SAXSdb — 5t5w

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-10 receptor subunit beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–220	片段：UNP residues 20-220 突变：N49Q, N68Q, N102Q, N161Q	Interferon lambda receptor 1 × 1 （Q8IU57） Interferon lambda-3 × 1 （Q8IZI9） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；.2 M Ca acetate, .1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG8000, 3% sucrose	分辨率 2.85 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T5W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3LQM Structure of the IL-10R2 Common Chain 提交 2010-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–220（201 aa）片段：Extracellular Domain	突变：N49Q, N68Q, N102Q, C106S, S126C, N161Q	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.14 Å R-free 0.239
3LQM Structure of the IL-10R2 Common Chain 提交 2010-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–220（201 aa）片段：Extracellular Domain	突变：N49Q, N68Q, N102Q, C106S, S126C, N161Q	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.14 Å R-free 0.239
6X93 Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB 提交 2020-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 20–220（201 aa）链 F 20–220（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；5s blotting	分辨率 3.50 Å
9BPU Structure of the IFN-lambda4/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta 提交 2024-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–220（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
9BPV Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta 提交 2024-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–220（201 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I10R2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–203； UniProt 20–220

Interferon lambda receptor 1

Homo sapiens

UniProt Q8IU57

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–226	片段：UNP residues 21-230	Interleukin-10 receptor subunit beta × 1 （Q08334） Interferon lambda-3 × 1 （Q8IZI9） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；.2 M Ca acetate, .1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG8000, 3% sucrose	分辨率 2.85 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T5W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5IXD Structure of human JAK1 FERM/SH2 in complex with IFN lambda receptor 提交 2016-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 250–299（50 aa）片段：UNP residues 250-299	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1-0.2 M Ammonium Citrate tribasic pH 7, 5-15% PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.282
5IXI Structure of human JAK1 FERM/SH2 in complex with IFNLR1/IL10RA chimera 提交 2016-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 250–259（10 aa）片段：UNP residues 250-259,UNP residues 263-303	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M MES pH6.5, 0.2M MgCl2, 9% PEG4K, 25% ethylene glycol	分辨率 2.57 Å R-free 0.255
5L04 STRUCTURE OF INTERFERON LAMBDA 1 RECEPTOR WITH HUMAN KINASE JAK1 提交 2016-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 260–307（48 aa）片段：unp residues 260-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；7 mg/ml of protein in 50 mM Hepes buffer (pH 7.5) with 150 mM NaCl, mixesd with 1:1 ratio with 18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M amonium formate	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
9BPU Structure of the IFN-lambda4/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta 提交 2024-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–226（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
9BPV Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta 提交 2024-05-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–226（206 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INLR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–209； UniProt 21–226

Interferon lambda-3

Homo sapiens

UniProt Q8IZI9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 34–195	片段：UNP residues 34-195 突变：Q15R, E73D, H120R, T150A, V163E	Interleukin-10 receptor subunit beta × 1 （Q08334） Interferon lambda receptor 1 × 1 （Q8IU57） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；.2 M Ca acetate, .1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG8000, 3% sucrose	分辨率 2.85 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T5W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3HHC Interferon-lambda is functionally an interferon but structurally related to the IL-10 family 提交 2009-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–200（196 aa）链 C 5–200（196 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 23	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；285 K；28 % w/v PEG 4000, 200 mM ammonium sulfate, 3 % v/v isopropyl alcohol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K	分辨率 2.80 Å R-free 0.314
3HHC Interferon-lambda is functionally an interferon but structurally related to the IL-10 family 提交 2009-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 5–200（196 aa）链 D 5–200（196 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；285 K；28 % w/v PEG 4000, 200 mM ammonium sulfate, 3 % v/v isopropyl alcohol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K	分辨率 2.80 Å R-free 0.314
9BPV Structure of the IFN-lambda3/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex with an engineered IL-10Rbeta 提交 2024-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 34–196（163 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IFNL3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–164； UniProt 34–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5t5w
沉积日期 deposition_date	2016-08-31
结构标题 title	Structure of an affinity matured lambda-IFN/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex
关键词 keywords	receptor, cytokine, CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex; CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.79 Å
零角强度 I(0) i0	58855100.00
分子量 molecular_weight	60298.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75521 Å³
包络体积 envelope_volume	95030 Å³
水化壳体积 shell_volume	29511 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.83 Å
包络 Rg envelope_rg	28.05 Å
形状 Rg shape_rg	27.79 Å
总 Rg total_rg	28.42 Å
总原子数 total_atoms	4248
残基数 n_residues	537
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.3 Å
Rg (实空间) rg_real	28.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9032
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.262
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8027000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.947

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-10 receptor subunit beta
分子量 formula_weight	25045.9 kDa
突变 mutation	N49Q, N68Q, N102Q, N161Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4266

GSMVPPPENVRMNSVNFKNILQWESPAFAKGQLTFTAQYLSYRIFQDKCMQTTLTECDFSSLSKYGDHTLRVRAEFADEHSDWVQITFCPVDDTIIGPPGMQVEVLADSLHMRFLAPKIENEYETWTMKNVYNSWTYNVQYWKQGTDEKFQITPQYDFEVLRNLEPWTTYCVQVRGFLPDRNKAGEWSEPVCEQTTHDETVPSAAAHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Interferon lambda receptor 1
分子量 formula_weight	24703.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TSRRPRLAPPQNVTLLSQNFSVYLTWLPGLGNPQDVTYFVAYQSSPTRRRWREVEECAGTKELLCSMMCLKKQDLYNKFKGRVRTVSPSSKSPWVESEYLDYLFEVEPAPPVLVLTQTEEILSANATYQLPPCMPPLDLKYEVAFWKEGAGNKTLFPVTPHGQPVQITLQPAASEHHCLSARTIYTFSVPKYSKFSKPTCFLLEVPEANAAALEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Interferon lambda-3
分子量 formula_weight	19911.9 kDa
突变 mutation	Q15R, E73D, H120R, T150A, V163E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSARGCHIAQFKSLSPRELQAFKRAKDALEESLLLKDCKCRSRLFPRTWDLRQLQVRERPVALEAELALTLKVLDATADTDPALGDVLDQPLHTLHHILSQLRACIQPQPTAGPRTRGRLHRWLHRLQEAPKKESPGCLEASVTFNLFRLLARDLNCVASGDLCEAAAHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5t5wA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5t5wA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5t5wB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5t5wB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.790 Å
晶胞边长 b length_b	106.790 Å
晶胞边长 c length_c	129.710 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.847 Å
最低分辨率 resolution_low	46.241 Å
R 因子 r_factor	0.2009
R_work r_work	0.1981
R_free r_free	0.2534

fit	/app/data/saxs_computation/t5/5t5w/5t5w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t5/5t5w/5t5w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t5/5t5w/5t5w.dat

Structure of an affinity matured lambda-IFN/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-10 receptor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interferon lambda receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interferon lambda-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)