5un2

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 with non-syndromic deafness (DFNB12) associated mutation R2029W

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 157.3 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cadherin-23

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1955–2289	片段：residues 1955-2289 突变：R2029W	CA CALCIUM ION × 8 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；0.1 M HEPES pH 7.3 0.1 M CaCl2 27% PEG 400 5% glycerol	分辨率 2.96 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5UN2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WBX Crystal structure of mouse cadherin-23 EC1 提交 2009-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–124（101 aa）片段：EC1, RESIDUES 24-124	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0 40% MPD	分辨率 1.50 Å R-free 0.199
2WCP CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 提交 2009-03-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；2.7M NACL,0.1M TRIS HCL,PH 8.0, 10% GLYCEROL	分辨率 1.98 Å R-free 0.188
2WD0 CRYSTAL STRUCTURE OF NONSYNDROMIC DEAFNESS (DFNB12) ASSOCIATED MUTANT D124G OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 提交 2009-03-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；0.1M SODIUM CACODYLATE PH 7.1, 1M NACL	分辨率 2.74 Å R-free 0.249
2WD0 CRYSTAL STRUCTURE OF NONSYNDROMIC DEAFNESS (DFNB12) ASSOCIATED MUTANT D124G OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 提交 2009-03-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；0.1M SODIUM CACODYLATE PH 7.1, 1M NACL	分辨率 2.74 Å R-free 0.249
2WHV CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 (ALL CATION BINDING SITES OCCUPIED BY CALCIUM) 提交 2009-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 1.1 M CALCIUM CHLORIDE DIHYDRATE, 0.15 M POTASSIUM CHLORIDE	分辨率 2.36 Å R-free 0.221
3MVS Structure of the N-terminus of Cadherin 23 提交 2010-05-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–233（210 aa）片段：UNP residues 24-233	未记录	CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 nl of 6.9 mg/ml protein in 1 mM CaCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 nl crystallant (22.5% ethylene glycol and 0.2 M NDSB-201), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.10 Å R-free 0.188
4APX CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM I 提交 2012-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES, 8% PEG8000, PH6.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.193
4AQ8 CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM II 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 MES, 10% PEG 8000, PH 7.5	分辨率 2.63 Å R-free 0.243
4AQ8 CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM II 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 MES, 10% PEG 8000, PH 7.5	分辨率 2.63 Å R-free 0.243
4AQA CRYSTAL STRUCTURE OF DEAFNESS ASSOCIATED MUTANT MOUSE CADHERIN-23 EC1- 2D124G AND PROTOCADHERIN-15 EC1-2 FORM I 提交 2012-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	突变：YES	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 MES, 8% PEG 20000, PH 6.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.228
4AQE CRYSTAL STRUCTURE OF DEAFNESS ASSOCIATED MUTANT MOUSE CADHERIN-23 EC1- 2S70P AND PROTOCADHERIN-15 EC1-2 FORM I 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	突变：YES	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES, 12% PEG 4000, PH 6.5	分辨率 2.27 Å R-free 0.239
4AXW CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2, FORM I 2.2A. 提交 2012-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 15% W/V PEG550MME, 25% GLYCEROL, 0.2M POTASSIUM CHLORIDE	分辨率 2.23 Å R-free 0.236
4XXW Crystal structure of mouse Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2 splice variant 提交 2015-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 24–228（205 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% (v/v) isopropanol	分辨率 2.26 Å R-free 0.233
4XXW Crystal structure of mouse Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2 splice variant 提交 2015-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–228（205 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% (v/v) isopropanol	分辨率 2.26 Å R-free 0.233
5I8D Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 S2064P 提交 2016-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1949–2289（341 aa）	突变：S2087P	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；277 K；0.025M Calcium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate, 25% MPD	分辨率 2.69 Å R-free 0.253
5TFK Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 WT 提交 2016-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1949–2289（341 aa）片段：Cadherin domains 19-21, residues 1949-2289	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.2, 0.075 M Calcium Acetate, 28% MPD	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
5TFL Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC7+8 提交 2016-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 666–886（221 aa）片段：Cadherin domains 7-8, residues 666-886	未记录	NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7, 1.9 M Sodium Chloride, 30% PEG 400	分辨率 3.56 Å R-free 0.221
5TFL Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC7+8 提交 2016-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 666–886（221 aa）片段：Cadherin domains 7-8, residues 666-886	未记录	NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7, 1.9 M Sodium Chloride, 30% PEG 400	分辨率 3.56 Å R-free 0.221
5ULU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 (S2087P) with non-syndromic deafness (DFNB12) associated mutation D2148N 提交 2017-01-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1955–2289（335 aa）片段：residues 1955-2289	突变：S2087P, D2148N	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 0.05M MgCl2 25% MPD	分辨率 2.85 Å R-free 0.244
5UZ8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC22-24 提交 2017-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2288–2607（320 aa）片段：residues 2288-2607	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 7 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 3.5 M Ammonium Chloride	分辨率 1.85 Å R-free 0.188
5VH2 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC12-13 with Engineered Mutation S1339D 提交 2017-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1202–1412（211 aa）片段：residues 1202-1412	突变：S1339D	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000	分辨率 2.84 Å R-free 0.272
5VH2 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC12-13 with Engineered Mutation S1339D 提交 2017-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1202–1412（211 aa）片段：residues 1202-1412	突变：S1339D	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000	分辨率 2.84 Å R-free 0.272
5VH2 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC12-13 with Engineered Mutation S1339D 提交 2017-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1202–1412（211 aa）片段：residues 1202-1412	突变：S1339D	CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000	分辨率 2.84 Å R-free 0.272
5VH2 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC12-13 with Engineered Mutation S1339D 提交 2017-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1202–1412（211 aa）片段：residues 1202-1412	突变：S1339D	CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000	分辨率 2.84 Å R-free 0.272
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715 链 D 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715 链 C 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5WJM Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC17-18 提交 2017-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1739–1954（216 aa）片段：residues 1739-1954	未记录	CA CALCIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；277 K；0.1 M NaOAc pH 5.2 0.01 M MgCl2 25 % (v/v) MPD 25 mM 18-Crown-6 0.07 M CaCl2	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
6N2E Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC1-3 G16D N369D Q370N and Mouse Cadherin-23 EC1-2 T15E 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–228（205 aa）链 D 24–228（205 aa）	突变：T15E 突变：T15E	CA CALCIUM ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Imidazole pH 6.8, 46% MPD	分辨率 2.90 Å R-free 0.253
7SKH Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC16-17 提交 2021-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1630–1847（218 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1 M MMT pH 9.0 25% PEG 1500	分辨率 2.27 Å R-free 0.252
7SKH Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC16-17 提交 2021-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1630–1847（218 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1 M MMT pH 9.0 25% PEG 1500	分辨率 2.27 Å R-free 0.252
7SUU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-26 提交 2021-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2603–2842（240 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；0.1 M HEPES ph 7.8 0.35 M CaCl2 28 % PEG 400	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
7SUU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-26 提交 2021-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2603–2842（240 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；0.1 M HEPES ph 7.8 0.35 M CaCl2 28 % PEG 400	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
7T3S Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC8-9 提交 2021-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 770–991（222 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M NaCl 20% PEG 3350	分辨率 2.97 Å R-free 0.299
7T80 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC18-19 提交 2021-12-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1847–2063（217 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M (NH4)2SO4 25% w/v PEG 3350 0.1 M Tris-HCl 8.5 pH	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
7T80 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC18-19 提交 2021-12-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1847–2063（217 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M (NH4)2SO4 25% w/v PEG 3350 0.1 M Tris-HCl 8.5 pH	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
7U71 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC13-15 提交 2022-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1308–1628（321 aa）片段：UNP residuess 1308-1628	未记录	CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH7.5 0.2 M NaOAc 20% PEG 3000	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
7UQU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC9 提交 2022-04-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 883–991（109 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Magnesium Chloride 20% PEG 3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.224
7UQU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC9 提交 2022-04-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 883–991（109 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Magnesium Chloride 20% PEG 3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.224
8TRI Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2603–3065（463 aa）片段：residues 2603-3065	突变：F2894A	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo)	分辨率 3.72 Å R-free 0.229
8TRI Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2603–3065（463 aa）片段：residues 2603-3065	突变：F2894A	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo)	分辨率 3.72 Å R-free 0.229
8TRI Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2603–3065（463 aa）片段：residues 2603-3065	突变：F2894A	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo)	分辨率 3.72 Å R-free 0.229

共 27 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAD23_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–336； UniProt 1955–2289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5un2
沉积日期 deposition_date	2017-01-30
结构标题 title	Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 with non-syndromic deafness (DFNB12) associated mutation R2029W
关键词 keywords	hearing, mechanotransduction, adhesion, calcium-binding protein, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.68 Å
零角强度 I(0) i0	20676000.00
分子量 molecular_weight	36717.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46160 Å³
包络体积 envelope_volume	63736 Å³
水化壳体积 shell_volume	16644 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.84 Å
包络 Rg envelope_rg	44.39 Å
形状 Rg shape_rg	43.62 Å
总 Rg total_rg	43.15 Å
总原子数 total_atoms	2573
残基数 n_residues	335
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5856
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.653
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.450
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	601600.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.034; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.013; Smooth: 0.494

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cadherin-23
分子量 formula_weight	37578.8 kDa
突变 mutation	R2029W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2640

MNHPLFTEGTYQAEVMENSPAGTPLTVLNGPILALDADEDVYAVVTYQLLGTHSDLFVIDNSTGVVTVRSGIIIDWEAFSPPFLELLLLAEDIGQLNGTAHLFITILDDNDNWPTFSPPTYTVHLLENCPPGFSVLQVTATDEDSGLNGELVYRIEAGAQDRFLIHPVTGVIRVGNATIDREEQESYRLTVVATDRGTVPLSGTAIVTILIDDINDSRPEFLNPIQTVSVLESAEPGTIIANVTAIDLDLNPKLEYHIISIVAKDDTDRLVPDQEDAFAVNINTGSVMVKSPLNRELVATYEVTLSVIDNASDLPEHSVSVPNAKLTVNILDVNDNLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	59

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5un2a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5un2a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5un2a3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5un2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	189.475 Å
晶胞边长 b length_b	73.908 Å
晶胞边长 c length_c	49.375 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.960 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1982
R_work r_work	0.1962
R_free r_free	0.2358

fit	/app/data/saxs_computation/un/5un2/5un2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/un/5un2/5un2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/un/5un2/5un2.dat