5tbk

Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 210.6 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit alpha-3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–521	未记录	Regulator of chromosome condensation × 1 （P18754）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–521	未记录	Regulator of chromosome condensation × 1 （P18754）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–521	未记录	Regulator of chromosome condensation × 1 （P18754）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–521	未记录	Regulator of chromosome condensation × 1 （P18754）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–521	未记录	Regulator of chromosome condensation × 1 （P18754）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–521	未记录	Regulator of chromosome condensation × 1 （P18754）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–521	未记录	Regulator of chromosome condensation × 1 （P18754）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–521	未记录	Regulator of chromosome condensation × 1 （P18754）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TBK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4UAE Importin alpha 3 delta IBB in complex with Influenza PB2 Nuclear Localization Domain 提交 2014-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 68–487（420 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Na cacodylate, pH 6.5 0.1 M NaCl 1.1 M ammonium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.239
5XZX Crystal structure of importin-alpha3 bound to the nuclear localization signal of Ran-binding protein 3 提交 2017-07-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 70–485（416 aa）片段：UNP residues 70-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
6BVV Nipah virus W protein C-terminus in complex with Importin alpha 3 提交 2017-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M lithium nitrate, 20% w/v PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.222
6BVZ Importin alpha 3 in cargo free state 提交 2017-12-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 25% w/v PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
6BW9 Hendra virus W protein C-terminus in complex with Importin alpha 3 crystal form 1 提交 2017-12-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% w/v PEG 2000	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
6BWA Hendra virus W protein C-terminus in complex with Importin alpha 3 crystal form 2 提交 2017-12-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride, 0.1M MES pH6.5, 10% w/v PEG 4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.215
6BWB Hendra virus W protein C-terminus in complex with Importin alpha 3 crystal form 3 提交 2017-12-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride, 0.1M MES pH6.5, 10% w/v PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
6WX8 SOX2 bound to Importin-alpha 3 提交 2020-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
6WX8 SOX2 bound to Importin-alpha 3 提交 2020-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 64–521（458 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
7JJL Crystal structure of Importin Alpha 3 in complex with human LSD1 NLS 提交 2020-07-27	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
7LF4 Structure of importin a3 bound to the p50- and p65-NLSs 提交 2021-01-15	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.238
7LF4 Structure of importin a3 bound to the p50- and p65-NLSs 提交 2021-01-15	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.238
7LFC Structure of importin a3 bound to p50 NLS 提交 2021-01-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M potassium thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
7RFY Importin alpha3 in complex with MERS ORF4B 提交 2021-07-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% w/v PEG 6000	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
7RG5 Importin alpha3 in complex with p50 NLS 提交 2021-07-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2M potassium thiocyanate and 20% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.262
8FUB Crystal structure of human Importin alpha 3 in complex with Hendra virus matrix protein NLS1 提交 2023-01-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M sodium HEPES,0.72M sodium citrate, 1% dithiothreitol	分辨率 2.75 Å R-free 0.281
8FZM Human importin alpha 3 in complex with Bimax2 peptide 提交 2023-01-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M sodium HEPES, 0.78M sodium citrate, 1% Dithiothreitol	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
8FZM Human importin alpha 3 in complex with Bimax2 peptide 提交 2023-01-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M sodium HEPES, 0.78M sodium citrate, 1% Dithiothreitol	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
8HKW Crystal structure of importin-alpha3 bound to the 53BP1 nuclear localization signal 提交 2022-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 70–485（416 aa）片段：UNP residues 70-485 链 B 70–485（416 aa）片段：UNP residues 70-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Mother liquor contained PEG3350 and lithium nitrate. Crystal was grown in the presence of a synthetic peptide (amino acid sequence: GTSFSGRKIKTAVRRRK) that corresponds to human Nup153 residues 1459-1475).	分辨率 1.90 Å R-free 0.221

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMA3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 B； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 C； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 D； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 E； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 F； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 G； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521 作者链 H； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521

Regulator of chromosome condensation

Homo sapiens

UniProt P18754

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–421	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–421	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–421	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–421	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–421	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–421	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–421	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 1–421	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5TBK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A12 REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION (RCC1) OF HUMAN 提交 1997-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–421（413 aa）片段：FULL LENGTH 链 B 9–421（413 aa）片段：FULL LENGTH 链 C 9–421（413 aa）片段：FULL LENGTH	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.9；pH 6.9	分辨率 1.70 Å R-free 0.219
1I2M RAN-RCC1-SO4 COMPLEX 提交 2001-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–421（402 aa）片段：PROTEIN TRUNCATED FROM THE N-TERMINAL RESIDUES 1 TO 19	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；20-10% PEG 4000, 200 mM potassium fluoride, 25 mM potassium phosphate, 25 mM ammonium sulfate, 2 mM EDTA, 3mM DTE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.76 Å R-free 0.223
1I2M RAN-RCC1-SO4 COMPLEX 提交 2001-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 20–421（402 aa）片段：PROTEIN TRUNCATED FROM THE N-TERMINAL RESIDUES 1 TO 19	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；20-10% PEG 4000, 200 mM potassium fluoride, 25 mM potassium phosphate, 25 mM ammonium sulfate, 2 mM EDTA, 3mM DTE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.76 Å R-free 0.223
1I2M RAN-RCC1-SO4 COMPLEX 提交 2001-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 20–421（402 aa）片段：PROTEIN TRUNCATED FROM THE N-TERMINAL RESIDUES 1 TO 19 链 D 20–421（402 aa）片段：PROTEIN TRUNCATED FROM THE N-TERMINAL RESIDUES 1 TO 19	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；20-10% PEG 4000, 200 mM potassium fluoride, 25 mM potassium phosphate, 25 mM ammonium sulfate, 2 mM EDTA, 3mM DTE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.76 Å R-free 0.223
8UX1 Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle 提交 2023-11-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 2–421（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 J； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 K； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 L； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 M； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 N； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 O； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 P； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tbk
沉积日期 deposition_date	2016-09-12
结构标题 title	Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1
关键词 keywords	Nuclear Import, Importin alpha, RCC1 like Domain (RLD), NLS, PROTEIN TRANSPORT - NUCLEAR PROTEIN complex; PROTEIN TRANSPORT / NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.09 Å
零角强度 I(0) i0	7347400000.00
分子量 molecular_weight	721260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	901070 Å³
包络体积 envelope_volume	1584900 Å³
水化壳体积 shell_volume	172790 Å³
包络直径 envelope_diameter	261.5 Å
壳层 Rg shell_rg	74.64 Å
包络 Rg envelope_rg	74.23 Å
形状 Rg shape_rg	78.09 Å
总 Rg total_rg	78.04 Å
总原子数 total_atoms	50677
残基数 n_residues	6677
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	210.6 Å
Rg (实空间) rg_real	76.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3540e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	78.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7349000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6227
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	94.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0638
最高正则化参数 α highest_alpha	195800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 0.990; Sysdev: 0.002; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.152

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Importin subunit alpha-3
分子量 formula_weight	57941.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	50677

MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVPHEDICEDSDIDGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILVHCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCEQAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCRHKDPPPPMETIQEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVPLLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQVQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQNVIPPFCNLLTVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHENEDIYKLAYEIIDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGTFGFNSSANVPTEGFQF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Regulator of chromosome condensation
分子量 formula_weight	45024.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K,L,M,N,O,P,J

MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	5tbkA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5tbkB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5tbkC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5tbkD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5tbkE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5tbkF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5tbkG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5tbkH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5tbkI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	5tbkJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	5tbkK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	5tbkL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	5tbkM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	5tbkN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	5tbkO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

结构域编号 domain_id	5tbkP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	127.403 Å
晶胞边长 b length_b	162.494 Å
晶胞边长 c length_c	161.592 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	75.65 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	72.17 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.450 Å
最低分辨率 resolution_low	19.988 Å
R 因子 r_factor	0.2784
R_work r_work	0.2782
R_free r_free	0.2960

fit	/app/data/saxs_computation/tb/5tbk/5tbk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tb/5tbk/5tbk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tb/5tbk/5tbk.dat

Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit alpha-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Regulator of chromosome condensation

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)