SAXSdb — 5u3z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor delta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	6-[2-({cyclopropyl[4-(furan-3-yl)benzene-1-carbonyl]amino}methyl)phenoxy]hexanoic acid × 1 S-1,2-PROPANEDIOL × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 heptyl beta-D-glucopyranoside × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	6-[2-({cyclopropyl[4-(furan-3-yl)benzene-1-carbonyl]amino}methyl)phenoxy]hexanoic acid × 1 S-1,2-PROPANEDIOL × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 heptyl beta-D-glucopyranoside × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPARD_HUMAN
Isoform	Q03181-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–272； UniProt 131–402 作者链 B； PDB构建体 1–272； UniProt 131–402

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5u3z
沉积日期 deposition_date	2016-12-03
结构标题 title	Human PPARdelta ligand-binding domain in complexed with specific agonist 10
关键词 keywords	PPARdelta, ligand-binding domain, agonist, protein binding-activator complex; protein binding/activator
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5u3z__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5u3z__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5u3z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.05 Å
Rg（电子密度）	18.85 Å
总 Rg	19.81 Å
原子数	4590
残基数	268
排除体积	41085 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5u3z__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5u3z__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peroxisome proliferator-activated receptor delta
分子量 formula_weight	31114.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9494

PQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	6-[2-({cyclopropyl[4-(furan-3-yl)benzene-1-carbonyl]amino}methyl)phenoxy]hexanoic acid
分子量 formula_weight	447.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-1,2-PROPANEDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	heptyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	278.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	219

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5u3za_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d5u3zb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5u3zA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	5u3zB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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晶胞边长 a length_a	39.430 Å
晶胞边长 b length_b	94.750 Å
晶胞边长 c length_c	96.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	42.530 Å
R 因子 r_factor	0.1735
R_work r_work	0.1724
R_free r_free	0.2137

Human PPARdelta ligand-binding domain in complexed with specific agonist 10

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5u3z__assembly_1__model_1

5u3z__assembly_1__model_1 | I(q)

5u3z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Human PPARdelta ligand-binding domain in complexed with specific agonist 10

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5u3z__assembly_1__model_1

5u3z__assembly_1__model_1 | I(q)

5u3z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)