8osl

;Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to the native Por enhancer nucleosome (map 2, additional 3D classification and flexible refinement) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 157.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8osl
沉积日期 deposition_date	2023-04-19
结构标题 title	;Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to the native Por enhancer nucleosome (map 2, additional 3D classification and flexible refinement) ;
关键词 keywords	E-box, transcription factor, circadian clock, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.78 Å
零角强度 I(0) i0	1109110000.00
分子量 molecular_weight	192100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	204800 Å³
包络体积 envelope_volume	419690 Å³
水化壳体积 shell_volume	74986 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.8 Å
壳层 Rg shell_rg	50.91 Å
包络 Rg envelope_rg	45.60 Å
形状 Rg shape_rg	47.69 Å
总 Rg total_rg	48.06 Å
总原子数 total_atoms	13541
残基数 n_residues	1735
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.2 Å
Rg (实空间) rg_real	48.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1090e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8810e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1109000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.913

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15719.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	13541

GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11676.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	14447.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-J
分子量 formula_weight	14088.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45051.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CCCCCACCCCGACTTTGTTCCTGGATCCGTTATGCAACCCAAGCTTCAACTCTGGGTTTGTAGTGTGTCCAGGACCTTGAGGGGAGAGGGACTTTGAAAGCCACGCCTTTCCTCCAGCCTCACCCTTCACGTTTGTGGTCCACGTGC

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45698.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GCACGTGGACCACAAACGTGAAGGGTGAGGCTGGAGGAAAGGCGTGGCTTTCAAAGTCCCTCTCCCCTCAAGGTCCTGGACACACTACAAACCCAGAGTTGAAGCTTGGGTTGCATAACGGATCCAGGAACAAAGTCGGGGTGGGGG

Entity 7 polymer

描述 description	Circadian locomoter output cycles protein kaput
分子量 formula_weight	43768.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O

GAMNPVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSMLPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKETTAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSLTPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVRFIGNFKSLTSVSTSTHNGFEGTIQRTHRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 8 polymer

描述 description	Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1
分子量 formula_weight	43821.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P

GAMNPEYAEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPSVKVEDKDFASTCSKKKDRKSFCTIHSTGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHMVPQPANGEIRVKSMEYVSRHAIDGKFVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	14988

fit	/app/data/saxs_computation/os/8osl/8osl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/os/8osl/8osl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/os/8osl/8osl.dat

;Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to the native Por enhancer nucleosome (map 2, additional 3D classification and flexible refinement) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)