5vh2

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC12-13 with Engineered Mutation S1339D

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cadherin-23

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1202–1412	片段：residues 1202-1412 突变：S1339D	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000	分辨率 2.84 Å R-free 0.272
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1202–1412	片段：residues 1202-1412 突变：S1339D	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000	分辨率 2.84 Å R-free 0.272
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1202–1412	片段：residues 1202-1412 突变：S1339D	CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000	分辨率 2.84 Å R-free 0.272
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1202–1412	片段：residues 1202-1412 突变：S1339D	CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.05 M Tris pH 8.5 0.5 M NaCl 22% PEG 4000	分辨率 2.84 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VH2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WBX Crystal structure of mouse cadherin-23 EC1 提交 2009-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–124（101 aa）片段：EC1, RESIDUES 24-124	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0 40% MPD	分辨率 1.50 Å R-free 0.199
2WCP CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 提交 2009-03-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；2.7M NACL,0.1M TRIS HCL,PH 8.0, 10% GLYCEROL	分辨率 1.98 Å R-free 0.188
2WD0 CRYSTAL STRUCTURE OF NONSYNDROMIC DEAFNESS (DFNB12) ASSOCIATED MUTANT D124G OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 提交 2009-03-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；0.1M SODIUM CACODYLATE PH 7.1, 1M NACL	分辨率 2.74 Å R-free 0.249
2WD0 CRYSTAL STRUCTURE OF NONSYNDROMIC DEAFNESS (DFNB12) ASSOCIATED MUTANT D124G OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 提交 2009-03-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；0.1M SODIUM CACODYLATE PH 7.1, 1M NACL	分辨率 2.74 Å R-free 0.249
2WHV CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 (ALL CATION BINDING SITES OCCUPIED BY CALCIUM) 提交 2009-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 1.1 M CALCIUM CHLORIDE DIHYDRATE, 0.15 M POTASSIUM CHLORIDE	分辨率 2.36 Å R-free 0.221
3MVS Structure of the N-terminus of Cadherin 23 提交 2010-05-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–233（210 aa）片段：UNP residues 24-233	未记录	CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 nl of 6.9 mg/ml protein in 1 mM CaCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 nl crystallant (22.5% ethylene glycol and 0.2 M NDSB-201), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.10 Å R-free 0.188
4APX CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM I 提交 2012-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES, 8% PEG8000, PH6.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.193
4AQ8 CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM II 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 MES, 10% PEG 8000, PH 7.5	分辨率 2.63 Å R-free 0.243
4AQ8 CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM II 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 MES, 10% PEG 8000, PH 7.5	分辨率 2.63 Å R-free 0.243
4AQA CRYSTAL STRUCTURE OF DEAFNESS ASSOCIATED MUTANT MOUSE CADHERIN-23 EC1- 2D124G AND PROTOCADHERIN-15 EC1-2 FORM I 提交 2012-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	突变：YES	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 MES, 8% PEG 20000, PH 6.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.228
4AQE CRYSTAL STRUCTURE OF DEAFNESS ASSOCIATED MUTANT MOUSE CADHERIN-23 EC1- 2S70P AND PROTOCADHERIN-15 EC1-2 FORM I 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	突变：YES	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES, 12% PEG 4000, PH 6.5	分辨率 2.27 Å R-free 0.239
4AXW CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2, FORM I 2.2A. 提交 2012-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–228（205 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 24-228	未记录	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 15% W/V PEG550MME, 25% GLYCEROL, 0.2M POTASSIUM CHLORIDE	分辨率 2.23 Å R-free 0.236
4XXW Crystal structure of mouse Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2 splice variant 提交 2015-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 24–228（205 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% (v/v) isopropanol	分辨率 2.26 Å R-free 0.233
4XXW Crystal structure of mouse Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2 splice variant 提交 2015-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–228（205 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% (v/v) isopropanol	分辨率 2.26 Å R-free 0.233
5I8D Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 S2064P 提交 2016-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1949–2289（341 aa）	突变：S2087P	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；277 K；0.025M Calcium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate, 25% MPD	分辨率 2.69 Å R-free 0.253
5TFK Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 WT 提交 2016-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1949–2289（341 aa）片段：Cadherin domains 19-21, residues 1949-2289	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.2, 0.075 M Calcium Acetate, 28% MPD	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
5TFL Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC7+8 提交 2016-09-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 666–886（221 aa）片段：Cadherin domains 7-8, residues 666-886	未记录	NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7, 1.9 M Sodium Chloride, 30% PEG 400	分辨率 3.56 Å R-free 0.221
5TFL Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC7+8 提交 2016-09-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 666–886（221 aa）片段：Cadherin domains 7-8, residues 666-886	未记录	NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7, 1.9 M Sodium Chloride, 30% PEG 400	分辨率 3.56 Å R-free 0.221
5ULU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 (S2087P) with non-syndromic deafness (DFNB12) associated mutation D2148N 提交 2017-01-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1955–2289（335 aa）片段：residues 1955-2289	突变：S2087P, D2148N	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 0.05M MgCl2 25% MPD	分辨率 2.85 Å R-free 0.244
5UN2 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 with non-syndromic deafness (DFNB12) associated mutation R2029W 提交 2017-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1955–2289（335 aa）片段：residues 1955-2289	突变：R2029W	CA CALCIUM ION × 8 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；0.1 M HEPES pH 7.3 0.1 M CaCl2 27% PEG 400 5% glycerol	分辨率 2.96 Å R-free 0.236
5UZ8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC22-24 提交 2017-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2288–2607（320 aa）片段：residues 2288-2607	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 7 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 3.5 M Ammonium Chloride	分辨率 1.85 Å R-free 0.188
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715 链 D 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5VT8 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC24-25 提交 2017-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715 链 C 2504–2715（212 aa）片段：residues 2504-2715	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M TRIS pH 7.9 10% PEG 8000	分辨率 2.92 Å R-free 0.221
5WJM Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC17-18 提交 2017-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1739–1954（216 aa）片段：residues 1739-1954	未记录	CA CALCIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；277 K；0.1 M NaOAc pH 5.2 0.01 M MgCl2 25 % (v/v) MPD 25 mM 18-Crown-6 0.07 M CaCl2	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
6N2E Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC1-3 G16D N369D Q370N and Mouse Cadherin-23 EC1-2 T15E 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 24–228（205 aa）链 D 24–228（205 aa）	突变：T15E 突变：T15E	CA CALCIUM ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Imidazole pH 6.8, 46% MPD	分辨率 2.90 Å R-free 0.253
7SKH Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC16-17 提交 2021-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1630–1847（218 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1 M MMT pH 9.0 25% PEG 1500	分辨率 2.27 Å R-free 0.252
7SKH Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC16-17 提交 2021-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1630–1847（218 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1 M MMT pH 9.0 25% PEG 1500	分辨率 2.27 Å R-free 0.252
7SUU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-26 提交 2021-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2603–2842（240 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；0.1 M HEPES ph 7.8 0.35 M CaCl2 28 % PEG 400	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
7SUU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-26 提交 2021-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2603–2842（240 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；0.1 M HEPES ph 7.8 0.35 M CaCl2 28 % PEG 400	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
7T3S Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC8-9 提交 2021-12-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 770–991（222 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M NaCl 20% PEG 3350	分辨率 2.97 Å R-free 0.299
7T80 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC18-19 提交 2021-12-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1847–2063（217 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M (NH4)2SO4 25% w/v PEG 3350 0.1 M Tris-HCl 8.5 pH	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
7T80 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC18-19 提交 2021-12-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1847–2063（217 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M (NH4)2SO4 25% w/v PEG 3350 0.1 M Tris-HCl 8.5 pH	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
7U71 Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC13-15 提交 2022-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1308–1628（321 aa）片段：UNP residuess 1308-1628	未记录	CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH7.5 0.2 M NaOAc 20% PEG 3000	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
7UQU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC9 提交 2022-04-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 883–991（109 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Magnesium Chloride 20% PEG 3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.224
7UQU Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC9 提交 2022-04-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 883–991（109 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Magnesium Chloride 20% PEG 3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.224
8TRI Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2603–3065（463 aa）片段：residues 2603-3065	突变：F2894A	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo)	分辨率 3.72 Å R-free 0.229
8TRI Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2603–3065（463 aa）片段：residues 2603-3065	突变：F2894A	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo)	分辨率 3.72 Å R-free 0.229
8TRI Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2603–3065（463 aa）片段：residues 2603-3065	突变：F2894A	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo)	分辨率 3.72 Å R-free 0.229

共 27 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAD23_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–212； UniProt 1202–1412 作者链 B； PDB构建体 2–212； UniProt 1202–1412 作者链 C； PDB构建体 2–212； UniProt 1202–1412 作者链 D； PDB构建体 2–212； UniProt 1202–1412

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vh2
沉积日期 deposition_date	2017-04-12
结构标题 title	Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC12-13 with Engineered Mutation S1339D
关键词 keywords	HEARING, MECHANOTRANSDUCTION, ADHESION, CALCIUM-BINDING PROTEIN, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.65 Å
零角强度 I(0) i0	121476000.00
分子量 molecular_weight	90888.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114160 Å³
包络体积 envelope_volume	174320 Å³
水化壳体积 shell_volume	35644 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.17 Å
包络 Rg envelope_rg	40.64 Å
形状 Rg shape_rg	42.65 Å
总 Rg total_rg	42.85 Å
总原子数 total_atoms	6390
残基数 n_residues	828
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.0 Å
Rg (实空间) rg_real	42.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	121500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8558
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.114
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.904
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5537000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.867; Smooth: 0.857

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cadherin-23
分子量 formula_weight	24263.9 kDa
突变 mutation	S1339D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6390

MNDEAPVFTQQQYNRLGLRETAGIGTSVIVVRATDKDTGDGGLVNYRILSGAEGKFEIDESTGLIVTVDYLDYETKTSYLMNVSATDGAPPFNQGFCSVYVTLLNELDEAVQFSNASYEAVIMENLALGTEIVRVQAYDIDNLNQITYRFDAYTSAQAKALFKIDAITGVITVKGLVDREKGDFYTLTVVADDGGPKVDSTVKVYITVLDENLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5vh2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	5vh2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	5vh2B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	5vh2B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	5vh2C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	5vh2C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	5vh2D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	5vh2D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.738 Å
晶胞边长 b length_b	47.210 Å
晶胞边长 c length_c	113.044 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.95 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	115.76 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.840 Å
最低分辨率 resolution_low	33.990 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2380
R_free r_free	0.2720

fit	/app/data/saxs_computation/vh/5vh2/5vh2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vh/5vh2/5vh2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vh/5vh2/5vh2.dat