SAXSdb — 5of3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase small subunit PriS

Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA primase large subunit PriL × 2 （Q9UWW1） Uncharacterized protein × 2 （Q97ZS7） DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 4 MANGANESE (II) ION × 4 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIS_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330 作者链 D； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330

DNA primase large subunit PriL

Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)

UniProt Q9UWW1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA primase small subunit PriS × 2 （Q97Z83） Uncharacterized protein × 2 （Q97ZS7） DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 4 MANGANESE (II) ION × 4 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIL_SULSO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–307； UniProt 1–307 作者链 E； PDB构建体 1–307； UniProt 1–307

Uncharacterized protein

Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)

UniProt Q97ZS7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA primase small subunit PriS × 2 （Q97Z83） DNA primase large subunit PriL × 2 （Q9UWW1） DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 4 MANGANESE (II) ION × 4 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q97ZS7_SULSO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 F； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5of3
沉积日期 deposition_date	2017-07-10
结构标题 title	Crystal structure of the heterotrimeric PriSLX primase from S. solfataricus.
关键词 keywords	Primase, DNA-dependent RNA polymerase, DNA replication, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5of3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5of3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5of3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.86 Å
Rg（电子密度）	39.68 Å
总 Rg	40.10 Å
原子数	11526
残基数	1395
排除体积	207560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5of3__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA primase small subunit PriS
分子量 formula_weight	37643.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11540

MGTFTLHQGQTNLIKSFFRNYYLNAELELPKDMELREFALQPFGSDTYVRHLSFSSSEELRDYLVNRNLPLHLFYSSARYQLPSARNMEEKAWMGSDLLFDIDADHLCKLRSIRFCPVCGNAVVSEKCERDNVETLEYVEMTSECIKRGLEQTRNLVEILEDDFGLKPKVYFSGNRGFHVQVDCYGNCALLDSDERKEIAEYVMGIGVPGYPGGSENAPGWVGRKNRGINGVTIDEQVTIDVKRLIRIPNSLHGKSGLIVKRVPNLDDFEFNETLSPFTGYTIFLPYITIETEVLGSIIKLNRGIPIKIKSSIGIYLHLRNLGEVKAYVR

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA primase large subunit PriL
分子量 formula_weight	35789.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MALDVKKYPFIKSLDDELKKYGGGITLTDLLLNSTTLIDQAKDRIQKTKSGDELPHYVSYNEPVLVFYTTLLSLAILNDVKLIRRYAYAEAKQFRSLLHTENEENLLEISKLLDLKINRCDPIKFYLEKKRRIIQKEFCVHFIDYLKYTKDLKEDWKLSGQILHKGYVYLDKNQLIGLIAESIKSKIVEMIRPLNLKEIPEKLKSLIERRGIIPPCIENILAKEKLNEEEIRTLITFYIDIGKGLSGIVSIMKKYNVSNVEDLYRKYRGDKGTRYIVYSCAKMKQLGLCVSSCNVKNPLQLYFLSNE

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	18056.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MSQEKKAKKIILHYPDDTPAGYIEYAEGSSSIYDNEGNFLFKVEGKFPPQPKKSSDYSWIEKVLEMGLQDSRKRFILYVASRYLVNVKGVNEDEALQTLKEFYYKLQSGKVYESWLKSVINGVKKKGLLPWSLKRIEERDKEMYNEIIRVLKNS

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5of3a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.264 — Prim-pol domain
超家族 Superfamily superfamily	d.264.1 — Prim-pol domain
家族 Family family	d.264.1.1 — PriA-like

结构域编号 domain_id	d5of3d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.264 — Prim-pol domain
超家族 Superfamily superfamily	d.264.1 — Prim-pol domain
家族 Family family	d.264.1.1 — PriA-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5of3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

结构域编号 domain_id	5of3D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

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晶胞边长 a length_a	104.889 Å
晶胞边长 b length_b	104.889 Å
晶胞边长 c length_c	229.758 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.906 Å
最低分辨率 resolution_low	46.910 Å
R 因子 r_factor	0.2305
R_work r_work	0.2283
R_free r_free	0.2713

Crystal structure of the heterotrimeric PriSLX primase from S. solfataricus.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase small subunit PriS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA primase large subunit PriL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5of3__assembly_1__model_1

5of3__assembly_1__model_1 | I(q)

5of3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the heterotrimeric PriSLX primase from S. solfataricus.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase small subunit PriS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA primase large subunit PriL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5of3__assembly_1__model_1

5of3__assembly_1__model_1 | I(q)

5of3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)