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5pcy

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 43.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLASTOCYANIN

Populus nigra

UniProt P00299

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 70–168 未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5PCY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JXG The 1.6 A Resolution Crystal Structure of a Mutant Poplar Plastocyanin Bearing a 21-25 Engeneered Disulfide Bridge 提交 2001-09-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–168（99 aa）
突变：I21C, E25C CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
1JXG The 1.6 A Resolution Crystal Structure of a Mutant Poplar Plastocyanin Bearing a 21-25 Engeneered Disulfide Bridge 提交 2001-09-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 70–168（99 aa）
突变：I21C, E25C CU1 COPPER (I) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
1PLC ACCURACY AND PRECISION IN PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS: RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE CRYSTAL STRUCTURE OF POPLAR PLASTOCYANIN AT 1.33 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-03-11 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–168（99 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.33 Å
1PNC ACCURACY AND PRECISION IN PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS: TWO INDEPENDENT REFINEMENTS OF THE STRUCTURE OF POPLAR PLASTOCYANIN AT 173K 提交 1993-09-22 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–168（99 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1PND ACCURACY AND PRECISION IN PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS: TWO INDEPENDENT REFINEMENTS OF THE STRUCTURE OF POPLAR PLASTOCYANIN AT 173K 提交 1993-09-22 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–168（99 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1TKW The transient complex of poplar plastocyanin with turnip cytochrome f determined with paramagnetic NMR 提交 2004-06-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 70–168（99 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 1
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）11 mM；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in oxidized state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 | 94% H2O, 6% D2O
NMR样品组成 0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in reduced state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 + 1 mM sodium ascorbate | 94% H2O, 6% D2O
分辨率未提供
2PCY THE CRYSTAL STRUCTURE OF POPLAR APOPLASTOCYANIN AT 1.8-ANGSTROMS RESOLUTION. THE GEOMETRY OF THE COPPER-BINDING SITE IS CREATED BY THE POLYPEPTIDE 提交 1983-11-03 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–168（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
3PCY THE CRYSTAL STRUCTURE OF MERCURY-SUBSTITUTED POPLAR PLASTOCYANIN AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1985-12-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–168（99 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
4DP7 The 1.08 Angstrom crystal structure of oxidized (CuII) poplar plastocyanin A at pH 4.0 提交 2012-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 70–168（99 aa） 片段：UNP residues 70-168
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.08 Å R-free 0.142
4DP8 The 1.07 Angstrom crystal structure of reduced (CuI) poplar plastocyanin A at pH 4.0 提交 2012-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 70–168（99 aa） 片段：UNP residues 70-168
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.07 Å R-free 0.165
4DP9 The 1.00 Angstrom crystal structure of oxidized (CuII) poplar plastocyanin A at pH 6.0 提交 2012-02-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 70–168（99 aa） 片段：UNP residues 70-168
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.00 Å R-free 0.144
4DPA The 1.05 Angstrom crystal structure of reduced (CuI) poplar plastocyanin A at pH 6.0 提交 2012-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 70–168（99 aa） 片段：UNP residues 70-168
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.05 Å R-free 0.155
4DPB The 1.00 Angstrom crystal structure of oxidized (CuII) poplar plastocyanin A at pH 8.0 提交 2012-02-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 70–168（99 aa） 片段：UNP residues 70-168
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.00 Å R-free 0.136
4DPC The 1.06 Angstrom crystal structure of reduced (CuI) poplar plastocyanin A at pH 8.0 提交 2012-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 70–168（99 aa） 片段：UNP residues 70-168
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.06 Å R-free 0.155
4PCY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES 提交 1986-09-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–168（99 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.15 Å
6PCY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES 提交 1986-09-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–168（99 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLAS1_POPNI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 70–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5pcy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5pcy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5pcy
沉积日期 deposition_date1986-09-02
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES
关键词 keywordsELECTRON TRANSPORT PROTEIN(CUPROPROTEIN); ELECTRON TRANSPORT PROTEIN(CUPROPROTEIN)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.36 Å
零角强度 I(0) i02386060.00
分子量 molecular_weight10540.0 kDa
排除体积 excluded_volume13079 ų
包络体积 envelope_volume14067 ų
水化壳体积 shell_volume9899 ų
包络直径 envelope_diameter40.7 Å
壳层 Rg shell_rg17.85 Å
包络 Rg envelope_rg12.57 Å
形状 Rg shape_rg12.35 Å
总 Rg total_rg13.64 Å
总原子数 total_atoms739
残基数 n_residues99
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax43.5 Å
Rg (实空间) rg_real13.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.19 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3860e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3490e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2386000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.1 Å
偏度 Skewness skewness0.111
峰度 Kurtosis kurtosis-0.421
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha331100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.994
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5pcya_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5pcyA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
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8. 引用文献 (5)

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9. 文件与曲线 (10)