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5oik

Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt A5PJW8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A5PJW8_BOVIN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–1174； UniProt 1–1174

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

物种未注明

UniProt Q3T0Q3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB3_BOVIN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275

Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D

物种未注明

UniProt Q1JQ91

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q1JQ91_BOVIN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

物种未注明

UniProt Q2T9T3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB1_BOVIN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

物种未注明

UniProt F2Z4C9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5oik 9xgk

共 2 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F2Z4C9_BOVIN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

物种未注明

UniProt Q5E9B8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB7_BOVIN
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172

Uncharacterized protein

物种未注明

UniProt F2Z4H3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F2Z4H3_BOVIN
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

物种未注明

UniProt Q32P73

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB9_BOVIN
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

物种未注明

UniProt Q32P78

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB5_BOVIN
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

物种未注明

UniProt Q32P79

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB11_BOVIN
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

物种未注明

UniProt Q3ZBC0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
5flm 5oik 8qq2 8qw8 8qw9 9xgk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB4_BOVIN
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58

Transcription elongation factor SPT4

Homo sapiens

UniProt P63272

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3h7h 5oik 6gmh 6gml 6ted 7oky 7und 7ycx 8p4c 8p4d 8p4f 8uha

共 31 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPT4H_HUMAN
Isoform —
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 Y； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

Transcription elongation factor SPT5

Homo sapiens

UniProt O00267

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5PJW8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （Q3T0Q3） Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 （Q1JQ91） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q2T9T3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （F2Z4C9） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （Q5E9B8） Uncharacterized protein × 1 （F2Z4H3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （Q32P73） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q32P78） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q32P79） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （Q3ZBC0） DNA (43-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3') ; × 1 DNA (43-MER) × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2do3 2e6z 2e70 5oho 5oho 5ohq 6eqy 6er0

共 8 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3h7h 4l1u 4l1u 4l1u 4l1u 5oik 6gmh 6gml 6ted 7okx 7oky 7ol0

共 50 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPT5H_HUMAN
Isoform —
PDB实体 17
链与序列区间 作者链 Z； PDB构建体 1–1087； UniProt 1–1087

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5oik
沉积日期 deposition_date2017-07-18
结构标题 titleStructure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex
关键词 keywordsRNA polymerase II, transcription elongation, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5oik__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5oik__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5oik__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）53.01 Å
Rg（电子密度）52.71 Å
总 Rg52.84 Å
原子数37988
残基数4619
排除体积671160 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5oik__assembly_1__model_1 heptadecameric （17） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

结构域编号 domain_id5oikA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id5oikA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 —
结构域编号 domain_id5oikB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2
结构域编号 domain_id5oikC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id5oikC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id5oikD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — RNA Polymerase II, Rpb4 subunit
结构域编号 domain_id5oikE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1340 — Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain
结构域编号 domain_id5oikE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — RPB5-like RNA polymerase subunit
结构域编号 domain_id5oikF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega
结构域编号 domain_id5oikG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_id5oikG02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id5oikH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id5oikI02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id5oikJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id5oikK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id5oikL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase ii, chain L
结构域编号 domain_id5oikY01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily210 —
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7. 引用文献 (1)