SAXSdb — 8tnn

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tnn
沉积日期 deposition_date	2023-08-02
结构标题 title	Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10
关键词 keywords	Viral Protein, Antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.56 Å
零角强度 I(0) i0	1207400000.00
分子量 molecular_weight	288060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	359410 Å³
包络体积 envelope_volume	535960 Å³
水化壳体积 shell_volume	88114 Å³
包络直径 envelope_diameter	174.2 Å
壳层 Rg shell_rg	53.96 Å
包络 Rg envelope_rg	50.12 Å
形状 Rg shape_rg	50.55 Å
总 Rg total_rg	50.70 Å
总原子数 total_atoms	20293
残基数 n_residues	2699
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	172.6 Å
Rg (实空间) rg_real	50.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2070e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1207000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8670
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.788

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein H
分子量 formula_weight	72829.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	20293

AASLSEVKLHLDIEGHASHYTIPWTELMAKVPGLSPEALWREANVTEDLASMLNRYKLIYKTSGTLGIALAEPVDIPAVSEGSMQVDASKVHPGVISGLNSPACMLSAPLEKQLFYYIGTMLPNTRPHSYVFYQLRCHLSYVALSINGDKFQYTGAMTSKFLMGTYKRVTEKGDEHVLSLVFGKTKDLPDLRGPFSYPSLTSAQSGDYSLVIVTTFVHYANFHNYFVPNLKDMFSRAVTMTAASYARYVLQKLVLLEMKGGCREPELDTETLTTMFEVSVAFFKVGHAVGETGNGCVDLRWLAKSFFELTVLKDIIGICYGATVKGMQSYGLERLAAMLMATVKMEELGHLTTEKQEYALRLATVGYPKAGVYSGLIGGATSVLLSAYNRHPLFQPLHTVMRETLFIGSHVVLRELRLNVTTQGPNLALYQLLSTALCSALEIGEVLRGLALGTESGLFSPCYLSLRFDLTRDKLLSMAPQEATLDQAAVSNAVDGFLGRLSLEREDRDAWHLPAYKCVDRLDKVLMIIPLINVTFIISSDREVRGSALYEASTTYLSSSLFLSPVIMNKCSQGAVAGEPRQIPKIQNFTRTQKSCIFCGFALLSYDEKEGLETTTYITSQEVQNSILSSNYFDFDNLHVHYLLLTTNGTVMEIAGLY

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4 strain B95-8
通用名 common_name	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein L
分子量 formula_weight	12475.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

WAYPCCHVTQLRAQHLLALENISDIYLVSNQTCDGFSLASLNSPKNGSNQLVISRCANGLNVVSFFISILKRSSSALTGHLRELLTTLETLYGSFSVEDLFGANLNRYAWHR

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4 strain B95-8
通用名 common_name	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Glycoprotein 42
分子量 formula_weight	21626.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

GGGRVAAAAITWVPKPNVEVWPVDPPPPVNFNKTAEQEYGDKEVKLPHWTPTLHTFQVPQNYTKANCTYCNTREYTFSYKGCCFYFTKKKHTWNGCFQACAELYPCTYFYGPTPDILPVVTRNLNAIESLWVGVYRVGEGNWTSLDGGTFKVYQIFGSHCTYVSKFSTVPVSHHECSFLKPCLCVSQRSNS

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4 strain B95-8
通用名 common_name	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	A10 light chain
分子量 formula_weight	22654.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I

NSYELTQPPSVSAASGQTARITCGGDNIGSKNVQWYQQKPAQAPVLVIYADSKRPSGVPERFSGSNSGNTATLTISGVEAGDEADYYCQVWDRSSNIFGVGTRLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca fascicularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9541
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	A10 heavy chain
分子量 formula_weight	25372.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J

NSQVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCAISGDSVSSNSATWNWIRQSPSRGLEWLGRTYYRSKWYYDYAQSVQNRISINPDTSKNQFSLQLNSVTPEDMAVYYCARGDFDAFDFWGQGLRVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Macaca fascicularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9541
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.750 Å
晶胞边长 b length_b	138.960 Å
晶胞边长 c length_c	316.264 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.360 Å
最低分辨率 resolution_low	45.830 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2810

fit	/app/data/saxs_computation/tn/8tnn/8tnn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tn/8tnn/8tnn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tn/8tnn/8tnn.dat

Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)