SAXSdb — 5sup

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase SUB2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	RNA annealing protein YRA1 × 1 （Q12159） ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	RNA annealing protein YRA1 × 1 （Q12159） ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	RNA annealing protein YRA1 × 1 （Q12159） ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–390； UniProt 61–446 作者链 B； PDB构建体 5–390； UniProt 61–446 作者链 C； PDB构建体 5–390； UniProt 61–446

RNA annealing protein YRA1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12159

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	ATP-dependent RNA helicase SUB2 × 1 （Q07478） ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	ATP-dependent RNA helicase SUB2 × 1 （Q07478） ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	ATP-dependent RNA helicase SUB2 × 1 （Q07478） ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YRA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 6–32； UniProt 200–226 作者链 H； PDB构建体 6–32； UniProt 200–226 作者链 I； PDB构建体 6–32； UniProt 200–226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5sup
沉积日期 deposition_date	2016-08-03
结构标题 title	Crystal structure of the Sub2-Yra1 complex in association with RNA
关键词 keywords	mRNA export, HYDROLASE-RNA complex; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5sup__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5sup__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5sup__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.22 Å
Rg（电子密度）	21.31 Å
总 Rg	22.09 Å
原子数	3350
残基数	402
排除体积	59392 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5sup__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5sup__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5sup__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase SUB2
分子量 formula_weight	44462.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10127

GAMGSTGFKDFLLKPELSRAIIDCGFEHPSEVQQHTIPQSIHGTDVLCQAKSGLGKTAVFVLSTLQQLDPVPGEVAVVVICNARELAYQIRNEYLRFSKYMPDVKTAVFYGGTPISKDAELLKNKDTAPHIVVATPGRLKALVREKYIDLSHVKNFVIDECDKVLEELDMRRDVQEIFRATPRDKQVMMFSATLSQEIRPICRRFLQNPLEIFVDDEAKLTLHGLQQYYIKLEEREKNRKLAQLLDDLEFNQVIIFVKSTTRANELTKLLNASNFPAITVHGHMKQEERIARYKAFKDFEKRICVSTDVFGRGIDIERINLAINYDLTNEADQYLHRVGRAGRFGTKGLAISFVSSKEDEEVLAKIQERFDVKIAEFPEEGIDPSTYLNN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA annealing protein YRA1
分子量 formula_weight	3679.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

GAMGSNKPKREKPAKKSLEDLDKEMADYFEKK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	4547.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E,F

UUUUUUUUUUUUUUU

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5supA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5supA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5supB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5supB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5supC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5supC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	99.346 Å
晶胞边长 b length_b	99.346 Å
晶胞边长 c length_c	247.469 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.673 Å
R 因子 r_factor	0.2213
R_work r_work	0.2189
R_free r_free	0.2676

Crystal structure of the Sub2-Yra1 complex in association with RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase SUB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA annealing protein YRA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5sup__assembly_3__model_1

5sup__assembly_3__model_1 | I(q)

5sup__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Sub2-Yra1 complex in association with RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase SUB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA annealing protein YRA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5sup__assembly_3__model_1

5sup__assembly_3__model_1 | I(q)

5sup__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)