5tzr

GPR40 in complex with partial agonist MK-8666

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Free fatty acid receptor 1,Endolysin,Free fatty acid receptor 1

Homo sapiens

UniProt O14842

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–211 链 A; UniProt 214–300 突变:L42A, F88A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R NA SODIUM ION × 1 MK6 (5aR,6S,6aS)-3-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}methoxy)-5,5a,6,6a-tetrahydrocyclopropa[4,5]cyclopenta[1,2-c]pyridine-6-carboxylic acid × 1 MLI MALONATE ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7.7;293 K;25-28%PEG 400, 0.2M sodium malonate, 0.1M Tris pH7.7 分辨率 2.20 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FFAR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–224; UniProt 1–211 作者链 A; PDB构建体 389–475; UniProt 214–300

Free fatty acid receptor 1,Endolysin,Free fatty acid receptor 1

Homo sapiens

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–161 突变:L42A, F88A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R NA SODIUM ION × 1 MK6 (5aR,6S,6aS)-3-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}methoxy)-5,5a,6,6a-tetrahydrocyclopropa[4,5]cyclopenta[1,2-c]pyridine-6-carboxylic acid × 1 MLI MALONATE ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7.7;293 K;25-28%PEG 400, 0.2M sodium malonate, 0.1M Tris pH7.7 分辨率 2.20 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、846 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENLYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 227–386; UniProt 2–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5tzr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5tzr
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5tzr
沉积日期 deposition_date2016-11-22
结构标题 titleGPR40 in complex with partial agonist MK-8666
关键词 keywordsFFAR1, partial agonist, FATTY ACID BINDING PROTEIN-HYDROLASE complex; FATTY ACID BINDING PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.14
零角强度 I(0) i032873300.00
分子量 molecular_weight49065.0 kDa
排除体积 excluded_volume63304 ų
包络体积 envelope_volume81234 ų
水化壳体积 shell_volume23789 ų
包络直径 envelope_diameter113.1
壳层 Rg shell_rg35.01
包络 Rg envelope_rg31.31
形状 Rg shape_rg31.12
总 Rg total_rg31.60
总原子数 total_atoms3464
残基数 n_residues437
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.2
Rg (实空间) rg_real31.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02
I(0) (实空间) i0_real3.2870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32870000.0000
解质量估计 total_estimate0.7668
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary21.8
偏度 Skewness skewness0.501
峰度 Kurtosis kurtosis-0.599
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5115000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.557; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.380; Smooth: 0.913

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5tzrA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)