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5toh

Crystal Structure of the Marburg Virus VP35 Oligomerization Domain I2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase cofactor VP35

Lake Victoria marburgvirus (strain Musoke-80)

UniProt P35259

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 60–130 链 B； UniProt 60–130 链 C； UniProt 60–130 片段：UNP residues 60-130 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295.5 K；100 mM Sodium cacodylate pH 6.5, 100 mM Mg-acetate and 18% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), cryo-protected by addition of 25% ethylene glycol 分辨率 2.01 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5TOH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4GH9 Crystal structure of Marburg virus VP35 RNA binding domain 提交 2012-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 204–329（126 aa） 片段：UNP residues 204-329
未记录 ACT ACETATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2-2.4 M ammonium sulphate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.217
4GHA Crystal structure of Marburg virus VP35 RNA binding domain bound to 12-bp dsRNA 提交 2012-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 204–329（126 aa） 片段：Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329
链 C 204–329（126 aa） 片段：Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329
链 E 204–329（126 aa） 片段：Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329
链 G 204–329（126 aa） 片段：Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M Bis-Tris, 2% v/v Tacsimate, 18% PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.250
5TOI Crystal Structure of the Marburg Virus VP35 Oligomerization Domain P4222 提交 2016-10-17 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 60–130（71 aa） 片段：UNP residues 60-130
链 B 60–130（71 aa） 片段：UNP residues 60-130
链 C 60–130（71 aa） 片段：UNP residues 60-130
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.5 K；0.2 M K/Na tartrate and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.19 Å R-free 0.342
9IP2 Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex from Marburg virus 提交 2024-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–329（329 aa）
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
链 E 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å R-free 0.301
9IP4 Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex from Marburg virus 提交 2024-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 57–329（273 aa）
链 C 57–329（273 aa）
链 D 57–329（273 aa）
链 E 57–329（273 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å R-free 0.327

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VP35_MABVM
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–72； UniProt 60–130 作者链 B； PDB构建体 2–72； UniProt 60–130 作者链 C； PDB构建体 2–72； UniProt 60–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5toh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5toh
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5toh
沉积日期 deposition_date2016-10-17
结构标题 titleCrystal Structure of the Marburg Virus VP35 Oligomerization Domain I2
关键词 keywordspolymerase cofactor, coiled coil, oligomerization, trimer, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.94 Å
零角强度 I(0) i07013280.00
分子量 molecular_weight20157.0 kDa
排除体积 excluded_volume25569 ų
包络体积 envelope_volume34546 ų
水化壳体积 shell_volume13240 ų
包络直径 envelope_diameter105.4 Å
壳层 Rg shell_rg28.07 Å
包络 Rg envelope_rg28.13 Å
形状 Rg shape_rg26.88 Å
总 Rg total_rg27.31 Å
总原子数 total_atoms1417
残基数 n_residues175
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.7 Å
Rg (实空间) rg_real26.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real7.0130e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7012000.0000
解质量估计 total_estimate0.6458
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary18.5 Å
偏度 Skewness skewness0.836
峰度 Kurtosis kurtosis0.208
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1367000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.148; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.020; Smooth: 0.929
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)