SAXSdb — 5vjx

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLOCK-interacting pacemaker

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 352–414 链 a； UniProt 352–414	片段：UNP Residues 352-414 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Circadian locomoter output cycles protein kaput × 4 （O08785）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 352–414 链 J； UniProt 352–414	片段：UNP Residues 352-414 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Circadian locomoter output cycles protein kaput × 4 （O08785）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 352–414 链 U； UniProt 352–414	片段：UNP Residues 352-414 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Circadian locomoter output cycles protein kaput × 4 （O08785）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 352–414 链 R； UniProt 352–414	片段：UNP Residues 352-414 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Circadian locomoter output cycles protein kaput × 4 （O08785）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 352–414 链 d； UniProt 352–414	片段：UNP Residues 352-414 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Circadian locomoter output cycles protein kaput × 4 （O08785）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VJX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5VJI Crystal structure of the CLOCK Transcription Domain Exon19 in Complex with a Repressor 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 352–414（63 aa）片段：UNP residues 352-414	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；291 K；100mM Bis-tris pH7.3 27% PEG2000MME 1% beat-DDM	分辨率 1.86 Å R-free 0.280
5VJI Crystal structure of the CLOCK Transcription Domain Exon19 in Complex with a Repressor 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 352–414（63 aa）片段：UNP residues 352-414	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；291 K；100mM Bis-tris pH7.3 27% PEG2000MME 1% beat-DDM	分辨率 1.86 Å R-free 0.280

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CIPC_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 D； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 G； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 J； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 M； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 R； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 U； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 X； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 a； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414 作者链 d； PDB构建体 2–64； UniProt 352–414

Circadian locomoter output cycles protein kaput

Mus musculus

UniProt O08785

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 515–560 链 C； UniProt 515–560 链 b； UniProt 515–560 链 c； UniProt 515–560	片段：UNP Residues 516-560 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CLOCK-interacting pacemaker × 2 （Q8R0W1）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 515–560 链 F； UniProt 515–560 链 K； UniProt 515–560 链 L； UniProt 515–560	片段：UNP Residues 516-560 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CLOCK-interacting pacemaker × 2 （Q8R0W1）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 515–560 链 I； UniProt 515–560 链 V； UniProt 515–560 链 W； UniProt 515–560	片段：UNP Residues 516-560 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CLOCK-interacting pacemaker × 2 （Q8R0W1）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 515–560 链 O； UniProt 515–560 链 S； UniProt 515–560 链 T； UniProt 515–560	片段：UNP Residues 516-560 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CLOCK-interacting pacemaker × 2 （Q8R0W1）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 Y； UniProt 515–560 链 Z； UniProt 515–560 链 e； UniProt 515–560 链 f； UniProt 515–560	片段：UNP Residues 516-560 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CLOCK-interacting pacemaker × 2 （Q8R0W1）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 8；291 K；100mM Hepes pH 8.0, 200mM Proline, 15% PEG3350, 3% myo-Inositiol (w/v)	分辨率 2.69 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VJX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4F3L Crystal Structure of the Heterodimeric CLOCK:BMAL1 Transcriptional Activator Complex 提交 2012-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–384（359 aa）片段：UNP residues 26-384	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；100 mM Hepes pH 8.0, 6% PEG 3350 and 75 mM NaF., VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.27 Å R-free 0.217
5VJI Crystal structure of the CLOCK Transcription Domain Exon19 in Complex with a Repressor 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 516–560（45 aa）片段：UNP Residues 516-560 链 B 516–560（45 aa）片段：UNP Residues 516-560	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；291 K；100mM Bis-tris pH7.3 27% PEG2000MME 1% beat-DDM	分辨率 1.86 Å R-free 0.280
5VJI Crystal structure of the CLOCK Transcription Domain Exon19 in Complex with a Repressor 提交 2017-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 516–560（45 aa）片段：UNP Residues 516-560 链 E 516–560（45 aa）片段：UNP Residues 516-560	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；291 K；100mM Bis-tris pH7.3 27% PEG2000MME 1% beat-DDM	分辨率 1.86 Å R-free 0.280
8OSJ Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosomal E-box at position SHL-6.2 (DNA conformation 1) 提交 2023-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 M 26–395（370 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8OSK Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosomal E-box at position SHL+5.8 (composite map) 提交 2023-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 M 26–395（370 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8OSL Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to the native Por enhancer nucleosome (map 2, additional 3D classification and flexible refinement) 提交 2023-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 M 26–395（370 aa）链 O 26–395（370 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLOCK_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 C； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 E； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 F； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 H； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 I； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 K； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 L； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 N； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 O； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 S； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 T； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 V； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 W； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 Y； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 Z； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 b； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 c； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 e； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560 作者链 f； PDB构建体 6–51； UniProt 515–560

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vjx
沉积日期 deposition_date	2017-04-20
结构标题 title	Crystal structure of the CLOCK Transcription Domain Exon19 in Complex with a Repressor
关键词 keywords	circadian rhythm, CLOCK protein, transcription activation, repressor, coiled coil, CIPC, circadian clock, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.45 Å
零角强度 I(0) i0	533680000.00
分子量 molecular_weight	178060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	217390 Å³
包络体积 envelope_volume	336020 Å³
水化壳体积 shell_volume	61054 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.4 Å
壳层 Rg shell_rg	50.54 Å
包络 Rg envelope_rg	44.71 Å
形状 Rg shape_rg	45.43 Å
总 Rg total_rg	45.73 Å
总原子数 total_atoms	12210
残基数 n_residues	1421
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.6 Å
Rg (实空间) rg_real	45.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	533800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9015
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.660
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.917

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CLOCK-interacting pacemaker
分子量 formula_weight	7205.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,R,U,X,a,d
原子数 atom_count	12585

GNTLVVLHKSGLLEITLKTKELIRQNQATQAELDQLKEQTQMFIEATKSRAPQAWAKLQASLTS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Circadian locomoter output cycles protein kaput
分子量 formula_weight	6196.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F,H,I,K,L,N,O,S,T,V,W,Y,Z,b,c,e,f

GAMDPEFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEANIHRQQEELRKIQEQLQMVHG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	338

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	175.536 Å
晶胞边长 b length_b	116.836 Å
晶胞边长 c length_c	132.926 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	126.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.695 Å
最低分辨率 resolution_low	47.307 Å
R 因子 r_factor	0.2208
R_work r_work	0.2179
R_free r_free	0.2749

fit	/app/data/saxs_computation/vj/5vjx/5vjx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vj/5vjx/5vjx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vj/5vjx/5vjx.dat

Crystal structure of the CLOCK Transcription Domain Exon19 in Complex with a Repressor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLOCK-interacting pacemaker

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Circadian locomoter output cycles protein kaput

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)