SAXSdb — 5tgc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 7

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Actin-like protein ARP9 × 2 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 2 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–478； UniProt 1–477 作者链 D； PDB构建体 2–478； UniProt 1–477

Actin-like protein ARP9

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q05123

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Actin-related protein 7 × 2 （Q12406） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 2 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467 作者链 E； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467

Regulator of Ty1 transposition protein 102

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P53330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Actin-related protein 7 × 2 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 2 （Q05123） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RT102_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–158； UniProt 1–157 作者链 F； PDB构建体 2–158； UniProt 1–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tgc
沉积日期 deposition_date	2016-09-27
结构标题 title	Structure of the hetero-trimer of Rtt102-Arp7/9 bound to ATP
关键词 keywords	Chromatin remodeling complexes, Actin-related protein, ATP-binding site, Nuclear actin, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5tgc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5tgc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5tgc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.51 Å
Rg（电子密度）	31.70 Å
总 Rg	32.28 Å
原子数	14069
残基数	869
排除体积	126420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5tgc__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5tgc__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5tgc__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin-related protein 7
分子量 formula_weight	55433.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	28278

MMTLNRKCVVIHNGSHRTVAGFSNVELPQCIIPSSYIKRTDEGGEAEFIFGTYNMIDAAAEKRNGDEVYTLVDSQGLPYNWDALEMQWRYLYDTQLKVSPEELPLVITMPATNGKPDMAILERYYELAFDKLNVPVFQIVIEPLAIALSMGKSSAFVIDIGASGCNVTPIIDGIVVKNAVVRSKFGGDFLDFQVHERLAPLIKEENDMENMADEQKRSTDVWYEASTWIQQFKSTMLQVSEKDLFELERYYKEQADIYAKQQEQLKQMDQQLQYTALTGSPNNPLVQKKNFLFKPLNKTLTLDLKECYQFAEYLFKPQLISDKFSPEDGLGPLMAKSVKKAGASINSMKANTSTNPNGLGTSHINTNVGDNNSTASSSNISPEQVYSLLLTNVIITGSTSLIEGMEQRIIKELSIRFPQYKLTTFANQVMMDRKIQGWLGALTMANLPSWSLGKWYSKEDYETLKRDRKQSQATNATNLVPRGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin-like protein ARP9
分子量 formula_weight	53131.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MAPFRQDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRANKNQDAFEAELSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSDDAKKLSSFDFGNENEDEDEGTLNVAEIITSGRDTREVLEERERGQKVKNVKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGCNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSVLPAATKKKSKFMTNSTAFVPTIEYVQCPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Regulator of Ty1 transposition protein 102
分子量 formula_weight	17904.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SMDPQTLITKANKVSYYGNPTSKESWRYDWYQPSKVSSNVQQPQQQLGDMENNLEKYPFRYKTWLRNQEDEKNLQRESCEDILDLKEFDRRILKKSLMTSHTKGDTSKATGAPSANQGDEALSVDDIRGAVGNSEAIPGLSAGVNNDNTKESKDVKMN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5tgcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5tgcA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5tgcA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	5tgcB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5tgcB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5tgcD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5tgcD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5tgcD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	5tgcE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5tgcE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

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晶胞边长 a length_a	79.387 Å
晶胞边长 b length_b	87.982 Å
晶胞边长 c length_c	105.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	109.03 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	96.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.245 Å
最低分辨率 resolution_low	39.366 Å
R 因子 r_factor	0.2779
R_work r_work	0.2756
R_free r_free	0.3219

Structure of the hetero-trimer of Rtt102-Arp7/9 bound to ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin-like protein ARP9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Regulator of Ty1 transposition protein 102

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5tgc__assembly_1__model_1

5tgc__assembly_1__model_1 | I(q)

5tgc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the hetero-trimer of Rtt102-Arp7/9 bound to ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-like protein ARP9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Regulator of Ty1 transposition protein 102

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5tgc__assembly_1__model_1

5tgc__assembly_1__model_1 | I(q)

5tgc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)