SAXSdb — 5tss

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 41–234	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；50 MM TRIS-MALATE BUFFER, PH 5.8-6.6, 24% PEG 4000, 0.5-1 M LICL, pH 6.5	分辨率 2.90 Å
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 41–234	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；50 MM TRIS-MALATE BUFFER, PH 5.8-6.6, 24% PEG 4000, 0.5-1 M LICL, pH 6.5	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TSS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AW7 Q136A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	突变：CHAIN A, Q136A, CHAIN B, Q336A, CHAIN C, Q536A, CHAIN D, Q736A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.95 Å
1AW7 Q136A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 41–234（194 aa）	突变：CHAIN A, Q136A, CHAIN B, Q336A, CHAIN C, Q536A, CHAIN D, Q736A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.95 Å
1AW7 Q136A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 41–234（194 aa）	突变：CHAIN A, Q136A, CHAIN B, Q336A, CHAIN C, Q536A, CHAIN D, Q736A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.95 Å
1AW7 Q136A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 41–234（194 aa）	突变：CHAIN A, Q136A, CHAIN B, Q336A, CHAIN C, Q536A, CHAIN D, Q736A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.95 Å
1QIL INACTIVE MUTANT TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.5 A 提交 1997-03-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	突变：H135A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.275
1QIL INACTIVE MUTANT TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.5 A 提交 1997-03-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 41–234（194 aa）	突变：H135A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.275
1QIL INACTIVE MUTANT TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.5 A 提交 1997-03-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 41–234（194 aa）	突变：H135A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.275
1TS2 T128A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	突变：T128A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 2.30 Å
1TS2 T128A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 41–234（194 aa）	突变：T128A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 2.30 Å
1TS2 T128A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 41–234（194 aa）	突变：T128A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 2.30 Å
1TS3 H135A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	突变：H135A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 2.00 Å
1TS3 H135A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 41–234（194 aa）	突变：H135A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 2.00 Å
1TS3 H135A MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 41–234（194 aa）	突变：H135A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 2.00 Å
1TS4 Q139K MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	突变：Q139K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 3.40 Å R-free 0.287
1TS4 Q139K MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 41–234（194 aa）	突变：Q139K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 3.40 Å R-free 0.287
1TS5 I140T MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	突变：I140T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 3.10 Å
1TS5 I140T MUTANT OF TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM S. AUREUS 提交 1997-10-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 41–234（194 aa）	突变：I140T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4	分辨率 3.10 Å
2QIL TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.07 A RESOLUTION 提交 1997-03-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å
2QIL TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.07 A RESOLUTION 提交 1997-03-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 41–234（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å
2QIL TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.07 A RESOLUTION 提交 1997-03-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 41–234（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å
2TSS TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS: ORTHORHOMBICC222(1) CRYSTAL FORM 提交 1996-12-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；50-100 MM CITRATE-PHOSPHATE OR ACETATE BUFFER, PH 4-5, 4-8% PEG 4000, 0.25-1M LICL, pH 4.5	分辨率 2.05 Å
2TSS TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS: ORTHORHOMBICC222(1) CRYSTAL FORM 提交 1996-12-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 41–234（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；50-100 MM CITRATE-PHOSPHATE OR ACETATE BUFFER, PH 4-5, 4-8% PEG 4000, 0.25-1M LICL, pH 4.5	分辨率 2.05 Å
2TSS TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS: ORTHORHOMBICC222(1) CRYSTAL FORM 提交 1996-12-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 41–234（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；50-100 MM CITRATE-PHOSPHATE OR ACETATE BUFFER, PH 4-5, 4-8% PEG 4000, 0.25-1M LICL, pH 4.5	分辨率 2.05 Å
3TSS TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 TETRAMUTANT, P2(1) CRYSTAL FORM 提交 1996-12-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	突变：T69I, Y80W, E132K, I140T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；50 MM ACETATE BUFFER, PH 6.6-7.2, 24-32% PEG 4000, 200 MM AMMONIUM ACETATE	分辨率 1.90 Å
4OHJ Crystal structure of toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1) from Staphylococcus aureus 提交 2014-01-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–234（213 aa）片段：UNP residues 22-234	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.28 Å R-free 0.177
4OHJ Crystal structure of toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1) from Staphylococcus aureus 提交 2014-01-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–234（213 aa）片段：UNP residues 22-234	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.28 Å R-free 0.177
4TSS TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1: TETRAGONAL P4(1)2(1)2 CRYSTAL FORM 提交 1996-12-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–234（194 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；14% PEG 8000, 0.2 M ZN ACETATE, 0.1 M NA CACODYLATE, PH 6, pH 6.0	分辨率 2.75 Å

共 11 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TSST_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–194； UniProt 41–234 作者链 B； PDB构建体 1–194； UniProt 41–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tss
沉积日期 deposition_date	1996-12-11
结构标题 title	TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1: ORTHORHOMBIC P222(1) CRYSTAL FORM
关键词 keywords	TOXIN, SUPERANTIGEN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.15 Å
零角强度 I(0) i0	31978400.00
分子量 molecular_weight	44148.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55470 Å³
包络体积 envelope_volume	68598 Å³
水化壳体积 shell_volume	22510 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.30 Å
包络 Rg envelope_rg	27.17 Å
形状 Rg shape_rg	27.13 Å
总 Rg total_rg	27.78 Å
总原子数 total_atoms	3118
残基数 n_residues	388
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8342
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.400
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4548000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.668; Smooth: 0.961

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5tssa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5tssa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5tssb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5tssb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5tssA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	5tssA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5tssB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	5tssB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	49.100 Å
晶胞边长 b length_b	75.100 Å
晶胞边长 c length_c	115.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	5.000 Å
R 因子 r_factor	0.1480
R_work r_work	0.1480
R_free r_free	—

描述 description	TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1
分子量 formula_weight	22103.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3145

TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1: ORTHORHOMBIC P222(1) CRYSTAL FORM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

fit	/app/data/saxs_computation/ts/5tss/5tss.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ts/5tss/5tss.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ts/5tss/5tss.dat