6nzu

Structure of the human frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Acyl carrier protein × 2 （A0A437HBF4） Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 （Q9H1K1） Frataxin, mitochondrial × 2 （Q16595） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–403； UniProt 56–457 作者链 E； PDB构建体 2–403； UniProt 56–457

LYR motif-containing protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9HD34

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） Acyl carrier protein × 2 （A0A437HBF4） Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 （Q9H1K1） Frataxin, mitochondrial × 2 （Q16595） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LYRM4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–92； UniProt 1–91 作者链 F； PDB构建体 2–92； UniProt 1–91

Acyl carrier protein

Escherichia coli

UniProt A0A437HBF4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 （Q9H1K1） Frataxin, mitochondrial × 2 （Q16595） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A437HBF4_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74 作者链 G； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74

Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9H1K1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Acyl carrier protein × 2 （A0A437HBF4） Frataxin, mitochondrial × 2 （Q16595） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ISCU_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–124； UniProt 35–157 作者链 H； PDB构建体 2–124； UniProt 35–157

Frataxin, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q16595

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Acyl carrier protein × 2 （A0A437HBF4） Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 （Q9H1K1） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 3–132； UniProt 81–210 作者链 J； PDB构建体 3–132； UniProt 81–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nzu
沉积日期 deposition_date	2019-02-14
结构标题 title	Structure of the human frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex
关键词 keywords	human frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex, TRANSFERASE, OXIDOREDUCTASE; TRANSFERASE, OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nzu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nzu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nzu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.84 Å
Rg（电子密度）	38.56 Å
总 Rg	38.93 Å
原子数	12528
残基数	1588
排除体积	223380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nzu__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine desulfurase, mitochondrial
分子量 formula_weight	44850.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	12570

MLRPLYMDVQATTPLDPRVLDAMLPYLINYYGNPHSRTHAYGWESEAAMERARQQVASLIGADPREIIFTSGATESNNIAIKGVARFYRSRKKHLITTQTEHKCVLDSCRSLEAEGFQVTYLPVQKSGIIDLKELEAAIQPDTSLVSVMTVNNEIGVKQPIAEIGRICSSRKVYFHTDAAQAVGKIPLDVNDMKIDLMSISGHKIYGPKGVGAIYIRRRPRVRVEALQSGGGQERGMRSGTVPTPLVVGLGAACEVAQQEMEYDHKRISKLSERLIQNIMKSLPDVVMNGDPKHHYPGCINLSFAYVEGESLLMALKDVALSSGSACTSASLEPSYVLRAIGTDEDLAHSSIRFGIGRFTTEEEVDYTVEKCIQHVKRLREMSPLWEMVQDGIDLKSIKWTQH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LYR motif-containing protein 4
分子量 formula_weight	10850.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

SMAASSRAQVLALYRAMLRESKRFSAYNYRTYAVRRIRDAFRENKNVKDPVEIQTLVNKAKRDLGVIRRQVHIGQLYSTDKLIIENRDMPRT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8251.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYIN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial
分子量 formula_weight	13412.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MYHKKVVDHYENPRNVGSLDKTSKNVGTGLVGAPACGDVMKLQIQVDEKGKIVDARFKTFGCGSAIASSSLATEWVKGKTVEEALTIKNTDIAKELCLPPVKLHCSMLAEDAIKAALADYKLKQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Frataxin, mitochondrial
分子量 formula_weight	14501.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.16.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

SMSGTLGHPGSLDETTYERLAEETLDSLAEFFEDLADKPYTFEDYDVSFGSGVLTVKLGGDLGTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGVSLHELLAAELTKALKTKLDLSSLAYSGKDA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
分子量 formula_weight	540.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6nzuA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	6nzuD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1010 — Sufe protein. Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6nzuE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	6nzuH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1010 — Sufe protein. Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6nzuI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	920 — Metal Transport, Frataxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Frataxin/CyaY

结构域编号 domain_id	6nzuJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	920 — Metal Transport, Frataxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Frataxin/CyaY

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	267153

Structure of the human frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LYR motif-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Frataxin, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nzu__assembly_1__model_1

6nzu__assembly_1__model_1 | I(q)

6nzu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)