SAXSdb — 5om6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1-antichymotrypsin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CITRIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CITRIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AACT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–369； UniProt 26–383 作者链 C； PDB构建体 12–369； UniProt 26–383 作者链 B； PDB构建体 1–40； UniProt 384–423 作者链 D； PDB构建体 1–40； UniProt 384–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5om6
沉积日期 deposition_date	2017-07-28
结构标题 title	Crystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant DBS-I-allo2: a MMP9-cleavable drug-binding serpin for doxycycline
关键词 keywords	Serpin, alpha1-Antichymotrypsin, Doxycycline-binding protein, MMP9-cleavable RCL, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5om6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5om6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5om6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.16 Å
Rg（电子密度）	21.78 Å
总 Rg	22.73 Å
原子数	3038
残基数	378
排除体积	54493 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5om6__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5om6__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-1-antichymotrypsin
分子量 formula_weight	41924.5 kDa
突变 mutation	L24R W194F W215Y E242Q K244N L269S P270Q K274S W276F R277F A349R V355L I357G T358P L359R L360Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6454

MKHHHHHHMKQNSPLDEENLTQENQDRGTHVDRGLASANVDFAFSLYKQLVLKAPDKNVIFSPLSISTALAFLSLGAHNTTLTEILKGLKFNLTETSEAEIHQSFQHLLRTLNQSSDELQLSMGNAMFVKEQLSLLDRFTEDAKRLYGSEAFATDFQDSAAAKKLINDYVKNGTRGKITDLIKDLDSQTMMVLVNYIFFKAKFEMPFDPQDTHQSRFYLSKKKYVMVPMMSLHHLTIPYFRDEELSCTVVQLNYTGNASALFILPDQDKMEEVEAMLSQETLSRFFDSLEFREIGELYLPKFSISRDYNLNDILLQLGIEEAFTSKADLSGITGARNLAVSQVVHKAVLDVFEEGTERSAATALKGPRQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Alpha-1-antichymotrypsin
分子量 formula_weight	4762.6 kDa
突变 mutation	L24R W194F W215Y E242Q K244N L269S P270Q K274S W276F R277F A349R V355L I357G T358P L359R L360Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

ITAVETRTIVRFNRPFLMIIVDHFTWSIFFMSKVTNPKQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	374

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5om6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	5om6A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

结构域编号 domain_id	5om6C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	5om6C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

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晶胞边长 a length_a	75.803 Å
晶胞边长 b length_b	73.921 Å
晶胞边长 c length_c	78.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.849 Å
最低分辨率 resolution_low	38.601 Å
R 因子 r_factor	0.1954
R_work r_work	0.1941
R_free r_free	0.2383

Crystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant DBS-I-allo2: a MMP9-cleavable drug-binding serpin for doxycycline

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1-antichymotrypsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5om6__assembly_1__model_1

5om6__assembly_1__model_1 | I(q)

5om6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant DBS-I-allo2: a MMP9-cleavable drug-binding serpin for doxycycline

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1-antichymotrypsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5om6__assembly_1__model_1

5om6__assembly_1__model_1 | I(q)

5om6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)