5tru

Structure of the first-in-class checkpoint inhibitor Ipilimumab bound to human CTLA-4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 37–154	片段：UNP residues 37-154	Ipilimumab Fab light chain × 1 Ipilimumab Fab heavy chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG 1500	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 c； UniProt 37–154	片段：UNP residues 37-154	Ipilimumab Fab light chain × 1 Ipilimumab Fab heavy chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG 1500	分辨率 3.00 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TRU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AH1 CTLA-4, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-04-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–161（125 aa）片段：EXTRACELLULAR N-TERMINAL IMMUNOGLOBULIN V-LIKE	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K	分辨率未提供
1H6E MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH CTLA-4 INTERNALIZATION PEPTIDE TTGVYVKMPPT 提交 2001-06-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 197–207（11 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；HANGING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF COMPLEX SOLUTION 6MG/ML PROTEIN AND 1MM 11MER PEPTIDE SOLUTION IN 20MM HEPES PH7.5, 1MM DTT AND RESERVOIR BUFFER 1.4-2.4M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES PH6.2-7.0, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 15% GLYCEROL, pH 7.00	分辨率 3.60 Å R-free 0.317
1I85 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CTLA-4/B7-2 COMPLEX 提交 2001-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 36–161（126 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 D 36–161（126 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG20K, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.300
1I8L HUMAN B7-1/CTLA-4 CO-STIMULATORY COMPLEX 提交 2001-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–161（126 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 36-161	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；16% PEG 8000, 0.1M CACODYLATE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
1I8L HUMAN B7-1/CTLA-4 CO-STIMULATORY COMPLEX 提交 2001-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 36–161（126 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 36-161	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；16% PEG 8000, 0.1M CACODYLATE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
2X44 Structure of a strand-swapped dimeric form of CTLA-4 提交 2010-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 36–161（126 aa）片段：RESIDUES 36-161	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.02 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 22 % W/V POLYACRYLIC ACID 5100 SODIUM SALT, 0.4 M NDSB-256 (OR 6 % 1,6-DIAMINOHEXANE).	分辨率 2.60 Å R-free 0.245
3BX7 Engineered Human Lipocalin 2 (LCN2) in Complex with the Extracellular Domain of Human CTLA-4 提交 2008-01-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 38–161（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293.15 K；1.4 M Na-malonate, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
3OSK Crystal structure of human CTLA-4 apo homodimer 提交 2010-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–161（126 aa）片段：Extracellular domain, UNP residues 36-161 链 B 36–161（126 aa）片段：Extracellular domain, UNP residues 36-161	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；25% Polyethylene glycol 3350 (w/v), 100mM bis-Tris pH 5.5, 200mM ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.275
5GGV CTLA-4 in complex with tremelimumab Fab 提交 2016-06-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 36–161（126 aa）片段：UNP residues 36-161	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 12% PEG4,000, 100 mM NaCl	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
5XJ3 Complex structure of ipilimumab-scFv and CTLA-4 提交 2017-04-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 36–161（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；291 K；100 mM BICINE, 10% PEG 20000, 2% 1,4-Dioxane, pH 9.0.	分辨率 3.20 Å R-free 0.264
5XJ3 Complex structure of ipilimumab-scFv and CTLA-4 提交 2017-04-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–161（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；291 K；100 mM BICINE, 10% PEG 20000, 2% 1,4-Dioxane, pH 9.0.	分辨率 3.20 Å R-free 0.264
5XJ3 Complex structure of ipilimumab-scFv and CTLA-4 提交 2017-04-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 36–161（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；291 K；100 mM BICINE, 10% PEG 20000, 2% 1,4-Dioxane, pH 9.0.	分辨率 3.20 Å R-free 0.264
5XJ3 Complex structure of ipilimumab-scFv and CTLA-4 提交 2017-04-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 36–161（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；291 K；100 mM BICINE, 10% PEG 20000, 2% 1,4-Dioxane, pH 9.0.	分辨率 3.20 Å R-free 0.264
6RP8 Crystal Structure of Ipilimumab Fab complexed with CTLA-4 at 2.6A resolution 提交 2019-05-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 c 37–154（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG4000, pH6	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
6RP8 Crystal Structure of Ipilimumab Fab complexed with CTLA-4 at 2.6A resolution 提交 2019-05-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 37–154（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG4000, pH6	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
6RPJ A Non-blocking anti-CTLA-4 Nanobody complexed with CTLA-4 提交 2019-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 37–156（120 aa）链 G 37–156（120 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400	分辨率 3.25 Å R-free 0.262
6RPJ A Non-blocking anti-CTLA-4 Nanobody complexed with CTLA-4 提交 2019-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 37–156（120 aa）链 E 37–156（120 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400	分辨率 3.25 Å R-free 0.262
6RQM A blocking anti-CTLA-4 Nanobody (KN044) complexed with CTLA-4 提交 2019-05-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–161（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG400,	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
6XY2 Crystal structure of CTLA-4 complexed with the Fab of HL32 antibody 提交 2020-01-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–160（123 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 6.5；293 K；1M Li2SO4, 1.5M NH4SO4, 0.1M Sodium citrate	分辨率 3.05 Å R-free 0.292
7CIO Molecular interactions of cytoplasmic region of CTLA-4 with SH2 domains of PI3-kinase 提交 2020-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 199–206（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% PEG 4000	分辨率 1.10 Å R-free 0.179
7DV4 Crystal structure of anti-CTLA-4 VH domain in complex with human CTLA-4 提交 2021-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 36–153（118 aa）链 G 36–153（118 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM sodium citrate, 10% (w/v) PEG 6000, pH 5.0	分辨率 2.38 Å R-free 0.258
7DV4 Crystal structure of anti-CTLA-4 VH domain in complex with human CTLA-4 提交 2021-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 36–153（118 aa）链 E 36–153（118 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM sodium citrate, 10% (w/v) PEG 6000, pH 5.0	分辨率 2.38 Å R-free 0.258
7ELX The crystal structure of CTLA-4 and Fab 提交 2021-04-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–161（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；PEG8000 10%, 0.1M Na Citrate 0.1M (NH4)2SO4	分辨率 2.14 Å R-free 0.217
7ELX The crystal structure of CTLA-4 and Fab 提交 2021-04-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 c 36–161（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；PEG8000 10%, 0.1M Na Citrate 0.1M (NH4)2SO4	分辨率 2.14 Å R-free 0.217
7SU0 Crystal structure of an acidic pH-selective Ipilimumab variant Ipi.105 in complex with CTLA-4 提交 2021-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–153（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate dibasic, 20% w/v PEG 1,000, pH 5.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.264
7SU0 Crystal structure of an acidic pH-selective Ipilimumab variant Ipi.105 in complex with CTLA-4 提交 2021-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 36–153（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FLC CITRATE ANION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate dibasic, 20% w/v PEG 1,000, pH 5.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.264
7SU1 Crystal structure of an acidic pH-selective Ipilimumab variant Ipi.106 in complex with CTLA-4 提交 2021-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–153（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate tribasic dehydrate, 22% PEG 3,350	分辨率 2.53 Å R-free 0.251
8GAB Crystal structure of CTLA-4 in complex with a high affinity CTLA-4 binder 提交 2023-02-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–161（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；22% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M KCl	分辨率 2.72 Å R-free 0.292
8GAB Crystal structure of CTLA-4 in complex with a high affinity CTLA-4 binder 提交 2023-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 36–161（126 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；22% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M KCl	分辨率 2.72 Å R-free 0.292
8HIT Crystal structure of anti-CTLA-4 humanized IgG1 MAb--JS007 in complex with human CTLA-4 提交 2022-11-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 35–154（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100mM Tris, pH 8.5, 30% w/v PEG 4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.298
9DQ3 Crystal structure of engineered Ipilimumab (mipi.4) Fab in complex with human CTLA-4 提交 2024-09-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–153（118 aa）片段：Extracellular domain of human CTLA-4 with hexahistidine tag	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；300 K；0.18 M calcium acetate hydrate, 22.5% w/v PEG3350	分辨率 1.64 Å R-free 0.268

共 21 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTLA4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–118； UniProt 37–154 作者链 c； PDB构建体 1–118； UniProt 37–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tru
沉积日期 deposition_date	2016-10-27
结构标题 title	Structure of the first-in-class checkpoint inhibitor Ipilimumab bound to human CTLA-4
关键词 keywords	antibody, complex, Fab, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.15 Å
零角强度 I(0) i0	198468000.00
分子量 molecular_weight	114070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	142020 Å³
包络体积 envelope_volume	206500 Å³
水化壳体积 shell_volume	40459 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.5 Å
壳层 Rg shell_rg	48.01 Å
包络 Rg envelope_rg	40.90 Å
形状 Rg shape_rg	42.13 Å
总 Rg total_rg	42.52 Å
总原子数 total_atoms	8036
残基数 n_residues	1081
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.8 Å
Rg (实空间) rg_real	42.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	198500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8459
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.164
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.901
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.184

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ipilimumab Fab light chain
分子量 formula_weight	23477.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l
原子数 atom_count	8036

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVGSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGAFSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ipilimumab Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24232.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYTMHWVRQAPGKGLEWVTFISYDGNNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAIYYCARTGWLGPFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
分子量 formula_weight	12637.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,C

AMHVAQPAVVLASSRGIASFVCEYASPGKATEVRVTVLRQADSQVTEVCAATYMMGNELTFLDDSICTGTSSGNQVNLTIQGLRAMDTGLYICKVELMYPPPYYLGIGNGTQIYVIDP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5truc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5truh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5trul1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5trul2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5truC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5truH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5truL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5truL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5truc00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5truh02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5trul01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5trul02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	95.844 Å
晶胞边长 b length_b	197.502 Å
晶胞边长 c length_c	148.117 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	34.910 Å
R 因子 r_factor	0.2067
R_work r_work	0.2035
R_free r_free	0.2677

fit	/app/data/saxs_computation/tr/5tru/5tru.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tr/5tru/5tru.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tr/5tru/5tru.dat

Structure of the first-in-class checkpoint inhibitor Ipilimumab bound to human CTLA-4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)