5ugg

Protease Inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 562–810	片段：UNP residues 562-810	89M Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(quinolin-2-yl)methyl]-L-tyrosinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000, 4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)	分辨率 1.20 Å R-free 0.176

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5UGG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B2I KRINGLE 2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN: NMR SOLUTION STRUCTURE OF TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID (AMCHA) COMPLEX 提交 1999-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 181–263（83 aa）片段：KRINGLE 2 DOMAIN	突变：C181T, E182S, C188G	AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；310 K；离子强度（mmCIF原始值）SEE PAPER；压力 AMBIENT NMR样品组成 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 561–810（250 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN 链 B 561–810（250 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A 突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 561–810（250 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 561–810（250 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1BUI Structure of the ternary microplasmin-staphylokinase-microplasmin complex: a proteinase-cofactor-substrate complex in action 提交 1998-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 561–810（250 aa）片段：Peptidase S1 catalytic domain 链 B 561–810（250 aa）片段：Peptidase S1 catalytic domain	未记录	0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.287
1CEA THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH EACA (EPSILON-AMINOCAPROIC ACID) 提交 1995-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–187（88 aa）片段：KRINGLE 1	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.06 Å
1CEA THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH EACA (EPSILON-AMINOCAPROIC ACID) 提交 1995-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–187（88 aa）片段：KRINGLE 1	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.06 Å
1CEB THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID) 提交 1995-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–187（88 aa）片段：KRINGLE 1	未记录	AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å
1CEB THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID) 提交 1995-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–187（88 aa）片段：KRINGLE 1	未记录	AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å
1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–810（247 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–810（247 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 564–810（247 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 564–810（247 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：S741A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1HPJ SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 1 DOMAIN COMPLEXED WITH 6-AMINOHEXANOIC ACID AT PH 5.3, 310K, DERIVED FROM RANDOMLY GENERATED STRUCTURES USING SIMULATED ANNEALING, 12 STRUCTURES 提交 1996-08-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 103–181（79 aa）片段：KRINGLE 1 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.3；310 K	分辨率未提供
1HPK SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 1 DOMAIN COMPLEXED WITH 6-AMINOHEXANOIC ACID AT PH 5.3, 310K, DERIVED FROM RANDOMLY GENERATED STRUCTURES USING SIMULATED ANNEALING, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-08-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 103–181（79 aa）片段：KRINGLE 1 DOMAIN	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.3；310 K	分辨率未提供
1I5K STRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN TO AN INTERNAL PEPTIDE FROM A GROUP A STREPTOCOCCAL SURFACE PROTEIN 提交 2001-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 183–262（80 aa）片段：MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN 链 B 183–262（80 aa）片段：MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN	突变：C4G/E56D/L72Y 突变：C4G/E56D/L72Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；23%(w/v) PEG 3350, 0.1 M Mes, 0.2 M Li2SO4, 2mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.262
1KI0 The X-ray Structure of Human Angiostatin 提交 2001-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–352（253 aa）	突变：N289E	BCN BICINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；PEG 20,000, bicine, dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.263
1KRN STRUCTURE OF KRINGLE 4 AT 4C TEMPERATURE AND 1.67 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 374–461（88 aa）片段：KRINGLE 4 DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALLIZED FROM BASA (BENZYL AMIN SULFONIC ACID) BUT ONLY SULFATE VISIBLE IN THE STRUCTURE.	分辨率 1.67 Å R-free 0.232
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 562–810（249 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791	突变：S741A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 562–810（249 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791	突变：S741A	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 562–810（249 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791	突变：S741A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS 提交 2002-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 563–810（248 aa）片段：Catalytic domain, Residues 544-791	突变：S741A	CD CADMIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
1L4Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS 提交 2002-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 563–810（248 aa）片段：Catalytic domain, Residues 544-791	突变：S741A	CD CADMIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
1PK4 CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 4 REFINED AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 376–454（79 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1PKR THE STRUCTURE OF RECOMBINANT PLASMINOGEN KRINGLE 1 AND THE FIBRIN BINDING SITE 提交 1993-08-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–181（81 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.48 Å
1PMK KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 374–461（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
1PMK KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 374–461（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 565–810（246 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：M585Q, V673M, M788L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 565–810（246 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：M585Q, V673M, M788L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 565–810（246 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：M585Q, V673M, M788L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 565–810（246 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：M585Q, V673M, M788L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–810（247 aa）片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN	突变：K698M, R561A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 B 564–810（247 aa）片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN	突变：K698M, R561A	SO4 SULFATE ION × 192	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 564–810（247 aa）片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN	突变：K698M, R561A	SO4 SULFATE ION × 48	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
2DOH The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound a to a peptide from the group A streptococcal surface protein PAM 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 100–333（234 aa）片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3	突变：N289E	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phosphate (dihydrate), 5% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 100–333（234 aa）片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3	突变：N289E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.296
2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 100–333（234 aa）片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3	突变：N289E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.296
2KNF Solution structure and functional characterization of human plasminogen kringle 5 提交 2009-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 480–562（83 aa）	突变：A14V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate, 11 mM AMCHA, 2.2 mM rK5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L0S Solution Structure of Human Plasminogen Kringle 3 提交 2010-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–354（83 aa）片段：UNP residues 272-354, Kringle 3 Domain	突变：C43S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM [U-97% 15N] hPgn rK3-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PK4 THE REFINED STRUCTURE OF THE EPSILON-AMINOCAPROIC ACID COMPLEX OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 提交 1991-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–454（80 aa）	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
3UIR Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex 提交 2011-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 564–810（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.78 Å R-free 0.258
3UIR Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex 提交 2011-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 564–810（247 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.78 Å R-free 0.258
4A5T STRUCTURAL BASIS FOR THE CONFORMATIONAL MODULATION 提交 2011-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 S 20–810（791 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.49 Å R-free 0.250
4CIK plasminogen kringle 1 in complex with inhibitor 提交 2013-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–181（81 aa）片段：KRINGLE 1, RESIDUES 101-181	未记录	XO3 5-[(2R,4S)-2-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]-1,2-oxazol-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.78 Å R-free 0.292
4DCB Y. pestis Plasminogen Activator Pla in Complex with Human Plasminogen Activation Loop Peptide ALP11 提交 2012-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 576–585（10 aa）	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2 M NH4KH2PO4 and 0.1M NaOAc, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.03 Å R-free 0.232
4DUR The X-ray Crystal Structure of Full-Length type II Human Plasminogen 提交 2012-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–810（791 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.215
4DUR The X-ray Crystal Structure of Full-Length type II Human Plasminogen 提交 2012-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–810（791 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 BCT BICARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.215
4DUU The X-ray Crystal Structure of Full-Length type I Human Plasminogen 提交 2012-02-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–810（791 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；2M sodium formate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.20 Å R-free 0.312
5HPG STRUCTURE AND LIGAND DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE 5 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN 提交 1997-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 480–563（84 aa）片段：KRINGLE 5 链 B 480–563（84 aa）片段：KRINGLE 5	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；24% (W/V) PEG 8000, 0.1 M NA-HEPES, PH 7.0, 0.15 M LI2(SO4)	分辨率 1.66 Å
5UGD Protease Inhibitor 提交 2017-01-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 562–810（249 aa）片段：UNP residues 562-810	未记录	89S Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(pyridin-4-yl)methyl]-L-tyrosinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000, 4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)	分辨率 1.38 Å R-free 0.182
6D3X Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 565–810（246 aa）片段：UNP residues 565-810	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
6D3X Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 565–810（246 aa）片段：UNP residues 565-810	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
6D3Y Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 564–810（247 aa）片段：UNP residues 564-810	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M 2-ethanesulfonic acid, 0.15 M ammonium sulfate, 13% PEG4000	分辨率 1.32 Å R-free 0.213
6D3Z Protease SFTI complex 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 565–810（246 aa）片段：UNP residues 565-810	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M sodium acetate, 1 M sodium formate	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
6D40 Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 563–810（248 aa）片段：UNP residues 563-810	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG4000, 0.1 M MES, 0.15 M ammonium sulfate	分辨率 1.43 Å R-free 0.210
6OG4 plasminogen binding group A streptococcal M protein 提交 2019-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 183–264（82 aa）片段：Kringle 2 domain (UNP residues 183-264) 链 B 183–264（82 aa）片段：Kringle 2 domain (UNP residues 183-264)	突变：C169A 突变：C169A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.70 Å R-free 0.220
6Q1U Structure of plasmin and peptide complex 提交 2019-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 562–810（249 aa）	未记录	WMH 1-methyl-1H-1,2,3-triazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM Sodium Citrate, 100 mM MgCl2, 18% PEG 4000	分辨率 2.35 Å R-free 0.287
6Q1U Structure of plasmin and peptide complex 提交 2019-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 562–810（249 aa）	未记录	WMH 1-methyl-1H-1,2,3-triazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM Sodium Citrate, 100 mM MgCl2, 18% PEG 4000	分辨率 2.35 Å R-free 0.287
6UZ4 Solution structure of AGL55-Kringle 2 complex 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 185–262（78 aa）	突变：C11G, E63D, L79Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] AGL55, 1.2 mM Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Kringle 2, 1.2 mM AGL55, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6UZ5 Solution structure of KTI55-Kringle 2 complex 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 185–262（78 aa）	突变：C11G, E63D, L79Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KTI55, 1.2 mM Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Kringle 2, 1.2 mM KTI55, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7E50 Crystal structure of human microplasmin in complex with kazal-type inhibitor AaTI 提交 2021-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 564–810（247 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M Ammonium formate, 20 % polyethylene glycol 3350 pH 6.6	分辨率 1.95 Å R-free 0.275
7THS Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-01-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）	突变：S760A	I5Y (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
7THS Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-01-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）	突变：S760A	I5Y (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 I5Q (2S)-butane-1,2-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
7UAH Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）	突变：S760A	M63 (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, 10% 1,2-butanediol	分辨率 1.57 Å R-free 0.192
7UAH Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）	突变：S760A	M63 (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, 10% 1,2-butanediol	分辨率 1.57 Å R-free 0.192
8F7U Macrocyclic Plasmin Inhibitor 提交 2022-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）	突变：S760A	GGI (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.47 Å R-free 0.189
8F7U Macrocyclic Plasmin Inhibitor 提交 2022-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）	突变：S760A	GGI (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.47 Å R-free 0.189
8F7V Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）	未记录	EUA (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(benzenesulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.65 Å R-free 0.187
8F7V Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）	未记录	EUA (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(benzenesulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES	分辨率 1.65 Å R-free 0.187
8UQ6 Human Plasminogen bound to streptococcal surface enolase 提交 2023-10-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–810（791 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 561–810（250 aa）片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	未记录	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 561–810（250 aa）片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	未记录	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 561–810（250 aa）片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	未记录	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 561–810（250 aa）片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	未记录	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 561–810（250 aa）片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	未记录	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 561–810（250 aa）片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)	未记录	A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.10 Å R-free 0.255

共 46 个其他 PDB 条目、76 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLMN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–251； UniProt 562–810

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ugg
沉积日期 deposition_date	2017-01-08
结构标题 title	Protease Inhibitor
关键词 keywords	Fibrinolysis, YO, Plasmin, Inhibitor, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.84 Å
零角强度 I(0) i0	13119500.00
分子量 molecular_weight	27522.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34593 Å³
包络体积 envelope_volume	38031 Å³
水化壳体积 shell_volume	18391 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.3 Å
壳层 Rg shell_rg	23.64 Å
包络 Rg envelope_rg	17.18 Å
形状 Rg shape_rg	16.83 Å
总 Rg total_rg	17.89 Å
总原子数 total_atoms	1935
残基数 n_residues	246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.5 Å
Rg (实空间) rg_real	17.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8130
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.125
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4026000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plasminogen
分子量 formula_weight	27540.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2389

EFAPSFDCGKPQVEPKKCPGRVVGGCVAHPHSWPWQVSLRTRFGMHFCGGTLISPEWVLTAAHCLEKSPRPSSYKVILGAHQEVNLEPHVQEIEVSRLFLEPTRKDIALLKLSSPAVITDKVIPACLPSPNYVVADRTECFITGWGETQGTFGAGLLKEAQLPVIENKVCNRYEFLNGRVQSTELCAGHLAGGTDSCQGDSGGPLVCFEKDKYILQGVTSWGLGCARPNKPGVYVRVSRFVTWIEGVMRNN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella phaffii GS115

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(quinolin-2-yl)methyl]-L-tyrosinamide
分子量 formula_weight	572.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	289

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5ugga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5uggA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.550 Å
晶胞边长 b length_b	39.480 Å
晶胞边长 c length_c	62.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	32.570 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1640
R_free r_free	0.1760

fit	/app/data/saxs_computation/ug/5ugg/5ugg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ug/5ugg/5ugg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ug/5ugg/5ugg.dat