX COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN 提交 1997-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 121–178（58 aa）片段：FACTOR XA-BINDING DOMAIN, DOMAIN II	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å
4DTG Hemostatic effect of a monoclonal antibody mAb 2021 blocking the interaction between FXa and TFPI in a rabbit hemophilia model 提交 2012-02-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 119–178（60 aa）片段：Kunitz-type protease inhibitor domain 2 (UNP residues 119-178)	未记录	GOL GLYCEROL × 10 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；295 K；0.05 M CALCIUM CHLORIDE, 0.1 M MES, pH 6.0, 45% V/V PEG 200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 50–107（58 aa）	突变：K64R, M66C, I83C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 50–107（58 aa）	突变：K64R, M66C, I83C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 50–107（58 aa）	突变：K64R, M66C, I83C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 50–107（58 aa）	突变：K64R, M66C, I83C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
7V1N Structure of the Clade 2 C. difficile TcdB in complex with its receptor TFPI 提交 2021-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 1–251（251 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9P0X Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab (nanodisc-subtracted) 提交 2025-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 40–107（68 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFPI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 8–86； UniProt 29–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nmv
沉积日期 deposition_date	2017-04-07
结构标题 title	Crystal structure of 2F22 Fab fragment against TFPI1
关键词 keywords	Fab, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.55 Å
零角强度 I(0) i0	50445700.00
分子量 molecular_weight	54484.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67794 Å³
包络体积 envelope_volume	84521 Å³
水化壳体积 shell_volume	27404 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.97 Å
包络 Rg envelope_rg	26.40 Å
形状 Rg shape_rg	26.52 Å
总 Rg total_rg	27.31 Å
总原子数 total_atoms	7544
残基数 n_residues	496
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8846
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.422
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.334
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8263000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab light chain
分子量 formula_weight	23242.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	8216

GIVMTQSQKFMSTTVGDRVSITCKASQSVGPAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASNRYTGVPDRFTGSGSGADFTLTISNLHSEDLADYFCQQYTSYPTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10088
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23814.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLKQSGPGLVQPSQSLSITCTVSGFSLTNYGVHWVRQSPGKGLEWLAVIWRGGSIDYNAAFMSRLSITKDNSKSQVFFKMNSLQADDTAIYYCAKNSHGNYVGYAMDYWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESK

来源 Source

来源生物 organism	Mus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10088
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tissue factor pathway inhibitor
分子量 formula_weight	9797.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GSSGSSGDSEEDEEHTIITDTELPPLKLMHSFCAFKADDGPCKAIMKRFFFNIFTRQCEEFIYGGCEGNQNRFESLEECKKMCTRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	489

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5nmvk_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5nmvH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5nmvK00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	5nmvL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5nmvL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.010 Å
晶胞边长 b length_b	66.660 Å
晶胞边长 c length_c	106.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	27.642 Å
R 因子 r_factor	0.1766
R_work r_work	0.1752
R_free r_free	0.2022

fit	/app/data/saxs_computation/nm/5nmv/5nmv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nm/5nmv/5nmv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nm/5nmv/5nmv.dat

Crystal structure of 2F22 Fab fragment against TFPI1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tissue factor pathway inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)