5u4x

Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 with TP-064

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 N-methyl-N-[(2-{1-[2-(methylamino)ethyl]piperidin-4-yl}pyridin-4-yl)methyl]-3-phenoxybenzamide × 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 N-methyl-N-[(2-{1-[2-(methylamino)ethyl]piperidin-4-yl}pyridin-4-yl)methyl]-3-phenoxybenzamide × 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 11 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CARM1_HUMAN
Isoform	Q86X55-1
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–341； UniProt 140–480 作者链 B； PDB构建体 1–341； UniProt 140–480 作者链 C； PDB构建体 1–341； UniProt 140–480 作者链 D； PDB构建体 1–341； UniProt 140–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5u4x
沉积日期 deposition_date	2016-12-06
结构标题 title	Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 with TP-064
关键词 keywords	CARM1, methyltransferase, TP-064, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5u4x__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`5u4x__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-arginine methyltransferase CARM1
分子量 formula_weight	38746.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.319
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11750

RTEESSAVQYFQFYGYLSQQQNMMQDYVRTGTYQRAILQNHTDFKDKIVLDVGCGSGILSFFAAQAGARKIYAVEASTMAQHAEVLVKSNNLTDRIVVIPGKVEEVSLPEQVDIIISEPMGYMLFNERMLESYLHAKKYLKPSGNMFPTIGDVHLAPFTDEQLYMEQFTKANFWYQPSFHGVDLSALRGAAVDEYFRQPVVDTFDIRILMAKSVKYTVNFLEAKEGDLHRIEIPFKFHMLHSGLVHGLAFWFDVAFIGSIMTVWLSTAPTEPLTHWYQVRCLFQSPLFAKAGDTLSGTCLLIANKRQSYDISIVAQVDQTGSKSSNLLDLKNPFFRYTGTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-methyl-N-[(2-{1-[2-(methylamino)ethyl]piperidin-4-yl}pyridin-4-yl)methyl]-3-phenoxybenzamide
分子量 formula_weight	458.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	687

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5u4xa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.6 — Arginine methyltransferase

结构域编号 domain_id	d5u4xb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.6 — Arginine methyltransferase

结构域编号 domain_id	d5u4xc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.6 — Arginine methyltransferase

结构域编号 domain_id	d5u4xd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.6 — Arginine methyltransferase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5u4xA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5u4xA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

结构域编号 domain_id	5u4xB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5u4xB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

结构域编号 domain_id	5u4xC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5u4xC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

结构域编号 domain_id	5u4xD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5u4xD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

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晶胞边长 a length_a	75.091 Å
晶胞边长 b length_b	98.919 Å
晶胞边长 c length_c	207.553 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1884
R_work r_work	0.1878
R_free r_free	0.2152

Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 with TP-064

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 with TP-064

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)