8ux1

Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 130.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ux1
沉积日期 deposition_date	2023-11-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle
关键词 keywords	GTPase, Guanine nucleotide exchange factor, chromatin-binding, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.75 Å
零角强度 I(0) i0	1312380000.00
分子量 molecular_weight	238410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	273210 Å³
包络体积 envelope_volume	398690 Å³
水化壳体积 shell_volume	76851 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.1 Å
壳层 Rg shell_rg	49.40 Å
包络 Rg envelope_rg	40.91 Å
形状 Rg shape_rg	41.65 Å
总 Rg total_rg	42.27 Å
总原子数 total_atoms	16395
残基数 n_residues	1623
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3120e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1313000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8958
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.015
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.620
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	160500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.850

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15405.0 kDa
突变 mutation	C110S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	16395

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLSAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11521.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MITGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	13388.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKGGKVKGKAKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTEKKA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13897.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GMIPPKTSGKAAKKAGKAQKNITKTDKKKKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	153-bp Widom 601 DNA forward strand
分子量 formula_weight	47457.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGAT

Entity 6 polymer

描述 description	153-bp Widom 601 DNA reverse strand
分子量 formula_weight	46998.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGAT

Entity 7 polymer

描述 description	GTP-binding nuclear protein Ran
分子量 formula_weight	24456.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAAQGEPQVQFKLVLVGDGGTGKTTFVKRHLTGEFEKKYVATLGVEVHPLVFHTNRGPIKFNVWDTAGQEKFGGLRDGYYIQAQCAIIMFDVTSRVTYKNVPNWHRDLVRVCENIPIVLCGNKVDIKDRKVKAKSIVFHRKKNLQYYDISAKSNYNFEKPFLWLARKLIGDPNLEFVAMPALAPPEVVMDPALAAQYEHDLEVAQTTALPDEDDDL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 8 polymer

描述 description	Regulator of chromosome condensation
分子量 formula_weight	44893.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	401603

fit	/app/data/saxs_computation/ux/8ux1/8ux1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ux/8ux1/8ux1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ux/8ux1/8ux1.dat

Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)