SAXSdb — 5t1d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

Epstein-Barr virus (strain B95-8)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–674	未记录	Envelope glycoprotein L × 1 （P03212） Glycoprotein 42 × 1 （P0C6Z5） E1D1 IgG2a heavy chain × 1 E1D1 IgG2a light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.18 M Potassium Citrate, 12 % PEG 6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T1D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 3 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 5 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–679（660 aa）片段：UNP residues 20-679	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 20–679（660 aa）片段：UNP residues 20-679	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7S07 Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769B10 and 769C2 提交 2021-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH6.5, 20% PEG3350, 7.5% Glycerol, 0.7% Dioxane	分辨率 3.29 Å R-free 0.291
7S1B Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoproteins gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769C2 and 770F7 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 18–674（657 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 24% PEG3350, 7.5% Glycerol	分辨率 3.03 Å R-free 0.288
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 17–674（658 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 17–674（658 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281
8TNT Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with antibodies F-2-1 and 769C2 提交 2023-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 19–674（656 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；280 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 4% Tacsimate pH 7.0, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.287

共 7 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GH_EBVB9
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–655； UniProt 20–674

Envelope glycoprotein L

Epstein-Barr virus (strain B95-8)

UniProt P03212

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–135	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （P03231） Glycoprotein 42 × 1 （P0C6Z5） E1D1 IgG2a heavy chain × 1 E1D1 IgG2a light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.18 M Potassium Citrate, 12 % PEG 6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T1D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 2 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 4 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 6 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 24–137（114 aa）片段：UNP residues 24-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 24–137（114 aa）片段：UNP residues 24-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 24–132（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 24–132（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 24–132（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 24–132（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7S07 Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769B10 and 769C2 提交 2021-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 27–124（98 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH6.5, 20% PEG3350, 7.5% Glycerol, 0.7% Dioxane	分辨率 3.29 Å R-free 0.291
7S1B Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoproteins gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769C2 and 770F7 提交 2021-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 24–137（114 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 24% PEG3350, 7.5% Glycerol	分辨率 3.03 Å R-free 0.288
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 24–135（112 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 24–135（112 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281
8TNT Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with antibodies F-2-1 and 769C2 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 24–135（112 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；280 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 4% Tacsimate pH 7.0, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.287

共 7 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GL_EBVB9
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 24–135

Glycoprotein 42

Epstein-Barr virus (strain GD1)

UniProt P0C6Z5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 33–223	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （P03231） Envelope glycoprotein L × 1 （P03212） E1D1 IgG2a heavy chain × 1 E1D1 IgG2a light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.18 M Potassium Citrate, 12 % PEG 6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T1D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C5V An anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection defines a site of vulnerability on Epstein-Barr virus 提交 2018-01-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 33–223（191 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7S07 Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769B10 and 769C2 提交 2021-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 47–79（33 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH6.5, 20% PEG3350, 7.5% Glycerol, 0.7% Dioxane	分辨率 3.29 Å R-free 0.291
7S1B Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoproteins gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769C2 and 770F7 提交 2021-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 47–79（33 aa）片段：Residues 47-79	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 24% PEG3350, 7.5% Glycerol	分辨率 3.03 Å R-free 0.288
7YOY Cryo-EM structure of EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5E3 (localized refinement) 提交 2022-08-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 88–223（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
8KHR Cryo-EM structure of EBV gH/gL-gp42 in complex with fab 2C1 提交 2023-08-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 34–223（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9IVJ Cryo-EM structure of EBV gH/gL/gp42 in complex with fab 4G12 提交 2024-07-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 34–223（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GP42_EBVG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–191； UniProt 33–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5t1d
沉积日期 deposition_date	2016-08-18
结构标题 title	Crystal structure of EBV gHgL/gp42/E1D1 complex
关键词 keywords	receptor binding, herpesvirus entry, Epstein-Barr Virus, membrane fusion, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.97 Å
零角强度 I(0) i0	325394000.00
分子量 molecular_weight	150800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	189390 Å³
包络体积 envelope_volume	266440 Å³
水化壳体积 shell_volume	48025 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.25 Å
包络 Rg envelope_rg	53.34 Å
形状 Rg shape_rg	52.95 Å
总 Rg total_rg	52.79 Å
总原子数 total_atoms	21034
残基数 n_residues	1356
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	178.8 Å
Rg (实空间) rg_real	52.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	324800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7192
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.649
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.535; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.598; Smooth: 0.143

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein H
分子量 formula_weight	72600.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	21048

LSEVKLHLDIEGHASHYTIPWTELMAKVPGLSPEALWREANVTEDLASMLNRYKLIYKTSGTLGIALAEPVDIPAVSEGSMQVDASKVHPGVISGLNSPACMLSAPLEKQLFYYIGTMLPNTRPHSYVFYQLRCHLSYVALSINGDKFQYTGAMTSKFLMGTYKRVTEKGDEHVLSLVFGKTKDLPDLRGPFSYPSLTSAQSGDYSLVIVTTFVHYANFHNYFVPNLKDMFSRAVTMTAASYARYVLQKLVLLEMKGGCREPELDTETLTTMFEVSVAFFKVGHAVGETGNGCVDLRWLAKSFFELTVLKDIIGICYGATVKGMQSYGLERLAAMLMATVKMEELGHLTTEKQEYALRLATVGYPKAGVYSGLIGGATSVLLSAYNRHPLFQPLHTVMRETLFIGSHVVLRELRLNVTTQGPNLALYQLLSTALCSALEIGEVLRGLALGTESGLFSPCYLSLRFDLTRDKLLSMAPQEATLDQAAVSNAVDGFLGRLSLEREDRDAWHLPAYKCVDRLDKVLMIIPLINVTFIISSDREVRGSALYEASTTYLSSSLFLSPVIMNKCSQGAVAGEPRQIPKIQNFTRTQKSCIFCGFALLSYDEKEGLETTTYITSQEVQNSILSSNYFDFDNLHVHYLLLTTNGTVMEIAGLY

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus (strain B95-8)
通用名 common_name	HHV-4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein L
分子量 formula_weight	12475.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

WAYPCCHVTQLRAQHLLALENISDIYLVSNQTCDGFSLASLNSPKNGSNQLVISRCANGLNVVSFFISILKRSSSALTGHLRELLTTLETLYGSFSVEDLFGANLNRYAWHR

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus (strain B95-8)
通用名 common_name	HHV-4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Glycoprotein 42
分子量 formula_weight	21626.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GGGRVAAAAITWVPKPNVEVWPVDPPPPVNFNKTAEQEYGDKEVKLPHWTPTLHTFQVPQNYTKANCTYCNTREYTFSYKGCCFYFTKKKHTWNGCFQACAELYPCTYFYGPTPDILPVVTRNLNAIESLWVGVYRVGEGNWTSLDGGTFKVYQIFGSHCTYVSKFSTVPVSHHECSFLKPCLCVSQRSNS

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus (strain GD1)
通用名 common_name	HHV-4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	E1D1 IgG2a heavy chain
分子量 formula_weight	22839.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLEQSGPELVKPGASVKMSCKASGYTFTDYVISWVKQRTGQGLEWIGEIYPESGNTYYNEKFKGEATLTADKSSNTAYMQLSRLTSEDSAVYFCAEGYAMDFWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	E1D1 IgG2a light chain
分子量 formula_weight	23986.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVITQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSLLHSNGNTYLHWYLQRPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLMINRVEAEDLGVYFCSQSIHVPRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRN

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5t1dh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5t1dl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5t1dl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5t1dA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	380 — Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Herpesvirus glycoprotein H, domain D-II

结构域编号 domain_id	5t1dB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	390 — SAND domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Viral glycoprotein L

结构域编号 domain_id	5t1dH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5t1dH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5t1dL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5t1dL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	105.510 Å
晶胞边长 b length_b	166.000 Å
晶胞边长 c length_c	272.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	46.110 Å
R 因子 r_factor	0.2143
R_work r_work	0.2116
R_free r_free	0.2650

fit	/app/data/saxs_computation/t1/5t1d/5t1d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t1/5t1d/5t1d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t1/5t1d/5t1d.dat

Crystal structure of EBV gHgL/gp42/E1D1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycoprotein 42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)