5vc1

Crystal structure of L-selectin lectin/EGF domains

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-selectin

Homo sapiens

UniProt P14151

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 39–195 片段:UNP residues 39-195 突变:N22Q, N139Q ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;100 mM sodium cacodylate pH 7.5, 200 mM calcium acetate, 40% (v/v) PEG 600 分辨率 1.94 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYAM1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–157; UniProt 39–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vc1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vc1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vc1
沉积日期 deposition_date2017-03-30
结构标题 titleCrystal structure of L-selectin lectin/EGF domains
关键词 keywordsL-selectin; glycoprotein, cell adhesion; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.92
零角强度 I(0) i07444520.00
分子量 molecular_weight19215.0 kDa
排除体积 excluded_volume23715 ų
包络体积 envelope_volume27954 ų
水化壳体积 shell_volume14492 ų
包络直径 envelope_diameter65.8
壳层 Rg shell_rg22.52
包络 Rg envelope_rg17.63
形状 Rg shape_rg16.88
总 Rg total_rg18.00
总原子数 total_atoms1345
残基数 n_residues153
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.1
Rg (实空间) rg_real17.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real7.4450e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2780e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7445000.0000
解质量估计 total_estimate0.6278
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.2
偏度 Skewness skewness0.381
峰度 Kurtosis kurtosis-0.157
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1129000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.716; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.346; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5vc1a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5vc1a2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5vc1A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id5vc1A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)