5vid

Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein binder Bot.0671.2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 161.8 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type B

Clostridium botulinum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 859–1291	未记录	Bot.0671.2 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM Tris, pH 8.0, 25 % PEG 400	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 859–1291	未记录	Bot.0671.2 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM Tris, pH 8.0, 25 % PEG 400	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 859–1291	未记录	Bot.0671.2 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM Tris, pH 8.0, 25 % PEG 400	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 859–1291	未记录	Bot.0671.2 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM Tris, pH 8.0, 25 % PEG 400	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 859–1291	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM Tris, pH 8.0, 25 % PEG 400	分辨率 2.75 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VID	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EPW CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM NEUROTOXIN TYPE B 提交 2000-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.233
1F31 CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH A TRISACCHARIDE 提交 2000-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
1F82 BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B CATALYTIC DOMAIN 提交 2000-06-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；Hepes, Polyethylene glycol MW 4000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1G9A CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH AN INHIBITOR (EXPERIMENT 3) 提交 2000-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 BAB BIS(5-AMIDINO-BENZIMIDAZOLYL)METHANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；PEG 6000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
1G9B CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH AN INHIBITOR (EXPERIMENT 1) 提交 2000-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 BAB BIS(5-AMIDINO-BENZIMIDAZOLYL)METHANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；PEG 6000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1G9C CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH AN INHIBITOR (EXPERIMENT 4) 提交 2000-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 BAB BIS(5-AMIDINO-BENZIMIDAZOLYL)METHANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；PEG 6000. MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.35 Å R-free 0.247
1G9D CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH AN INHIBITOR (EXPERIMENT 2) 提交 2000-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 BAB BIS(5-AMIDINO-BENZIMIDAZOLYL)METHANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；PEG 6000. MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.283
1I1E CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH DOXORUBICIN 提交 2001-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	DM2 DOXORUBICIN × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
1S0B Crystal structure of botulinum neurotoxin type B at pH 4.0 提交 2003-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；PEG 4000, MES, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
1S0C Crystal structure of botulinum neurotoxin type B at pH 5.0 提交 2003-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；PEG 4000, MES, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
1S0D Crystal structure of botulinum neurotoxin type B at pH 5.5 提交 2003-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 4000, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
1S0E Crystal structure of botulinum neurotoxin type B at pH 6.0 提交 2003-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；298 K；PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 6.00	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
1S0F Crystal structure of botulinum neurotoxin type B at pH 7.0 提交 2003-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；PEG 4000, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.288
1S0G Crystal structure of botulinum neurotoxin type B apo form 提交 2003-12-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
1Z0H N-terminal helix reorients in recombinant C-fragment of Clostridium botulinum type B 提交 2005-03-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 853–1290（438 aa）片段：sequence database residues 853-1290	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Ammonium Formate, PEG6000, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.282
1Z0H N-terminal helix reorients in recombinant C-fragment of Clostridium botulinum type B 提交 2005-03-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 853–1290（438 aa）片段：sequence database residues 853-1290	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Ammonium Formate, PEG6000, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.282
2ETF Crystal structure of full length botulinum neurotoxin (Type B) light chain 提交 2005-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 0–440（441 aa）片段：Catalytic Domain (residues 0-440)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；Ammonium sulphate, Sodium Cacodylate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.29 Å R-free 0.264
2ETF Crystal structure of full length botulinum neurotoxin (Type B) light chain 提交 2005-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 0–440（441 aa）片段：Catalytic Domain (residues 0-440)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；Ammonium sulphate, Sodium Cacodylate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.29 Å R-free 0.264
2NM1 Structure of BoNT/B in complex with its protein receptor 提交 2006-10-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 857–1290（434 aa）片段：receptor binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；293 K；13% PEG 6000, 0.1M Hepes, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
2NP0 Crystal structure of the Botulinum neurotoxin type B complexed with synaptotagamin-II ectodomain 提交 2006-10-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；0.4 M (NH4)2SO4, 0.9 M Li2SO4, and 0.1 M sodium citrate at pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.62 Å R-free 0.227
2NP0 Crystal structure of the Botulinum neurotoxin type B complexed with synaptotagamin-II ectodomain 提交 2006-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1290（1290 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；0.4 M (NH4)2SO4, 0.9 M Li2SO4, and 0.1 M sodium citrate at pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.62 Å R-free 0.227
2XHL Structure of a functional derivative of Clostridium botulinum neurotoxin type B 提交 2010-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–437（437 aa）片段：RESIDUES 1-437 链 B 446–858（413 aa）片段：RESIDUES 446-858	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；15% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE PH 6.5, 0.2M SODIUM SULPHATE	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
3ZUQ Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type B - derivative, LC-B-GS-Hn-B 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–437（437 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-437, TRANSLOCATION DOMAIN, RESIDUES 446-858 链 A 446–858（413 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-437, TRANSLOCATION DOMAIN, RESIDUES 446-858	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.1M TRIS ACETATE PH8.0, 0.2M MGCL, 20% PEG8000	分辨率 2.70 Å R-free 0.281
4KBB Structure of Botulinum neurotoxin B binding domain in complex with both synaptotagmin II and GD1a 提交 2013-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 857–1291（435 aa）片段：UNP residues 857-1291	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；292 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0 -7.2 and 20-24% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.189
4KBB Structure of Botulinum neurotoxin B binding domain in complex with both synaptotagmin II and GD1a 提交 2013-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 857–1291（435 aa）片段：UNP residues 857-1291	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；292 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0 -7.2 and 20-24% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.189
5VMR Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein binder Bot.2110.4 提交 2017-04-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 859–1291（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Magnesium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 10 % PEG8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
5VMR Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein binder Bot.2110.4 提交 2017-04-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 859–1291（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Magnesium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 10 % PEG8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
6G5F Crystal structure of an engineered Botulinum Neurotoxin type B mutant E1191M/S1199Y in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1291（1291 aa）链 B 1–1291（1291 aa）	突变：E231Q, H234Y 突变：E231Q, H234Y	GOL GLYCEROL × 3 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；1.1 M sodium malonate dibasic monohydrate, HEPES pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2003	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
6G5G Crystal structure of an engineered Botulinum Neurotoxin type B mutant E1191M/S1199Y in complex with human synaptotagmin 2 提交 2018-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1291（1291 aa）链 B 1–1291（1291 aa）	突变：E231Q, H234Y 突变：E231Q, H234Y	MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；0.2 M magnesium chloride, Tris pH 7.0, 10% w/v PEG 8000	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
6G5K Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 857–1291（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
6G5K Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 857–1291（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
6QNS Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B mutant I1248W/V1249W in complex with human synaptotagmin 1 and GD1a receptors 提交 2019-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 857–1291（435 aa）	突变：I1248W, V1249W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294.15 K；20% v/v PEG6000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M sodium chloride	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
6UC6 Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLI-H11 提交 2019-09-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 859–1291（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M KCl, 15 % PEG 5000 MME, 0.1 M MES	分辨率 2.32 Å R-free 0.222
6UC6 Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLI-H11 提交 2019-09-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 859–1291（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M KCl, 15 % PEG 5000 MME, 0.1 M MES	分辨率 2.32 Å R-free 0.222
6UFT Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLK-G12 提交 2019-09-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 859–1291（433 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 14 % PEG 8000, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
6UHT Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLI-G10 提交 2019-09-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 859–1291（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；15 % PEG 20000 and 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.211
6UHT Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLI-G10 提交 2019-09-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 859–1291（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；15 % PEG 20000 and 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.211
6UL4 Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLO-G11 提交 2019-10-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 859–1291（433 aa）片段：receptor-binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；20 % Ethanol, 0.1 M Tris	分辨率 3.18 Å R-free 0.258
7NA9 Crystal structure of BoNT/B-LC-JSG-C1 提交 2021-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–441（441 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG4000	分辨率 1.76 Å R-free 0.205
7QFQ Cryo-EM structure of Botulinum neurotoxin serotype B 提交 2021-12-06	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1291（1291 aa）	突变：E231Q, H234Y	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH7.5, 50mM NaCl, 0.5mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7T5F Botulinum neurotoxin Type B Light Chain complexed with nanobodies JLJ-G3 and JNE-B10 提交 2021-12-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M KI, 0.1 M MES pH 6.5, 25 % PEG 4000	分辨率 2.60 Å R-free 0.222
7T5F Botulinum neurotoxin Type B Light Chain complexed with nanobodies JLJ-G3 and JNE-B10 提交 2021-12-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M KI, 0.1 M MES pH 6.5, 25 % PEG 4000	分辨率 2.60 Å R-free 0.222

共 33 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BXB_CLOBO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–438； UniProt 859–1291 作者链 B； PDB构建体 6–438； UniProt 859–1291 作者链 C； PDB构建体 6–438； UniProt 859–1291 作者链 D； PDB构建体 6–438； UniProt 859–1291 作者链 E； PDB构建体 6–438； UniProt 859–1291

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vid
沉积日期 deposition_date	2017-04-15
结构标题 title	Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein binder Bot.0671.2
关键词 keywords	mini-protein binder, inhibitor, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.56 Å
零角强度 I(0) i0	965012000.00
分子量 molecular_weight	266830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	337190 Å³
包络体积 envelope_volume	479780 Å³
水化壳体积 shell_volume	84263 Å³
包络直径 envelope_diameter	156.4 Å
壳层 Rg shell_rg	51.91 Å
包络 Rg envelope_rg	46.56 Å
形状 Rg shape_rg	47.54 Å
总 Rg total_rg	47.80 Å
总原子数 total_atoms	18903
残基数 n_residues	2233
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.8 Å
Rg (实空间) rg_real	49.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	965200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7061
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.340
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.237
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.3460
最高正则化参数 α highest_alpha	68140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 0.892; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.785

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Botulinum neurotoxin type B
分子量 formula_weight	52534.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B,C,A,E
原子数 atom_count	19064

GPLGSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bot.0671.2
分子量 formula_weight	7601.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMQPMFAELKAKFFLEIGDRDAARNALRKAGYSDEEAERIIRKYELE

来源 Source

来源生物 organism	unidentified
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32644
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d5vida1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain

结构域编号 domain_id	d5vida2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.4 — STI-like
家族 Family family	b.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5vidb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain

结构域编号 domain_id	d5vidb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.4 — STI-like
家族 Family family	b.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5vidc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain

结构域编号 domain_id	d5vidc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.4 — STI-like
家族 Family family	b.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5vidd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain

结构域编号 domain_id	d5vidd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.4 — STI-like
家族 Family family	b.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5vide1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain

结构域编号 domain_id	d5vide2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.4 — STI-like
家族 Family family	b.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5vidA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	5vidA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5vidB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	5vidB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5vidC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	5vidC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5vidD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	5vidD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5vidE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	5vidE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	140.887 Å
晶胞边长 b length_b	87.314 Å
晶胞边长 c length_c	148.455 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	67.529 Å
R 因子 r_factor	0.2194
R_work r_work	0.2187
R_free r_free	0.2320

fit	/app/data/saxs_computation/vi/5vid/5vid.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vi/5vid/5vid.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vi/5vid/5vid.dat

Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein binder Bot.0671.2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)