5usr

Crystal structure of human NFS1-ISD11 in complex with E. coli acyl-carrier protein at 3.09 angstroms

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Acyl carrier protein × 2 （P0A6A8） S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Acyl carrier protein × 2 （P0A6A8） S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 25–426； UniProt 56–457 作者链 C； PDB构建体 25–426； UniProt 56–457 作者链 E； PDB构建体 25–426； UniProt 56–457 作者链 G； PDB构建体 25–426； UniProt 56–457

LYR motif-containing protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9HD34

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） Acyl carrier protein × 2 （P0A6A8） S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） Acyl carrier protein × 2 （P0A6A8） S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LYRM4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 F； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 H； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

Acyl carrier protein

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A6A8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78 作者链 J； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78 作者链 K； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78 作者链 L； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5usr
沉积日期 deposition_date	2017-02-13
结构标题 title	Crystal structure of human NFS1-ISD11 in complex with E. coli acyl-carrier protein at 3.09 angstroms
关键词 keywords	LYR, Fe-S cluster assembly, NFS1, acyl-carrier protein, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5usr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5usr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5usr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.91 Å
Rg（电子密度）	34.28 Å
总 Rg	34.81 Å
原子数	7843
残基数	975
排除体积	139750 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5usr__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5usr__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine desulfurase, mitochondrial
分子量 formula_weight	47623.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	15666

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMLEMLRPLYMDVQATTPLDPRVLDAMLPYLINYYGNPHSRTHAYGWESEAAMERARQQVASLIGADPREIIFTSGATESNNIAIKGVARFYRSRKKHLITTQTEHKCVLDSCRSLEAEGFQVTYLPVQKSGIIDLKELEAAIQPDTSLVSVMTVNNEIGVKQPIAEIGRICSSRKVYFHTDAAQAVGKIPLDVNDMKIDLMSISGHKIYGPKGVGAIYIRRRPRVRVEALQSGGGQERGMRSGTVPTPLVVGLGAACEVAQQEMEYDHKRISKLSERLIQNIMKSLPDVVMNGDPKHHYPGCINLSFAYVEGESLLMALKDVALSSGSACTSASLEPSYVLRAIGTDEDLAHSSIRFGIGRFTTEEEVDYTVEKCIQHVKRLREMSPLWEMVQDGIDLKSIKWTQH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LYR motif-containing protein 4
分子量 formula_weight	10763.5 kDa
突变 mutation	S11A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MAASSRAQVLALYRAMLRESKRFSAYNYRTYAVRRIRDAFRENKNVKDPVEIQTLVNKAKRDLGVIRRQVHIGQLYSTDKLIIENRDMPRT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8645.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
分子量 formula_weight	540.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d5usra1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d5usra2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5usrb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.71 — LYR proteins from mammalian respiratory complex I
超家族 Superfamily superfamily	f.71.1 — LYR protein-like
家族 Family family	f.71.1.1 — LYR proteins

结构域编号 domain_id	d5usrc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d5usrd_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.71 — LYR proteins from mammalian respiratory complex I
超家族 Superfamily superfamily	f.71.1 — LYR protein-like
家族 Family family	f.71.1.1 — LYR proteins

结构域编号 domain_id	d5usre1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d5usre2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5usrf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.71 — LYR proteins from mammalian respiratory complex I
超家族 Superfamily superfamily	f.71.1 — LYR protein-like
家族 Family family	f.71.1.1 — LYR proteins

结构域编号 domain_id	d5usrg1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d5usrg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5usrh_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.71 — LYR proteins from mammalian respiratory complex I
超家族 Superfamily superfamily	f.71.1 — LYR protein-like
家族 Family family	f.71.1.1 — LYR proteins

结构域编号 domain_id	d5usri_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5usrj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5usrk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5usrl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5usrA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	5usrA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	5usrC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	5usrC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	5usrE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	5usrG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

▶

晶胞边长 a length_a	125.484 Å
晶胞边长 b length_b	147.780 Å
晶胞边长 c length_c	168.454 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.090 Å
最低分辨率 resolution_low	47.826 Å
R 因子 r_factor	0.2139
R_work r_work	0.2123
R_free r_free	0.2592

Crystal structure of human NFS1-ISD11 in complex with E. coli acyl-carrier protein at 3.09 angstroms

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LYR motif-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5usr__assembly_1__model_1

5usr__assembly_1__model_1 | I(q)

5usr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human NFS1-ISD11 in complex with E. coli acyl-carrier protein at 3.09 angstroms

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LYR motif-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5usr__assembly_1__model_1

5usr__assembly_1__model_1 | I(q)

5usr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)