5uzu

Immune evasion by a Staphylococcal Peroxidase Inhibitor that blocks myeloperoxidase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterised protein

Staphylococcus aureus

UniProt W8TS31

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–97 未记录 Myeloperoxidase × 1 (P05164) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;20% w/v PEG-3350 0.2M ammonium citrate, pH 7.0 分辨率 2.40 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 W8TS31_STAAU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–71; UniProt 30–97

Myeloperoxidase

Homo sapiens

UniProt P05164

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 72–649 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Uncharacterised protein × 1 (W8TS31) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;20% w/v PEG-3350 0.2M ammonium citrate, pH 7.0 分辨率 2.40 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、108 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PERM_HUMAN
Isoform P05164-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–578; UniProt 72–649

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5uzu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5uzu
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5uzu
沉积日期 deposition_date2017-02-27
结构标题 titleImmune evasion by a Staphylococcal Peroxidase Inhibitor that blocks myeloperoxidase
关键词 keywordsmyeloperoxidase, phagolysosome, Staphylococcal inhibitor innate immunity, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.45
零角强度 I(0) i094179500.00
分子量 molecular_weight74885.0 kDa
排除体积 excluded_volume93200 ų
包络体积 envelope_volume107920 ų
水化壳体积 shell_volume35081 ų
包络直径 envelope_diameter88.2
壳层 Rg shell_rg33.25
包络 Rg envelope_rg24.85
形状 Rg shape_rg24.43
总 Rg total_rg25.37
总原子数 total_atoms5256
残基数 n_residues645
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.2
Rg (实空间) rg_real25.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real9.4180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal94180000.0000
解质量估计 total_estimate0.8050
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary81.9
偏度 Skewness skewness0.176
峰度 Kurtosis kurtosis-0.349
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21890000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5uzuA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)