SAXSdb — 5o5e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–408	突变：V264G	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2 9LH Tunicamycin × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M bicine pH 8.5 -- 0.05M sodium chloride -- 36% PEG200	分辨率 3.40 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5O5E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LEV Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) 提交 2016-06-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–408（408 aa）	突变：V264G	UNL UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine pH 9.0, 0.05M sodium chloride, 38% PEG300, 5mM Na2WO4	分辨率 3.20 Å R-free 0.240
6BW5 Human GPT (DPAGT1) in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）链 B 1–408（408 aa）	未记录	TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
6BW5 Human GPT (DPAGT1) in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–408（408 aa）链 D 1–408（408 aa）	未记录	TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
6BW6 Human GPT (DPAGT1) H129 variant in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）链 B 1–408（408 aa）	未记录	TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride	分辨率 2.95 Å R-free 0.291
6BW6 Human GPT (DPAGT1) H129 variant in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–408（408 aa）链 D 1–408（408 aa）	未记录	TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride	分辨率 2.95 Å R-free 0.291
6FM9 Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) 提交 2018-01-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）	未记录	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05M ADA pH 6.5 -- 24% PEG400	分辨率 3.60 Å R-free 0.270
6FWZ Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with UDP-GlcNAc 提交 2018-03-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）	突变：V264G	MG MAGNESIUM ION × 2 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2 P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine pH 9.0 -- 0.05M sodium chloride -- 37.5% PEG300	分辨率 3.10 Å R-free 0.236
9ZNN Cryo-EM structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) in complex with APPB 提交 2025-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）链 B 1–408（408 aa）	未记录	A1C3G 4-({(2S,3S)-1-amino-3-{[(2S,3R,4S,5R)-5-(aminomethyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]oxy}-3-[(2S,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-1-oxopropan-2-yl}amino)-N-[(4-{4-[4-(trifluoromethoxy)phenoxy]piperidin-1-yl}phenyl)methyl]butanamide (non-preferred name) × 2 A1C3H (2R)-3-{[(S)-[(2R)-2,3-dihydroxypropoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-octadec-9-enoyl]oxy}propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.022% (w/v) DDM, and 2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2-3 uL of sample distributed on grid with blot force +8 and blot time 3 seconds	分辨率 2.90 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–409； UniProt 1–408

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5o5e
沉积日期 deposition_date	2017-06-01
结构标题 title	Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with tunicamycin
关键词 keywords	;Protein glycosylation, integral membrane protein, PNPT, congenital myasthenic syndrome, antibiotic, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-acetylglucosamine--dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase
分子量 formula_weight	46173.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.8.15
突变 mutation	V264G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3050

SMWAFSELPMPLLINLIVSLLGFVATVTLIPAFRGHFIAARLCGQDLNKTSRQQIPESQGVISGAVFLIILFCFIPFPFLNCFVKEQCKAFPHHEFVALIGALLAICCMIFLGFADDVLNLRWRHKLLLPTAASLPLLMVYFTNFGNTTIVVPKPFRPILGLHLDLGILYYVYMGLLAVFCTNAINILAGINGLEAGQSLVISASIIVFNLVELEGDCRDDHVFSLYFMIPFFFTTLGLLYHNWYPSRVFVGDTFCYFAGMTFAGVGILGHFSKTMLLFFMPQVFNFLYSLPQLLHIIPCPRHRIPRLNIKTGKLEMSYSKFKTKSLSFLGTFILKVAESLQLVTVHQSETEDGEFTECNNMTLINLLLKVLGPIHERNLTLLLLLLQILGSAITFSIRYQLVRLFYDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE
分子量 formula_weight	747.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	Tunicamycin
分子量 formula_weight	830.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.091 Å
晶胞边长 b length_b	102.091 Å
晶胞边长 c length_c	240.061 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	25.870 Å
R 因子 r_factor	0.2298
R_work r_work	0.2294
R_free r_free	0.2363

Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with tunicamycin