5ojm

Structure of a chimaeric beta3-alpha5 GABAA receptor in complex with nanobody Nb25

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 5	Nanobody Nb25 × 5 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRB3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 32–248； UniProt 26–242 作者链 B； PDB构建体 32–248； UniProt 26–242 作者链 C； PDB构建体 32–248； UniProt 26–242 作者链 D； PDB构建体 32–248； UniProt 26–242 作者链 E； PDB构建体 32–248； UniProt 26–242

;Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 ;

Homo sapiens

UniProt P31644

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 5	Nanobody Nb25 × 5 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRA5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 249–338； UniProt 257–346 作者链 A； PDB构建体 346–384； UniProt 424–462 作者链 B； PDB构建体 249–338； UniProt 257–346 作者链 B； PDB构建体 346–384； UniProt 424–462 作者链 C； PDB构建体 249–338； UniProt 257–346 作者链 C； PDB构建体 346–384； UniProt 424–462 作者链 D； PDB构建体 249–338； UniProt 257–346 作者链 D； PDB构建体 346–384； UniProt 424–462 作者链 E； PDB构建体 249–338； UniProt 257–346 作者链 E； PDB构建体 346–384； UniProt 424–462

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ojm
沉积日期 deposition_date	2017-07-21
结构标题 title	Structure of a chimaeric beta3-alpha5 GABAA receptor in complex with nanobody Nb25
关键词 keywords	GABAA receptor, Nanobody complex, Neurosteroid, Ion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ojm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ojm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ojm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.92 Å
Rg（电子密度）	40.25 Å
总 Rg	40.67 Å
原子数	18538
残基数	2270
排除体积	331890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ojm__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 ;
分子量 formula_weight	44433.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	18538

MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLKRNIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKSQPARAAKIDKMSRIVFPILFGTFNLVYWATYLNREPVIKGATSPKGTTETSQVAPA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody Nb25
分子量 formula_weight	13673.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGHTFNYPIMGWFRQAPGKEREFVGAISWSGGSTSYADSVKDRFTISRDNAKNTVYLEMNNLKPEDTAVYYCAAKGRYSGGLYYPTNYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	Llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5ojmA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5ojmA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5ojmB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5ojmB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5ojmC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5ojmC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5ojmD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5ojmD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5ojmE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5ojmE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

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晶胞边长 a length_a	177.350 Å
晶胞边长 b length_b	139.940 Å
晶胞边长 c length_c	191.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.880 Å
R 因子 r_factor	0.2345
R_work r_work	0.2337
R_free r_free	0.2496

Structure of a chimaeric beta3-alpha5 GABAA receptor in complex with nanobody Nb25

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ojm__assembly_1__model_1

5ojm__assembly_1__model_1 | I(q)

5ojm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a chimaeric beta3-alpha5 GABAA receptor in complex with nanobody Nb25

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ojm__assembly_1__model_1

5ojm__assembly_1__model_1 | I(q)

5ojm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)