5u7n

CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC CUA DOMAIN (SUBUNIT II) OF CYTOCHROME BA3 FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH THE AMICYANIN LOOP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.7 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 2

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 11–116 链 A； UniProt 127–135	片段：UNP residues 11-116,127-135	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 11–116 链 B； UniProt 127–135	片段：UNP residues 11-116,127-135	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 11–116 链 C； UniProt 127–135	片段：UNP residues 11-116,127-135	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 11–116 链 D； UniProt 127–135	片段：UNP residues 11-116,127-135	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 11–116 链 E； UniProt 127–135	片段：UNP residues 11-116,127-135	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 11–116 链 F； UniProt 127–135	片段：UNP residues 11-116,127-135	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 11–116 链 G； UniProt 127–135	片段：UNP residues 11-116,127-135	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 11–116 链 H； UniProt 127–135	片段：UNP residues 11-116,127-135	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；60 % (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5U7N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XME Structure of Recombinant Cytochrome ba3 Oxidase from Thermus thermophilus 提交 2004-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–168（168 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 1 CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HAS HEME-AS × 1 GOL GLYCEROL × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；Peg 2000, Bis-tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
2CUA THE CUA DOMAIN OF CYTOCHROME BA3 FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1999-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–168（135 aa）片段：SOLUBLE CUA-CONTAINING DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2-20% MPEG 5K 100MM NA CACODYLATE PH 6.5 1MM ZNCL2	分辨率 1.60 Å R-free 0.296
2CUA THE CUA DOMAIN OF CYTOCHROME BA3 FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1999-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 34–168（135 aa）片段：SOLUBLE CUA-CONTAINING DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2-20% MPEG 5K 100MM NA CACODYLATE PH 6.5 1MM ZNCL2	分辨率 1.60 Å R-free 0.296
2FWL The cytochrome c552/CuA complex from Thermus thermophilus 提交 2006-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–135（135 aa）	未记录	HEC HEME C × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM cytochrome c552 U-15N, 20mM phosphate buffer, 2mM CuA domain, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5mM CuA domain U-15N, 20mM phosphate buffer, 2mM cytochrome c552, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2LLN Solution structure of Thermus thermophilus apo-CuA 提交 2011-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–135（125 aa）片段：UNP residues 11-135	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.8 -1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 100 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 -1 mM [U-99% 15N] protein, 100 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 - 1 mM protein, 100 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6PTT Soluble model of Arabidopsis thaliana CuA (Tt3LAt) 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–135（125 aa）	未记录	CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM Hepes, 1.5 M LiSO4, pH 7.5	分辨率 1.84 Å R-free 0.214
6PTT Soluble model of Arabidopsis thaliana CuA (Tt3LAt) 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 11–135（125 aa）	未记录	CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM Hepes, 1.5 M LiSO4, pH 7.5	分辨率 1.84 Å R-free 0.214
6PTY Soluble model of human CuA (Tt3Lh) 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–135（125 aa）	未记录	CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM Hepes, 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 mM NaCl, pH 7.5	分辨率 1.98 Å R-free 0.238
6PTY Soluble model of human CuA (Tt3Lh) 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 11–135（125 aa）	未记录	CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM Hepes, 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 mM NaCl, pH 7.5	分辨率 1.98 Å R-free 0.238

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX2_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–110； UniProt 11–116 作者链 A； PDB构建体 116–124； UniProt 127–135 作者链 B； PDB构建体 5–110； UniProt 11–116 作者链 B； PDB构建体 116–124； UniProt 127–135 作者链 C； PDB构建体 5–110； UniProt 11–116 作者链 C； PDB构建体 116–124； UniProt 127–135 作者链 D； PDB构建体 5–110； UniProt 11–116 作者链 D； PDB构建体 116–124； UniProt 127–135 作者链 E； PDB构建体 5–110； UniProt 11–116 作者链 E； PDB构建体 116–124； UniProt 127–135 作者链 F； PDB构建体 5–110； UniProt 11–116 作者链 F； PDB构建体 116–124； UniProt 127–135 作者链 G； PDB构建体 5–110； UniProt 11–116 作者链 G； PDB构建体 116–124； UniProt 127–135 作者链 H； PDB构建体 5–110； UniProt 11–116 作者链 H； PDB构建体 116–124； UniProt 127–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5u7n
沉积日期 deposition_date	2016-12-12
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC CUA DOMAIN (SUBUNIT II) OF CYTOCHROME BA3 FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH THE AMICYANIN LOOP
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, ELECTRON TRANSPORT; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.20 Å
零角强度 I(0) i0	154133000.00
分子量 molecular_weight	101810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128600 Å³
包络体积 envelope_volume	167090 Å³
水化壳体积 shell_volume	44494 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.60 Å
包络 Rg envelope_rg	30.34 Å
形状 Rg shape_rg	31.19 Å
总 Rg total_rg	31.94 Å
总原子数 total_atoms	7188
残基数 n_residues	908
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9066
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.009
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.589
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.941

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	13706.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1,1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7729

GSHMVIPAGKLERVDPTTVRQEGPWADPAQAVVQTGPNQYTVYVLAFAFGYQPNPIEVPQGAEIVFKITSPDVIHGFHVEGTNINVEVLPGEVSTVRYTFKRPGEYRIICTPHPFMFGTIVVKE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	541

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5u7na_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d5u7nb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d5u7nc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d5u7nd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d5u7ne_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d5u7nf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d5u7ng_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d5u7nh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5u7nA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5u7nB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5u7nC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5u7nD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5u7nE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5u7nF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5u7nG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5u7nH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	94.352 Å
晶胞边长 b length_b	100.701 Å
晶胞边长 c length_c	101.103 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	45.180 Å
R 因子 r_factor	0.1783
R_work r_work	0.1759
R_free r_free	0.2258

fit	/app/data/saxs_computation/u7/5u7n/5u7n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u7/5u7n/5u7n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u7/5u7n/5u7n.dat