5oym

HIV Integrase Binding Domain of Lens Epithelium-Derived Growth Factor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PC4 and SFRS1-interacting protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 345–431 链 B； UniProt 345–431 链 C； UniProt 345–431 链 D； UniProt 345–431 链 E； UniProt 345–431 链 F； UniProt 345–431 链 G； UniProt 345–431 链 H； UniProt 345–431	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M Sodium Fluoride, 0.1 M bis-Tris propane, pH 8.5 and 20 % w/v PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5OYM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z9E Solution structure of the HIV-1 integrase-binding domain in LEDGF/p75 提交 2005-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 347–471（125 aa）片段：sequence database residues 347-471 contains: HIV-1 integrase-binding domain (residues 347-429)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.25；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl, 50 mM Posphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM protein, 100 mM NaCl, 50 mM Phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM protein, 100 mM NaCl, 38 mM Na2HPO4, 12 mM NaH2PO4, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2B4J Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and LEDGF/p75 提交 2005-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 347–442（96 aa）片段：LEDGF 链 D 347–442（96 aa）片段：LEDGF	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；295 K；PEG-3350, Na2HPO4, NaH2PO4, KH2PO4, NACL, HEPES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.02 Å R-free 0.226
2B4J Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and LEDGF/p75 提交 2005-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 347–442（96 aa）片段：LEDGF 链 D 347–442（96 aa）片段：LEDGF	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；295 K；PEG-3350, Na2HPO4, NaH2PO4, KH2PO4, NACL, HEPES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.02 Å R-free 0.226
2M16 P75/LEDGF PWWP Domain 提交 2012-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：unp residues 1-93	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.35；压力 ambient NMR样品组成 0.35-0.45 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.66 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MSR Solution structure of LEDGF/p75 IBD in complex with MLL1 peptide (140-160) 提交 2014-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 344–426（83 aa）片段：UNP residues 344-425	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM MLL1_140, 0.5 mM [U-13C; U-15N] IBD, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 0.05 % beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MTN Solution structure of MLL-IBD complex 提交 2014-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 337–442（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N3A Solution structure of LEDGF/p75 IBD in complex with POGZ peptide (1389-1404) 提交 2015-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 348–426（79 aa）片段：UNP residues 348-426	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM peptide, 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 m 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 q 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 u 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 W 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 i 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 K 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 a 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 m 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 q 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 u 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 O 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 S 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 e 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 O 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 W 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 a 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 e 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 i 347–435（89 aa）片段：LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 H 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 K 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 L 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 J 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 K 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 L 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 H 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 I 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435 链 J 347–435（89 aa）片段：integrase binding domain, UNP residues 347-435	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPH Closed tetramer of Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 348–435（88 aa）片段：Integrase binding domain, UNP residues 348-435 链 F 348–435（88 aa）片段：Integrase binding domain, UNP residues 348-435 链 G 348–435（88 aa）片段：Integrase binding domain, UNP residues 348-435 链 H 348–435（88 aa）片段：Integrase binding domain, UNP residues 348-435	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.7-0.9M (NH4)2HPO4, 2.5% Jeffamine M600,100mM Bis-Tris propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.64 Å R-free 0.253
3U88 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF 提交 2011-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 347–435（89 aa）	未记录	CHD CHOLIC ACID × 1 GGB L-CANAVANINE × 4 0BR (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLV GLYOXYLIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；1.6 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.233
3U88 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF 提交 2011-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 347–435（89 aa）	未记录	CHD CHOLIC ACID × 1 GGB L-CANAVANINE × 1 0BR (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLV GLYOXYLIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；1.6 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.233
3ZEH Solution structure of the Hs. PSIP1 PWWP domain 提交 2012-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–100（98 aa）片段：PWWP DOMAIN, RESIDUES 3-100	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0 NMR样品组成 90% WATER 10% D2O 20 MM NAPI PH 6 100 MM NACL	分辨率未提供
4FU6 Crystal structure of the PSIP1 PWWP domain 提交 2012-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–135（135 aa）片段：UNP residues 1-135	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；The protein sample was treated with V8 protease. 2.5M ammonium sulfate, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.232
5N88 Crystal structure of antibody bound to viral protein 提交 2017-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 347–424（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25.0% PEG 3350, 10mM Tris pH8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
5N88 Crystal structure of antibody bound to viral protein 提交 2017-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 347–425（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25.0% PEG 3350, 10mM Tris pH8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
5YI9 Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - JPO2 (aa 56-91) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–442（98 aa）片段：UNP RESIDUES 345-442,UNP RESIDUES 345-442	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD- JPO2 M2, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6EMO Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - JPO2 (aa 1-32) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–442（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-JPO2 M1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6EMP Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - POGZ (aa 1370-1404) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–442（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitraty NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-POGZ, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6EMQ Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - MLL1 (aa 111-160) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–443（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-MLL1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6EMR Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - IWS1 (aa 446-548) complex 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–441（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-IWS1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.20 Å
6TRJ LEDGF/p75 IBD dimer 提交 2019-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 345–430（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1M DL-Serine; 0.1 M Tris (base); BICINE pH 8.5; 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 (Morpheus Molecular Dimensions condition H11)	分辨率 1.30 Å R-free 0.177
6TVM LEDGF/p75 dimer (residues 345-467) 提交 2020-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 345–467（123 aa）链 B 345–467（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6ZV0 TFIIS N-terminal domain (TND) from human LEDGF/p75 提交 2020-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 345–431（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）225；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75, 25 mM [U-2H] TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7OUF Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor XZ450 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 1–325（325 aa）链 F 1–325（325 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 1L0 4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[3-(dimethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7OUG STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 1–325（325 aa）链 F 1–325（325 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 RLT N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7PEL CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma 提交 2021-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 1–325（325 aa）链 F 1–325（325 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
7Z1Z MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 Q 347–435（89 aa）链 R 347–435（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–530（530 aa）链 L 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–530（530 aa）链 L 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 K 1–530（530 aa）链 L 1–530（530 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
9BW9 Tetrameric Complex of full-length HIV-1 integrase protein bound to the integrase binding domain of LEDGF/p75 提交 2024-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 347–435（89 aa）链 F 347–435（89 aa）链 G 347–435（89 aa）链 H 347–435（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C	分辨率 4.10 Å
9XYC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome LEDGF+nucleosome map Q 提交 2025-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 l 2–530（529 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 34 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSIP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 25–111； UniProt 345–431 作者链 B； PDB构建体 25–111； UniProt 345–431 作者链 C； PDB构建体 25–111； UniProt 345–431 作者链 D； PDB构建体 25–111； UniProt 345–431 作者链 E； PDB构建体 25–111； UniProt 345–431 作者链 F； PDB构建体 25–111； UniProt 345–431 作者链 G； PDB构建体 25–111； UniProt 345–431 作者链 H； PDB构建体 25–111； UniProt 345–431

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5oym
沉积日期 deposition_date	2017-09-11
结构标题 title	HIV Integrase Binding Domain of Lens Epithelium-Derived Growth Factor
关键词 keywords	Integrase binding, transciptional co-activator, domain swap, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.30 Å
零角强度 I(0) i0	105866000.00
分子量 molecular_weight	80633.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101320 Å³
包络体积 envelope_volume	132000 Å³
水化壳体积 shell_volume	38719 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.04 Å
包络 Rg envelope_rg	27.58 Å
形状 Rg shape_rg	28.26 Å
总 Rg total_rg	29.18 Å
总原子数 total_atoms	5606
残基数 n_residues	687
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6872
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.079
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.380
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.156; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d5oyma_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

结构域编号 domain_id	d5oymb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

结构域编号 domain_id	d5oymb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5oymc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

结构域编号 domain_id	d5oymd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

结构域编号 domain_id	d5oymd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5oyme_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

结构域编号 domain_id	d5oymf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

结构域编号 domain_id	d5oymf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5oymg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

结构域编号 domain_id	d5oymg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5oymh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.181 Å
晶胞边长 b length_b	54.814 Å
晶胞边长 c length_c	117.996 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	14.980 Å
R 因子 r_factor	0.1851
R_work r_work	0.1823
R_free r_free	0.2363

描述 description	PC4 and SFRS1-interacting protein
分子量 formula_weight	11897.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,G,A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	6129

HIV Integrase Binding Domain of Lens Epithelium-Derived Growth Factor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PC4 and SFRS1-interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	445

fit	/app/data/saxs_computation/oy/5oym/5oym.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oy/5oym/5oym.pr.out
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