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5vb2

Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in a closed conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

Arcobacter butzleri

UniProt A8EVM5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–267 链 B； UniProt 1–267 链 C； UniProt 1–267 链 D； UniProt 1–267 突变：T206F, V213Y CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 13 PO4 PHOSPHATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；1.8 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate, 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine (DMPC):CHAPSO bicelles 分辨率 3.20 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VB2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
24JS Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant 提交 2026-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.50 Å R-free 0.274
24JT Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant 提交 2026-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–229（229 aa）
突变：N49K LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1N7 CHAPSO × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7%-9% PEG 6000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 100mM cadmium nitrate, 10mM copper chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 4.10 Å R-free 0.375
24JU Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant 提交 2026-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–229（229 aa）
突变：N49K LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7%-9% PEG 6000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 100mM cadmium nitrate, 10mM copper chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.70 Å R-free 0.320
3RVY Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Ile217Cys, 2.7 A) 提交 2011-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：I217C 突变：I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 2 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-citrate pH 4.75, 28% glucose, 0.01 M YCl3, nicotinic acid (sat.), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3RVZ Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Ile217Cys, 2.8 A) 提交 2011-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：I217C 突变：I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 2 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-citrate pH 4.75, 28% glucose, nicotinic acid (sat.), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
3RW0 Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Met221Cys, 2.95 A) 提交 2011-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：M221C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：M221C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 2 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-citrate pH 4.75, 28% glucose, nicotinic acid (sat.), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.272
4EKW Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (wild-type, 3.2 A) 提交 2012-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M NA-CITRATE, 28% GLUCOSE, NICOTINIC ACID, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.322
4EKW Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (wild-type, 3.2 A) 提交 2012-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M NA-CITRATE, 28% GLUCOSE, NICOTINIC ACID, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.322
4MS2 Structural basis of Ca2+ selectivity of a voltage-gated calcium channel 提交 2013-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；0.1M Na-citrate, pH 4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4MTF Structural Basis of Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；0.1M Na-citrate,pH4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.272
4MTG Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；0.1M Na-citrate,pH 4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.273
4MTO Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；0.1M Na-citrate,pH 4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.297
4MVM Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 B 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 C 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 D 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-Acetate ,pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 10mM Calcium Chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.275
4MVO Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 B 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 C 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 D 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES, 0.1M Na-Acetate, pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.279
4MVQ Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-Acetate ,pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.313
4MVR Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES, 0.1M Na-Acetate, pH5.0, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 10mM Mn2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
4MVS Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 5 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate, pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 100mM Mn2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.269
4MVU Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate, pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.263
4MVZ Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate, pH 4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.280
4MW3 Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate,pH 4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
4MW8 Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate,pH 4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.26 Å R-free 0.314
5EK0 Human Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936. 提交 2015-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–23（23 aa）
链 A 58–78（21 aa）
链 A 109–267（159 aa）
链 B 1–23（23 aa）
链 B 58–78（21 aa）
链 B 109–267（159 aa）
链 C 1–23（23 aa）
链 C 58–78（21 aa）
链 C 109–267（159 aa）
链 D 1–23（23 aa）
链 D 58–78（21 aa）
链 D 109–267（159 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 21 5P2 3-cyano-4-[2-[2-(1-ethylazetidin-3-yl)pyrazol-3-yl]-4-(trifluoromethyl)phenoxy]-~{N}-(1,2,4-thiadiazol-5-yl)benzenesulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；277 K；2.2 ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate pH 5.4
分辨率 3.53 Å R-free 0.272
5KLB Crystal structure of the CavAb voltage-gated calcium channel(wild-type, 2.7A) 提交 2016-06-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CA CALCIUM ION × 3 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5KLG Structure of CavAb(W195Y) in complex with Br-dihydropyridine derivative UK-59811 提交 2016-06-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 6UC O3-ethyl O5-methyl (4R)-4-(2-bromophenyl)-2-[2-(dimethylamino)ethoxymethyl]-6-methyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
分辨率 3.30 Å R-free 0.303
5KLS Structure of CavAb in complex with Br-dihydropyridine derivative UK-59811 提交 2016-06-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 CA CALCIUM ION × 2 6UC O3-ethyl O5-methyl (4R)-4-(2-bromophenyl)-2-[2-(dimethylamino)ethoxymethyl]-6-methyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate 100uM UK-59811
分辨率 3.30 Å R-free 0.300
5KMD Structure of CavAb in complex with amlodipine 提交 2016-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 2 6UB amlodipine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate ,100uM amlodipine
分辨率 3.20 Å R-free 0.277
5KMF Structure of CavAb in complex with nimodipine 提交 2016-06-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 6U9 S-nimodipine × 1 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate,100uM nimodipine
分辨率 3.20 Å R-free 0.256
5KMH Structure of CavAb in complex with Br-verapamil 提交 2016-06-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PX6 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 4 6U8 (2~{R})-2-(2-bromophenyl)-5-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl-methyl-amino]-2-propan-2-yl-pentanenitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate,100uM Br-verapamil
分辨率 3.20 Å R-free 0.294
5VB8 Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in an open state 提交 2017-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–226（226 aa） 片段：UNP residues 1-226
未记录 NA SODIUM ION × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277.15 K；1.8 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate (pH 4.8). 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine (DMPC):CHAPSO bicelles (Anatrace)
分辨率 2.85 Å R-free 0.254
6C1E NavAb NormoPP mutant 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 36 BNC 5-BETA-24-NOR-CHOLANE-3(ALPHA),7(ALPHA),12(ALPHA)-TRIOL × 2 UHH (3ALPHA,5ALPHA,7ALPHA,8ALPHA,12ALPHA,14BETA,17ALPHA)-3,7,12-TRIHYDROXYCHOL-1-EN-24-AMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；ammonium sulphate, Na-citrate
分辨率 2.86 Å R-free 0.240
6C1K HypoPP mutant with ligand1 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R GAI GUANIDINE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 34 NA SODIUM ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；ammonium sulphate, Na-citrate
分辨率 2.70 Å R-free 0.246
6C1M NavAb NormoPP mutant 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 30 1N7 CHAPSO × 16 MGX 1-METHYLGUANIDINE × 4 NA SODIUM ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.8；277 K；ammonium sulphate, Na-citrate
分辨率 2.52 Å R-free 0.227
6C1P HypoPP mutant 提交 2018-01-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R PO4 PHOSPHATE ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 1N7 CHAPSO × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；ammonium sulphate, Na-citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.260
6JUH structure of CavAb in complex with efonidipine 提交 2019-04-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：E1177D, S1178D, M1181N 突变：E1177D, S1178D, M1181N 突变：E1177D, S1178D, M1181N 突变：E1177D, S1178D, M1181N MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 2 C9X 2-[phenyl-(phenylmethyl)amino]ethyl (4~{R})-5-(5,5-dimethyl-2-oxidanylidene-1,3,2$l^{5}-dioxaphosphinan-2-yl)-2,6-dimethyl-4-(3-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；1.0-2.0M Ammonium Sulfate 100 mM Na-citrate pH=5.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.291
6KE5 Structure of CavAb in complex with Diltiazem and Amlodipine 提交 2019-07-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 LPC [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE × 3 CA CALCIUM ION × 3 G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 5 6UB amlodipine × 1 D6C [(2~{S},3~{R})-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,5-benzothiazepin-3-yl] ethanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
6KEB Structure basis for Diltiazem block of a voltage-gated calcium channel 提交 2019-07-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 CA CALCIUM ION × 2 D6C [(2~{S},3~{R})-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,5-benzothiazepin-3-yl] ethanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
分辨率 3.20 Å R-free 0.277
6MVV NavAb voltage-gated sodium channel, I217C/F203A 提交 2018-10-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：F203A, I217C 突变：F203A, I217C 突变：F203A, I217C 突变：F203A, I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100mM Sodium Acetate, pH 5.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.256
6MVW NavAb voltage-gated sodium channel, I217C/F203W 提交 2018-10-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：I217C, F203W 突变：I217C, F203W 突变：I217C, F203W 突变：I217C, F203W PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 10 PO4 PHOSPHATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate, 100 mM Sodium Acetate
分辨率 3.20 Å R-free 0.246
6MVX NavAb Voltage-gated Sodium Channel, I217C, in Complex with Class 1C Anti-arrhythmic Flecainide 提交 2018-10-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：I217C 突变：I217C 突变：I217C 突变：I217C PO4 PHOSPHATE ION × 10 K4D Flecainide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0 100 uM Flecainide
分辨率 3.46 Å R-free 0.263
6MVY NavAb voltage-gated sodium channel, residues 1-226, crystallized in the presence of Class 1B Anti-arrhythmic drug Lidocaine 提交 2018-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–226（226 aa）
突变：I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0 10 mM Lidocaine
分辨率 3.00 Å R-free 0.237
6MVY NavAb voltage-gated sodium channel, residues 1-226, crystallized in the presence of Class 1B Anti-arrhythmic drug Lidocaine 提交 2018-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–226（226 aa）
突变：I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0 10 mM Lidocaine
分辨率 3.00 Å R-free 0.237
6MWA NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–239（239 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100mM Sodium Acetate pH 5.8
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
6MWB NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239 with mutation T206A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–239（239 aa）
突变：T206A PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate pH 5.8
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6MWD NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239 with mutation T206S 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–239（239 aa）
突变：T206S PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 ACT ACETATE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；1.8 Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.8
分辨率 2.33 Å R-free 0.250
6MWG NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239, with mutation T206V 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–239（239 aa）
突变：T206V PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 ACT ACETATE ION × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.8
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
6N4Q CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (actived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–25（25 aa）
链 A 58–78（21 aa）
链 A 107–267（161 aa）
链 B 1–25（25 aa）
链 B 58–78（21 aa）
链 B 107–267（161 aa）
链 C 1–25（25 aa）
链 C 58–78（21 aa）
链 C 107–267（161 aa）
链 D 1–25（25 aa）
链 D 58–78（21 aa）
链 D 107–267（161 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.
分辨率 3.60 Å
6N4R CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–25（25 aa）
链 A 58–78（21 aa）
链 A 107–267（161 aa）
链 B 1–25（25 aa）
链 B 58–78（21 aa）
链 B 107–267（161 aa）
链 C 1–25（25 aa）
链 C 58–78（21 aa）
链 C 107–267（161 aa）
链 D 1–25（25 aa）
链 D 58–78（21 aa）
链 D 107–267（161 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.
分辨率 4.20 Å
6P6W Cryo-EM structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L109A/M116V/G94C/Q150C disulfide crosslinked mutant in the resting state 提交 2019-06-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C,R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C 突变：R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C,R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C 突变：R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C,R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C 突变：R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C,R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6P6X Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb G94C/Q150C mutant in the activated state 提交 2019-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：G94C, Q150C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 36 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.8 M ammonium sulfate 0.1 M sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.75 Å R-free 0.265
6P6Y Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb V100C/Q150C disulfide crosslinked mutant in the activated state 提交 2019-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：V100C, Q150C CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277 K；1.8 M ammonium sulfate 0.1 M sodium citrate pH 4.8
分辨率 2.89 Å R-free 0.273
7K48 Structure of NavAb/Nav1.7-VS2A chimera trapped in the resting state by tarantula toxin m3-Huwentoxin-IV 提交 2020-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–17（17 aa）
链 A 60–83（24 aa）
链 A 106–239（134 aa）
链 B 1–17（17 aa）
链 B 60–83（24 aa）
链 B 106–239（134 aa）
链 C 1–17（17 aa）
链 C 60–83（24 aa）
链 C 106–239（134 aa）
链 D 1–17（17 aa）
链 D 60–83（24 aa）
链 D 106–239（134 aa）
突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5-4.0 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
8DIV Crystal structure of NavAb I22V as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia I136V mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：I22V BGC beta-D-glucopyranose × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；1.7-1.8 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 5.0
分辨率 2.54 Å R-free 0.237
8DIW Crystal structure of NavAb E96P as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia S211P mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：E96P PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；1.7-1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 5.4
分辨率 3.11 Å R-free 0.272
8DIX Structure of NavAb L98R as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia L823R mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：L98R PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277 K；1.8-1.9 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.8
分辨率 3.30 Å R-free 0.255
8DIY Crystal structure of NavAb L101S as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia F216S mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：L101S PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277 K；1.7-1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.8
分辨率 2.85 Å R-free 0.254
8DIZ Crystal structure of NavAb I119T as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia I234T mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：I119T PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；1.8-1.9 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.6
分辨率 2.75 Å R-free 0.255
8DJ0 Crystal structure of NavAb L123T as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia I848T mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：L123T PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；1.9 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.6
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
8DJ1 Crystal structure of NavAb V126T as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia S241T mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：V126T PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 5.2
分辨率 3.10 Å R-free 0.260
8H9O Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant in sodium ion condition 提交 2022-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 36 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.30 Å R-free 0.272
8H9W Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant in calcium ion condition 提交 2022-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.264
8H9X Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176Q mutant in sodium ion condition 提交 2022-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, L176Q LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.280
8H9Y Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176Q mutant in calcium ion condition 提交 2022-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, L176Q LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.264
8HA1 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176G mutant in sodium ion condition 提交 2022-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, L176G LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.50 Å R-free 0.297
8HA2 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176G mutant in calcium ion condition 提交 2022-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, L176G LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.30 Å R-free 0.281
9UC1 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/S178T mutant 提交 2025-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, S178T CA CALCIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 2.50 Å R-free 0.274
9UC2 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/S178A mutant 提交 2025-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K,S178A CA CALCIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 2.80 Å R-free 0.294
9UC3 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/S178G mutant 提交 2025-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K,S178G CA CALCIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 2.90 Å R-free 0.299
9UC4 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/S178T/T206A mutant 提交 2025-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, S178T, T206A CA CALCIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.312
9VDQ Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K NA SODIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.10 Å R-free 0.289
9VDR Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176F mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K/L176F NA SODIUM ION × 8 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.70 Å R-free 0.327
9VDS Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176W mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K/L176W NA SODIUM ION × 4 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.70 Å R-free 0.339
9VDT Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K DC230 mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K NA SODIUM ION × 8 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7%-9% PEG 6000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 100mM cadmium chloride, 10mM copper chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.50 Å R-free 0.344
9VDU Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176F DC230 mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–230（230 aa）
突变：N49K/L176F NA SODIUM ION × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7%-9% PEG 6000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 100mM cadmium chloride, 10mM copper chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.304

共 71 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A8EVM5_ARCB4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 19–285； UniProt 1–267 作者链 B； PDB构建体 19–285； UniProt 1–267 作者链 C； PDB构建体 19–285； UniProt 1–267 作者链 D； PDB构建体 19–285； UniProt 1–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vb2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vb2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vb2
沉积日期 deposition_date2017-03-28
结构标题 titleCrystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in a closed conformation
关键词 keywordsvoltage-gated sodium channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.04 Å
零角强度 I(0) i0181454000.00
分子量 molecular_weight124000.0 kDa
排除体积 excluded_volume161300 ų
包络体积 envelope_volume201550 ų
水化壳体积 shell_volume47901 ų
包络直径 envelope_diameter124.1 Å
壳层 Rg shell_rg41.13 Å
包络 Rg envelope_rg36.54 Å
形状 Rg shape_rg36.11 Å
总 Rg total_rg36.16 Å
总原子数 total_atoms17416
残基数 n_residues1050
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.5 Å
Rg (实空间) rg_real37.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal181500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8787
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.2 Å
偏度 Skewness skewness0.260
峰度 Kurtosis kurtosis-0.295
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11790000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.957
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5vb2A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id5vb2A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id5vb2B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id5vb2B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id5vb2C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id5vb2C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id5vb2D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id5vb2D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)