6nzu

Structure of the human frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 141.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9Y697

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 56–457 链 E; UniProt 56–457 片段:UNP residues 56-457 LYR motif-containing protein 4 × 2 (Q9HD34) Acyl carrier protein × 2 (A0A437HBF4) Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 (Q9H1K1) Frataxin, mitochondrial × 2 (Q16595) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NFS1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–403; UniProt 56–457 作者链 E; PDB构建体 2–403; UniProt 56–457

LYR motif-containing protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9HD34

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–91 链 F; UniProt 1–91 未记录 Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 (Q9Y697) Acyl carrier protein × 2 (A0A437HBF4) Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 (Q9H1K1) Frataxin, mitochondrial × 2 (Q16595) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYRM4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–92; UniProt 1–91 作者链 F; PDB构建体 2–92; UniProt 1–91

Acyl carrier protein

Escherichia coli

UniProt A0A437HBF4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–74 链 G; UniProt 1–74 未记录 Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 (Q9Y697) LYR motif-containing protein 4 × 2 (Q9HD34) Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 (Q9H1K1) Frataxin, mitochondrial × 2 (Q16595) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A437HBF4_ECOLX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 G; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74

Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9H1K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 35–157 链 H; UniProt 35–157 片段:UNP residues 35-157 Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 (Q9Y697) LYR motif-containing protein 4 × 2 (Q9HD34) Acyl carrier protein × 2 (A0A437HBF4) Frataxin, mitochondrial × 2 (Q16595) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ISCU_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–124; UniProt 35–157 作者链 H; PDB构建体 2–124; UniProt 35–157

Frataxin, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q16595

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 81–210 链 J; UniProt 81–210 片段:UNP residues 81-210 Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 (Q9Y697) LYR motif-containing protein 4 × 2 (Q9HD34) Acyl carrier protein × 2 (A0A437HBF4) Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 (Q9H1K1) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRDA_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 3–132; UniProt 81–210 作者链 J; PDB构建体 3–132; UniProt 81–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6nzu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6nzu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6nzu
沉积日期 deposition_date2019-02-14
结构标题 titleStructure of the human frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex
关键词 keywordshuman frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex, TRANSFERASE, OXIDOREDUCTASE; TRANSFERASE, OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.56
零角强度 I(0) i0484015000.00
分子量 molecular_weight178520.0 kDa
排除体积 excluded_volume223380 ų
包络体积 envelope_volume295090 ų
水化壳体积 shell_volume63329 ų
包络直径 envelope_diameter150.3
壳层 Rg shell_rg44.88
包络 Rg envelope_rg38.60
形状 Rg shape_rg38.55
总 Rg total_rg38.93
总原子数 total_atoms12528
残基数 n_residues1588
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.4
Rg (实空间) rg_real38.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.47
I(0) (实空间) i0_real4.8400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.5320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal484000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8528
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.3
偏度 Skewness skewness0.336
峰度 Kurtosis kurtosis-0.206
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha129000000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.984

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6nzuA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id6nzuD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1010 — Sufe protein. Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6nzuE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id6nzuH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1010 — Sufe protein. Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6nzuI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology920 — Metal Transport, Frataxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Frataxin/CyaY
结构域编号 domain_id6nzuJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology920 — Metal Transport, Frataxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Frataxin/CyaY

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)