SAXSdb — 5vdo

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic GMP-AMP synthase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 ;2-amino-9-[(1R,3R,6R,8R,9R,11S,14R,16R,17R,18R)-16-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,11,17,18-tetrahydroxy-3,11-dioxido-2,4,7,10,12,15-hexaoxa-3,11-diphosphatricyclo[12.2.1.1~6,9~]octadec-8-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 ;2-amino-9-[(1R,3R,6R,8R,9R,11S,14R,16R,17R,18R)-16-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,11,17,18-tetrahydroxy-3,11-dioxido-2,4,7,10,12,15-hexaoxa-3,11-diphosphatricyclo[12.2.1.1~6,9~]octadec-8-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CGAS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–363； UniProt 161–522 作者链 B； PDB构建体 2–363； UniProt 161–522

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vdo
沉积日期 deposition_date	2017-04-03
结构标题 title	Human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with 2',2'-cGAMP
关键词 keywords	transferase, STING, cGAMP; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5vdo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5vdo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5vdo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.25 Å
Rg（电子密度）	21.06 Å
总 Rg	22.04 Å
原子数	2909
残基数	360
排除体积	51933 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5vdo__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5vdo__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclic GMP-AMP synthase
分子量 formula_weight	42536.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.86
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5783

MGASKLRAVLEKLKLSRDDISTAAGMVKGVVDHLLLRLKCDSAFRGVGLLNTGSYYEHVKISAPNEFDVMFKLEVPRIQLEEYSNTRAYYFVKFKRNPKENPLSQFLEGEILSASKMLSKFRKIIKEEINDIKDTDVIMKRKRGGSPAVTLLISEKISVDITLALESKSSWPASTQEGLRIQNWLSAKVRKQLRLKPFYLVPKHAKEGNGFQEETWRLSFSHIEKEILNNHGKSKTCCENKEEKCCRKDCLKLMKYLLEQLKERFKDKKHLDKFSSYHVKTAFFHVCTQNPQDSQWDRKDLGLCFDNCVTYFLQCLRTEKLENYFIPEFNLFSSNLIDKRSKEFLTKQIEYERNNEFPVFDEF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;2-amino-9-[(1R,3R,6R,8R,9R,11S,14R,16R,17R,18R)-16-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,11,17,18-tetrahydroxy-3,11-dioxido-2,4,7,10,12,15-hexaoxa-3,11-diphosphatricyclo[12.2.1.1~6,9~]octadec-8-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one ;
分子量 formula_weight	674.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5vdoA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	5vdoA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	5vdoB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	5vdoB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

▶

晶胞边长 a length_a	216.423 Å
晶胞边长 b length_b	47.670 Å
晶胞边长 c length_c	88.861 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.218 Å
最低分辨率 resolution_low	55.718 Å
R 因子 r_factor	0.2082
R_work r_work	0.2055
R_free r_free	0.2577

Human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with 2',2'-cGAMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic GMP-AMP synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vdo__assembly_1__model_1

5vdo__assembly_1__model_1 | I(q)

5vdo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with 2',2'-cGAMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic GMP-AMP synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vdo__assembly_1__model_1

5vdo__assembly_1__model_1 | I(q)

5vdo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)