5vf3

Bacteriophage T4 isometric capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid vertex protein gp24

物种未注明

UniProt P19896

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1560	Major capsid protein × 720 （P04535） Small outer capsid protein × 660 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 60 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Major capsid protein × 12 （P04535） Small outer capsid protein × 11 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 1 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	Major capsid protein × 60 （P04535） Small outer capsid protein × 55 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 5 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 156	Major capsid protein × 72 （P04535） Small outer capsid protein × 66 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 6 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Major capsid protein × 12 （P04535） Small outer capsid protein × 11 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 1 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSP_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–417； UniProt 11–427

Major capsid protein

物种未注明

UniProt P04535

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1560	Capsid vertex protein gp24 × 60 （P19896） Small outer capsid protein × 660 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 60 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Capsid vertex protein gp24 × 1 （P19896） Small outer capsid protein × 11 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 1 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	Capsid vertex protein gp24 × 5 （P19896） Small outer capsid protein × 55 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 5 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 156	Capsid vertex protein gp24 × 6 （P19896） Small outer capsid protein × 66 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 6 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Capsid vertex protein gp24 × 1 （P19896） Small outer capsid protein × 11 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 1 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSH_BPT4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 B； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 C； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 D； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 E； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 F； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 G； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 H； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 I； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 J； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 K； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521 作者链 L； PDB构建体 1–456； UniProt 66–521

Small outer capsid protein

物种未注明

UniProt P03715

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1560	Capsid vertex protein gp24 × 60 （P19896） Major capsid protein × 720 （P04535） Highly immunogenic outer capsid protein × 60 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Capsid vertex protein gp24 × 1 （P19896） Major capsid protein × 12 （P04535） Highly immunogenic outer capsid protein × 1 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	Capsid vertex protein gp24 × 5 （P19896） Major capsid protein × 60 （P04535） Highly immunogenic outer capsid protein × 5 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 156	Capsid vertex protein gp24 × 6 （P19896） Major capsid protein × 72 （P04535） Highly immunogenic outer capsid protein × 6 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Capsid vertex protein gp24 × 1 （P19896） Major capsid protein × 12 （P04535） Highly immunogenic outer capsid protein × 1 （P18056） Highly immunogenic outer capsid protein × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VSOC_BPT4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 P； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 Q； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 R； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 S； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 T； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 U； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 V； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 W； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 X； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 Y； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80

Highly immunogenic outer capsid protein

物种未注明

UniProt P18056

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1560	Capsid vertex protein gp24 × 60 （P19896） Major capsid protein × 720 （P04535） Small outer capsid protein × 660 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Capsid vertex protein gp24 × 1 （P19896） Major capsid protein × 12 （P04535） Small outer capsid protein × 11 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	Capsid vertex protein gp24 × 5 （P19896） Major capsid protein × 60 （P04535） Small outer capsid protein × 55 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 156	Capsid vertex protein gp24 × 6 （P19896） Major capsid protein × 72 （P04535） Small outer capsid protein × 66 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 26	Capsid vertex protein gp24 × 1 （P19896） Major capsid protein × 12 （P04535） Small outer capsid protein × 11 （P03715） Highly immunogenic outer capsid protein × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HOC_BPT4
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–376； UniProt 1–376

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vf3
沉积日期 deposition_date	2017-04-06
结构标题 title	Bacteriophage T4 isometric capsid
关键词 keywords	;Bacteriophage T4, isometric head, virus capsid assembly, triangulation numbers, size-determining mutations, capsid stabilization, capsid decoration proteins, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5vf3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5vf3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5vf3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	406.00 Å
总 Rg	406.00 Å
原子数	3095040
残基数	407760
排除体积	54933000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5vf3__assembly_1__model_1`	1560-meric （1560）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5vf3__assembly_2__model_1`	26-meric （26）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5vf3__assembly_3__model_1`	130-meric （130）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5vf3__assembly_4__model_1`	156-meric （156）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5vf3__assembly_5__model_1`	26-meric （26）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid vertex protein gp24
分子量 formula_weight	45838.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a
原子数 atom_count	51584

STTTNSNSIGRPNLVALTRATTKLIYSDIVATQRTNQPVAAFYGIKYLNPDNEFTFKTGATYAGEAGYVDREQITELTEESKLTLNKGDLFKYNNIVYKVLEDTPFATIEESDLELALQIAIVLLKVRLFSDAASTSKFESSDSEIADARFQINKWQTAVKSRKLKTGITVELAQDLEANGFDAPNFLEDLLATEMADEINKDILQSLITVSKRYKVTGITDSGFIDLSYASAPEAGRSLYRMVCEMVSHIQKESTYTATFCVASARAAAILAASGWLKHKPEDDKYLSQNAYGFLANGLPLYCDTNSPLDYVIVGVVENIGEKEIVGSIFYAPYTEGLDLDDPEHVGAFKVVVDPESLQPSIGLLVRYALSANPYTVAKDEKEARIIDGGDMDKMAGRSDLSVLLGVKLPKIIIDE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	48728.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

AEIGGDHGYNATNIAAGQTSGAVTQIGPAVMGMVRRAIPNLIAFDICGVQPMNSPTGQVFALRAVYGKDPVAAGAKEAFHPMYGPDAMFSGQGAAKKFPALAASTQTTVGDIYTHFFQETGTVYLQASVQVTIDAGATDAAKLDAEIKKQMEAGALVEIAEGMATSIAELQEGFNGSTDNPWNEMGFRIDKQVIEAKSRQLKAAYSIELTQDLRAVHGMDADAELSGILATEIMLEINREVVDWINYSAQVGKSGMTLTPGSKAGVFDFQDPIDIRGARWAGESFKALLFQIDKEAVEIARQTGRGEGNFIIASRNVVNVLASVDTGISYAAQGLATGFSTDTTKSVFAGVLGGKYRVYIDQYAKQDYFTVGYKGPNEMDAGIYYAPYVALTPLRGSDPKNFQPVMGFKTRYGIGINPFAESAAQAPASRIQSGMPSILNSLGKNAYFRRVYVKGI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Small outer capsid protein
分子量 formula_weight	9085.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y

MASARGYVNIKTFEQKLDGNKKIEGKEVSVAFPLYSDVHKISGAHYQTFPSEKAAYSTVYEENQRTEWIAANEDLWKVTG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Highly immunogenic outer capsid protein
分子量 formula_weight	40416.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MTFTVDITPKTPTGVIDETKQFTATPSGQTGGGTITYAWSVDNVPQDGAEATFSYVLKGPAGQKTIKVVATNTLSEGGPETAEATTTITVKNKTQTTTLAVTPASPAAGVIGTPVQFTAALASQPDGASATYQWYVDDSQVGGETNSTFSYTPTTSGVKRIKCVAQVTATDYDALSVTSNEVSLTVNKKTMNPQVTLTPPSINVQQDASATFTANVTGAPEEAQITYSWKKDSSPVEGSTNVYTVDTSSVGSQTIEVTATVTAADYNPVTVTKTGNVTVTAKVAPEPEGELPYVHPLPHRSSAYIWCGWWVMDEIQKMTEEGKDWKTDDPDSKYYLHRYTLQKMMKDYPEVDVQESRNGYIIHKTALETGIIYTYP

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Highly immunogenic outer capsid protein
分子量 formula_weight	1294.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	z

XXXXXXXXXXXXXXX

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	5vf3O00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3P00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3Q00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3R00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3S00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3T00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3U00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3V00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3W00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3X00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

结构域编号 domain_id	5vf3Y00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Small outer capsid protein Soc

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分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	18000

Bacteriophage T4 isometric capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid vertex protein gp24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small outer capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Highly immunogenic outer capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vf3__assembly_1__model_1

5vf3__assembly_1__model_1 | I(q)

5vf3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)

Bacteriophage T4 isometric capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid vertex protein gp24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small outer capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Highly immunogenic outer capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vf3__assembly_1__model_1

5vf3__assembly_1__model_1 | I(q)

5vf3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)