3s5d

Crystal structure of human frataxin variant W155A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 48.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frataxin, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q16595

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 82–210 片段:mature form (UNP residues 82-210) 突变:W155A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;295 K;1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.50 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRDA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 82–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3s5d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3s5d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3s5d
沉积日期 deposition_date2011-05-23
结构标题 titleCrystal structure of human frataxin variant W155A
关键词 keywordsallosteric activator, mitochondrion, alpha beta 2-layer sandwich, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.88
零角强度 I(0) i03589070.00
分子量 molecular_weight13430.0 kDa
排除体积 excluded_volume16812 ų
包络体积 envelope_volume18548 ų
水化壳体积 shell_volume11604 ų
包络直径 envelope_diameter47.0
壳层 Rg shell_rg19.32
包络 Rg envelope_rg14.13
形状 Rg shape_rg13.85
总 Rg total_rg15.09
总原子数 total_atoms949
残基数 n_residues121
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.2
Rg (实空间) rg_real15.29
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23
I(0) (实空间) i0_real3.5890e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5930e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3589000.0000
解质量估计 total_estimate0.8946
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.9
偏度 Skewness skewness0.182
峰度 Kurtosis kurtosis-0.320
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha530500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.975

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3s5da_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.82 — N domain of copper amine oxidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.82.2 — Frataxin/Nqo15-like
家族 Family familyd.82.2.1 — Frataxin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3s5dA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology920 — Metal Transport, Frataxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Frataxin/CyaY

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)