8too

Crystal structure of Epstein-Barr virus gp42 in complex with antibody 4C12

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 212.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8too
沉积日期 deposition_date	2023-08-03
结构标题 title	Crystal structure of Epstein-Barr virus gp42 in complex with antibody 4C12
关键词 keywords	Viral Protein, Antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.24 Å
零角强度 I(0) i0	851362000.00
分子量 molecular_weight	241480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	300010 Å³
包络体积 envelope_volume	463900 Å³
水化壳体积 shell_volume	65441 Å³
包络直径 envelope_diameter	231.6 Å
壳层 Rg shell_rg	59.62 Å
包络 Rg envelope_rg	59.89 Å
形状 Rg shape_rg	61.23 Å
总 Rg total_rg	61.24 Å
总原子数 total_atoms	17022
残基数 n_residues	2268
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	212.3 Å
Rg (实空间) rg_real	61.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	849300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7844
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.478
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.592
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.597; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.560

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	4C12 light chain
分子量 formula_weight	23604.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,F
原子数 atom_count	17213

DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLRSGVPSRFSGSGSGTDYSLTINNLEQEDIATYFCQQGNTLPFTFGSGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	4C12 heavy chain
分子量 formula_weight	25154.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,G,H

EVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYTFTDYNMHWVKQSHGKNLEWIGFIYLYNGGTGYNQNFKSKATLTVDNSSSTAYMELRSLTSEDSAVFYCARDYYGNPYAMDYWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQGP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Glycoprotein 42
分子量 formula_weight	15946.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

LHTFQVPQNYTKANCTYCNTREYTFSYKGCCFYFTKKKHTWNGCFQACAELYPCTYFYGPTPDILPVVTRNLNAIESLWVGVYRVGEGNWTSLDGGTFKVYQIFGSHCTYVSKFSTVPVSHHECSFLKPCLCVSQRSNS

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	191

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.296 Å
晶胞边长 b length_b	63.568 Å
晶胞边长 c length_c	199.278 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.81 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	88.86 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	53.510 Å
R 因子 r_factor	0.2281
R_work r_work	0.2256
R_free r_free	0.2746

fit	/app/data/saxs_computation/to/8too/8too.fit
pddf	/app/data/pr_computation/to/8too/8too.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/to/8too/8too.dat

Crystal structure of Epstein-Barr virus gp42 in complex with antibody 4C12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)