5pfc

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of BAZ2B after initial refinement with no ligand modelled (structure 141)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

Homo sapiens

UniProt Q9UIF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1954–2068 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;277 K;30% PEG600 -- 0.1M MES pH 6.0 分辨率 1.75 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、271 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAZ2B_HUMAN
Isoform Q9UIF8-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 24–138; UniProt 1954–2068

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5pfc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5pfc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5pfc
沉积日期 deposition_date2017-02-03
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of BAZ2B after initial refinement with no ligand modelled (structure 141)
关键词 keywordsPanDDA, SGC - Diamond I04-1 fragment screening, bromodomain, epigenetics, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.91
零角强度 I(0) i03555520.00
分子量 molecular_weight13307.0 kDa
排除体积 excluded_volume16691 ų
包络体积 envelope_volume20725 ų
水化壳体积 shell_volume11761 ų
包络直径 envelope_diameter61.3
壳层 Rg shell_rg21.01
包络 Rg envelope_rg17.10
形状 Rg shape_rg15.82
总 Rg total_rg17.22
总原子数 total_atoms934
残基数 n_residues115
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.3
Rg (实空间) rg_real16.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real3.5560e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2820e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3555000.0000
解质量估计 total_estimate0.7919
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.8
偏度 Skewness skewness0.657
峰度 Kurtosis kurtosis0.336
角度范围 angular_range— – 0.4750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha597700.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.517; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.778; Smooth: 0.962

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5pfca1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5pfca2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5pfcA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)