5t03

Crystal structure of heparan sulfate 6-O-sulfotransferase with bound PAP and glucuronic acid containing hexasaccharide substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

maltose binding protein - heparan sulfate 6-O-sulfotransferase isoform 3 fusion protein

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	;2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid ; × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1 P-NITROPHENOL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 11 CHLORIDE ION × 3 SODIUM ION × 4 L(+)-TARTARIC ACID × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	;2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid ; × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1 P-NITROPHENOL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 5 CHLORIDE ION × 2 SODIUM ION × 2 L(+)-TARTARIC ACID × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H6ST3_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 372–692； UniProt 75–395 作者链 B； PDB构建体 372–692； UniProt 75–395

maltose binding protein - heparan sulfate 6-O-sulfotransferase isoform 3 fusion protein

Danio rerio

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	;2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid ; × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1 P-NITROPHENOL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 11 CHLORIDE ION × 3 SODIUM ION × 4 L(+)-TARTARIC ACID × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	;2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid ; × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1 P-NITROPHENOL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 5 CHLORIDE ION × 2 SODIUM ION × 2 L(+)-TARTARIC ACID × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392 作者链 B； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5t03
沉积日期 deposition_date	2016-08-15
结构标题 title	Crystal structure of heparan sulfate 6-O-sulfotransferase with bound PAP and glucuronic acid containing hexasaccharide substrate
关键词 keywords	heparan sulfate, sulfotransferase, complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5t03__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5t03__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5t03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.77 Å
Rg（电子密度）	29.98 Å
总 Rg	30.62 Å
原子数	5458
残基数	670
排除体积	96747 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5t03__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5t03__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	maltose binding protein - heparan sulfate 6-O-sulfotransferase isoform 3 fusion protein
分子量 formula_weight	78557.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.2.-
突变 mutation	D82A, K83A, E172A, N173A, K239A, E359A, K362A, D363A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11901

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAKFNFTERDLTRDVDFNIKGDDVIVFLHIQKTGGTTFGRHLVRNIRLEQPCDCKAGQKKCTCHRPGKQESWLFSRFSTGWSCGLHADWTELTNCVPVIMDKRQPPKRKRNFYYITMLRDPVSRYLSEWKHVQRGATWKTSLHMCDGRSPTQDELPTCYNGDDWSGVTLHDFMDCPSNLANNRQVRMLADLSLVGCYNLSTMNESERNPILLASAKSNLKNMAFYGLTEFQRKTQYLFERTFHLRFISAFTQINSTRAANVELRDDMRSRIEQLNMLDMQLYEFAKDLFLQRYQFVRQRERQEERLKRREERRWIRERRVNQS

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	Zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid ;
分子量 formula_weight	1270.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	666.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	P-NITROPHENOL
分子量 formula_weight	139.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	915

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5t03A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5t03B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	5t03B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	75.778 Å
晶胞边长 b length_b	128.396 Å
晶胞边长 c length_c	179.722 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	38.648 Å
R 因子 r_factor	0.1744
R_work r_work	0.1735
R_free r_free	0.2117

Crystal structure of heparan sulfate 6-O-sulfotransferase with bound PAP and glucuronic acid containing hexasaccharide substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

maltose binding protein - heparan sulfate 6-O-sulfotransferase isoform 3 fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

maltose binding protein - heparan sulfate 6-O-sulfotransferase isoform 3 fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5t03__assembly_1__model_1

5t03__assembly_1__model_1 | I(q)

5t03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of heparan sulfate 6-O-sulfotransferase with bound PAP and glucuronic acid containing hexasaccharide substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

maltose binding protein - heparan sulfate 6-O-sulfotransferase isoform 3 fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

maltose binding protein - heparan sulfate 6-O-sulfotransferase isoform 3 fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5t03__assembly_1__model_1

5t03__assembly_1__model_1 | I(q)

5t03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)