SAXSdb — 5osy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppX diphosphatase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl-[[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl-oxidanyl-phosphoryl]oxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-phosphinic acid ; × 2 GLYCEROL × 5 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCPS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 37–337 作者链 B； PDB构建体 1–301； UniProt 37–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5osy
沉积日期 deposition_date	2017-08-18
结构标题 title	Human Decapping Scavenger enzyme (hDcpS) in complex with m7G(5'S)ppSp(5'S)G mRNA 5' cap analog
关键词 keywords	;Protein-ligand complex, decapping, DcpS, m7G(5'S)ppSp(5'S)G, phosphorothiolate, mRNA 5' cap analog, mRNA turnover, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5osy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5osy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5osy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.29 Å
Rg（电子密度）	25.12 Å
总 Rg	25.94 Å
原子数	4890
残基数	591
排除体积	86777 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5osy__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	m7GpppX diphosphatase
分子量 formula_weight	34891.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5432

SAPVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl-[[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl-oxidanyl-phosphoryl]oxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-phosphinic acid ;
分子量 formula_weight	851.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	467

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5osya1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.246 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.246.1 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
家族 Family family	d.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5osya2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.3 — mRNA decapping enzyme DcpS C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5osyb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.246 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.246.1 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
家族 Family family	d.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5osyb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.3 — mRNA decapping enzyme DcpS C-terminal domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5osyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5osyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

结构域编号 domain_id	5osyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5osyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2240 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5osyB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

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晶胞边长 a length_a	57.904 Å
晶胞边长 b length_b	84.549 Å
晶胞边长 c length_c	126.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	47.787 Å
R 因子 r_factor	0.1806
R_work r_work	0.1781
R_free r_free	0.2266

Human Decapping Scavenger enzyme (hDcpS) in complex with m7G(5'S)ppSp(5'S)G mRNA 5' cap analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppX diphosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5osy__assembly_1__model_1

5osy__assembly_1__model_1 | I(q)

5osy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Human Decapping Scavenger enzyme (hDcpS) in complex with m7G(5'S)ppSp(5'S)G mRNA 5' cap analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppX diphosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5osy__assembly_1__model_1

5osy__assembly_1__model_1 | I(q)

5osy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)