5qtx

FACTOR XIA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR ethyl (2R,7S)-7-({(2E)-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl}amino)-14-[(methoxycarbonyl)amino]-1,2,3,4,5,6,7,9-octahydro-11,8-(azeno)-1,9-benzodiazacyclotridecine-2-carboxylate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor XI

Homo sapiens

UniProt P03951

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 388–625 链 H; UniProt 375–387 片段:COAGULATION FACTOR XI, HEAVY CHAIN 片段:N-ter fragment QLD ethyl (2R,7S)-7-({(2E)-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl}amino)-14-[(methoxycarbonyl)amino]-1,2,3,4,5,6,7,9-octahydro-11,8-(azeno)-1,9-benzodiazacyclotridecine-2-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;100 mM sodium acetate, pH 4.6, 25% (w/v) MePEG2000, 200 mM ammonium sulfate, then transferred to 100 mM Tris-HCl, pH 7.0, 25% (w/v) MePEG2000, 200 MM ammonium sulfate 分辨率 2.07 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA11_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–238; UniProt 388–625 作者链 H; PDB构建体 6–18; UniProt 375–387

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5qtx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5qtx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5qtx
沉积日期 deposition_date2019-11-13
结构标题 titleFACTOR XIA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR ethyl (2R,7S)-7-({(2E)-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl}amino)-14-[(methoxycarbonyl)amino]-1,2,3,4,5,6,7,9-octahydro-11,8-(azeno)-1,9-benzodiazacyclotridecine-2-carboxylate
关键词 keywordsHYDROLASE, SERINE PROTEASE, BLOOD COAGULATION FACTOR, PROTEIN INHIBITOR COMPLEX, HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex; HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.84
零角强度 I(0) i014728100.00
分子量 molecular_weight28385.0 kDa
排除体积 excluded_volume35331 ų
包络体积 envelope_volume39412 ų
水化壳体积 shell_volume18896 ų
包络直径 envelope_diameter57.8
壳层 Rg shell_rg23.78
包络 Rg envelope_rg17.23
形状 Rg shape_rg16.80
总 Rg total_rg17.95
总原子数 total_atoms2021
残基数 n_residues235
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.8
Rg (实空间) rg_real17.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.13
I(0) (实空间) i0_real1.4730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14730000.0000
解质量估计 total_estimate0.6726
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3
偏度 Skewness skewness0.133
峰度 Kurtosis kurtosis-0.398
角度范围 angular_range— – 0.4400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0008
最高正则化参数 α highest_alpha5503000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.965

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5qtxa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5qtxA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (14)

9. 文件与曲线 (10)