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5uaz

Crystal structure of the yeast nucleoporin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP53

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03790

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 247–355 链 B； UniProt 247–355 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% (wt/vol) PEG 3350 0.2 M Ammonium sulfate 分辨率 1.75 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5UAZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3W3Y Crystal structure of Kap121p bound to Nup53p 提交 2012-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 401–448（48 aa） 片段：UNP residues 401-448
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.297
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 U 1–475（475 aa）
链 W 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 U 1–475（475 aa）
链 W 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 U 1–475（475 aa）
链 W 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 U 1–475（475 aa）
链 W 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 U 1–475（475 aa）
链 W 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 U 1–475（475 aa）
链 W 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 U 1–475（475 aa）
链 W 1–475（475 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP53_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–111； UniProt 247–355 作者链 B； PDB构建体 3–111； UniProt 247–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5uaz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5uaz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5uaz
沉积日期 deposition_date2016-12-20
结构标题 titleCrystal structure of the yeast nucleoporin
关键词 keywordsnucleoporin, Nuclear Pore Complex, nucleocytoplasmic transport, dimerization domain, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.65 Å
零角强度 I(0) i07463450.00
分子量 molecular_weight20887.0 kDa
排除体积 excluded_volume26543 ų
包络体积 envelope_volume31052 ų
水化壳体积 shell_volume15116 ų
包络直径 envelope_diameter66.9 Å
壳层 Rg shell_rg23.30 Å
包络 Rg envelope_rg18.30 Å
形状 Rg shape_rg17.64 Å
总 Rg total_rg18.71 Å
总原子数 total_atoms2937
残基数 n_residues187
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.8 Å
Rg (实空间) rg_real18.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real7.4630e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8330e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7463000.0000
解质量估计 total_estimate0.7753
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.3 Å
偏度 Skewness skewness0.443
峰度 Kurtosis kurtosis-0.115
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2500000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.707; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5uazA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id5uazB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)