SAXSdb — 5tj5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit a

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 251–680； UniProt 400–829

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

物种未注明

UniProt P23968

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	V-type proton ATPase subunit a × 1 （P32563） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATO_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213

;V-type proton ATPase subunit c' ;

物种未注明

UniProt P32842

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	V-type proton ATPase subunit a × 1 （P32563） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATL2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–147； UniProt 17–163

V-type proton ATPase subunit c

物种未注明

UniProt P25515

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	V-type proton ATPase subunit a × 1 （P32563） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158 作者链 F； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158 作者链 G； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158 作者链 H； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158 作者链 I； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158 作者链 J； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158 作者链 M； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158 作者链 N； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158

V-type proton ATPase subunit e

物种未注明

UniProt Q3E7B6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	V-type proton ATPase subunit a × 1 （P32563） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit f × 1 V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VA0E_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–57； UniProt 5–61

V-type proton ATPase subunit d

物种未注明

UniProt P32366

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	V-type proton ATPase subunit a × 1 （P32563） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VA0D_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–152； UniProt 4–155 作者链 P； PDB构建体 173–198； UniProt 176–201 作者链 P； PDB构建体 240–297； UniProt 284–341

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tj5
沉积日期 deposition_date	2016-10-03
结构标题 title	Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase
关键词 keywords	Rotary ATPase, Vacuolar-type ATPase, Electron Cryomicroscopy, Vo region, Membrane protein, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5tj5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5tj5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5tj5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.03 Å
Rg（电子密度）	40.81 Å
总 Rg	41.07 Å
原子数	14976
残基数	2467
排除体积	261610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5tj5__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit a
分子量 formula_weight	70068.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14976

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAQYREINAGLPTIVTFPFMFAIMFGDMGHGFLMTLAALSLVLNEKKINKMKRGEIFDMAFTGRYIILLMGVFSMYTGFLYNDIFSKTMTIFKSGWKWPDHWKKGESITATSVGTYPIGLDWAWHGTENALLFSNSYKMKLSILMGFIHMTYSYFFSLANHLYFNSMIDIIGNFIPGLLFMQGIFGYLSVCIVYKWAVDWVKDGKPAPGLLNMLINMFLSPGTIDDELYPHQAKVQVFLLLMALVCIPWLLLVKPLHFKFTHKKKSHEPLPSTEADASSEDLEAQQLISAMDADDAEEEEVGSGSHGEDFGDIMIHQVIHTIEFCLNCVSHTASYLRLWALSLAHAQLSSVLWTMTIQIAFGFRGFVGVFMTVALFAMWFALTCAVLVLMEGTSAMLHSLRLHWVESMSKFFVGEGLPYEPFAFEYKDMEV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;V-type proton ATPase subunit c'' ;
分子量 formula_weight	22610.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNKESKDDDMSLGKFSFSHFLYYLVLIVVIVYGLYKLFTGHGSDINFGKFLLRTSPYMWANLGIALCVGLSVVGAAWGIFITGSSMIGAGVRAPRITTKNLISIIFCEVVAIYGLIIAIVFSSKLTVATAENMYSKSNLYTGYSLFWAGITVGASNLICGIAVGITGATAAISDAADSALFVKILVIEIFGSILGLLGLIVGLLMAGKASEFQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;V-type proton ATPase subunit c' ;
分子量 formula_weight	15195.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

FFGFAGCAAAMVLSCLGAAIGTAKSGIGIAGIGTFKPELIMKSLIPVVMSGILAIYGLVVAVLIAGNLSPTEDYTLFNGFMHLSCGLCVGFACLSSGYAIGMVGDVGVRKYMHQPRLFVGIVLILIFSEVLGLYGMIVALILNTRGS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit c
分子量 formula_weight	15218.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,I,J,M,N

APFFGAIGCASAIIFTSLGAAYGTAKSGVGICATCVLRPDLLFKNIVPVIMAGIIAIYGLVVSVLVCYSLGQKQALYTGFIQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGSSQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALLLNSRATQDV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit e
分子量 formula_weight	6476.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

YTVVGVFIVVSAMSVLFWIMAPKNNQAVWRSTVILTLAMMFLMWAITFLCQLHPLVA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit f
分子量 formula_weight	4613.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit d
分子量 formula_weight	32854.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

VYFNIDNGFIEGVVRGYRNGLLSNNQYINLTQCDTLEDLKLQLSSTDYGNFLSSVSSESLTTSLIQEYASSKLYHEFNYIRDQSSGSTRKFMDYITYGYMIDNVALMITGTIHDRDKGEILQRCHPLGWFDTLPTLSVATDLESLYETVLVDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXNIEIIRNKLYKAYLEDFYNFVTEEIPXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXLEDHFYQLEMELCRDAFTQQFAISTVWAWMKSKEQEVRNITWIAECIAQNQRERINNY

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5tj5E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — lithium bound rotor ring of v- atpase

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分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	462842

Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;V-type proton ATPase subunit c' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit e

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit d

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5tj5__assembly_1__model_1

5tj5__assembly_1__model_1 | I(q)

5tj5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)