SAXSdb — 5t3a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integrase

Visna/maedi virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 880–1101	未记录	ACT ACETATE ION × 6 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M Mes pH6.0, 15-100mM calcium acetate and 15-21% PEG 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T3A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 B 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 E 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 F 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 D 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 E 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 F 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 B 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 C 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 链 D 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.28 Å R-free 0.253
3HPH Closed tetramer of Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039 链 B 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039 链 C 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039 链 D 823–1039（217 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.7-0.9M (NH4)2HPO4, 2.5% Jeffamine M600,100mM Bis-Tris propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.64 Å R-free 0.253
5LLJ Maedi-Visna virus (MVV) integrase C-terminal domain (residues 220-276) 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1039–1096（58 aa）链 B 1039–1096（58 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M potassium sodium tartrate 0.1M BTP pH 7.5 20% PEG-3350	分辨率 1.78 Å R-free 0.234
5M0R Cryo-EM reconstruction of the maedi-visna virus (MVV) strand transfer complex 提交 2016-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：22-meric	链 A 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 B 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 C 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 D 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 E 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 F 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 G 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 H 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 I 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 J 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 K 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 L 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 M 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 N 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 O 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 P 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4-ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s followed by plunging into liquid ethane.	分辨率 8.20 Å
7U32 MVV cleaved synaptic complex (CSC) intasome at 3.4 A resolution 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 A 1226–1506（281 aa）链 B 1226–1506（281 aa）链 C 1226–1506（281 aa）链 D 1226–1506（281 aa）链 E 1226–1506（281 aa）链 F 1226–1506（281 aa）链 G 1226–1506（281 aa）链 H 1226–1506（281 aa）链 I 1226–1506（281 aa）链 J 1226–1506（281 aa）链 K 1226–1506（281 aa）链 L 1226–1506（281 aa）链 M 1226–1506（281 aa）链 N 1226–1506（281 aa）链 O 1226–1506（281 aa）链 P 1226–1506（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C	分辨率 3.46 Å
7Z1Z MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 A 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 B 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 C 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 D 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 E 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 F 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 G 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 H 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 I 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 J 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 K 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 L 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 M 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 N 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 O 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 P 821–1101（281 aa）片段：UNP residues 821-1101	未记录	ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7ZPP Cryo-EM structure of the MVV CSC intasome at 4.5A resolution 提交 2022-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 A 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 B 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 C 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 D 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 E 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 F 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 G 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 H 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 I 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 J 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 K 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 L 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 M 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 N 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 O 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101 链 P 1226–1506（281 aa）片段：UNP residues 821-1101	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；1 M NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4-ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s followed by plunging into liquid ethane.	分辨率 4.50 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_VILVK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–222； UniProt 880–1101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5t3a
沉积日期 deposition_date	2016-08-25
结构标题 title	Maedi-Visna virus (MVV) integrase CCD-CTD (residues 60-275)
关键词 keywords	Visna virus integrase, catalytic core domain, c-terminal domain, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.44 Å
零角强度 I(0) i0	10533400.00
分子量 molecular_weight	24663.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31060 Å³
包络体积 envelope_volume	42855 Å³
水化壳体积 shell_volume	16551 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.46 Å
包络 Rg envelope_rg	23.34 Å
形状 Rg shape_rg	23.44 Å
总 Rg total_rg	24.16 Å
总原子数 total_atoms	1740
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10530000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8765
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.361
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.729
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1267000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.776; Smooth: 0.941

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	integrase
分子量 formula_weight	25607.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1791

IDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQSKSKQEKIRFCYYRTRKRGHPGEWQGPTQVLWGGDGAIVVKDRGTDRYLVIANKDVKFIPPPKEIQKE

来源 Source

来源生物 organism	Visna/maedi virus
通用名 common_name	MVV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11741
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5t3aA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.050 Å
晶胞边长 b length_b	124.830 Å
晶胞边长 c length_c	62.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.501 Å
最低分辨率 resolution_low	62.415 Å
R 因子 r_factor	0.1823
R_work r_work	0.1792
R_free r_free	0.2402

fit	/app/data/saxs_computation/t3/5t3a/5t3a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t3/5t3a/5t3a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t3/5t3a/5t3a.dat

Maedi-Visna virus (MVV) integrase CCD-CTD (residues 60-275)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction